HealthLake Daten mit FHIR exportieren $export - AWS HealthLake

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HealthLake Daten mit FHIR exportieren $export

Mithilfe der Operation FHIR $export können Sie HealthLake Daten in großen Mengen aus Ihrem Datenspeicher exportieren. HealthLake unterstützt die $export Verwendung POST von FHIR und Anfragen. GET Um eine Exportanfrage mit stellen zu könnenPOST, benötigen Sie einen IAM-Benutzer, eine Gruppe oder eine IAM-Rolle mit den erforderlichen Berechtigungen, die Sie im $export Rahmen der Anfrage angeben und die gewünschten Parameter in den Anfragetext aufnehmen können.

Anmerkung

Alle mit FHIR gestellten HealthLake Exportanfragen $export werden im ndjson Format zurückgegeben und in einen Amazon S3 S3-Bucket exportiert, in dem jedes Amazon S3 S3-Objekt nur einen einzigen FHIR-Ressourcentyp enthält.

Sie können Exportanfragen im Rahmen der AWS Konto-Servicekontingente in die Warteschlange stellen. Weitere Informationen finden Sie unter Servicekontingente.

HealthLake unterstützt die folgenden drei Arten von Massenexport-Endpunktanforderungen.

HealthLake $exportMassentypen
Exporttyp Beschreibung Syntax

System (System)

Exportieren Sie alle Daten vom HealthLake FHIR-Server.

POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/$export

Alle Patienten

Exportieren Sie alle Daten zu allen Patienten, einschließlich der Ressourcentypen, die dem Ressourcentyp Patient zugeordnet sind.

POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Patient/$export

GET https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Patient/$export

Gruppe von Patienten

Exportieren Sie alle Daten, die sich auf eine Patientengruppe beziehen, für die eine Gruppen-ID angegeben wurde.

POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Group/id/$export

GET https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Group/id/$export

Bevor Sie beginnen

Erfüllen Sie die folgenden Anforderungen, um eine Exportanfrage mithilfe der FHIR REST-API für HealthLake zu stellen.

  • Sie müssen einen Benutzer, eine Gruppe oder eine Rolle eingerichtet haben, die über die erforderlichen Berechtigungen verfügt, um die Exportanfrage zu stellen. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Autorisieren einer Anfrage $export.

  • Sie müssen eine Servicerolle erstellt haben, die HealthLake Zugriff auf den Amazon S3 S3-Bucket gewährt, in den Ihre Daten exportiert werden sollen. Die Servicerolle muss auch HealthLake als Dienstprinzipal angegeben werden. Weitere Informationen zum Einrichten von Berechtigungen finden Sie unterBerechtigungen für Exportaufträge einrichten.

Autorisieren einer Anfrage $export

Um eine erfolgreiche Exportanfrage mit der FHIR REST-API zu stellen, autorisieren Sie Ihren Benutzer, Ihre Gruppe oder Rolle entweder mit IAM oder .0. OAuth2 Sie müssen auch über eine Servicerolle verfügen.

Autorisieren einer Anfrage mithilfe von IAM

Wenn Sie eine $export Anfrage stellen, müssen für den Benutzer, die Gruppe oder die Rolle IAM-Aktionen in der Richtlinie enthalten sein. Weitere Informationen finden Sie unter Berechtigungen für Exportaufträge einrichten.

Autorisieren einer Anfrage mit SMART auf FHIR (2.0) OAuth

Wenn Sie eine $export Anfrage in einem SMART on FHIR-fähigen HealthLake Datenspeicher stellen, müssen Ihnen die entsprechenden Bereiche zugewiesen sein. Weitere Informationen finden Sie unter Die Ressourcen von SMART auf FHIR umfassen folgende Bereiche HealthLake.

Anmerkung

FHIR $export mit GET Anfragen erfordert dieselbe Authentifizierungsmethode oder dasselbe Trägertoken (im Fall von SMART auf FHIR), um den Export anzufordern und Dateien abzurufen. Mit FHIR $export mit exportierte Dateien GET stehen 48 Stunden lang zum Download zur Verfügung.

Eine $export Anfrage stellen

In diesem Abschnitt werden die erforderlichen Schritte beschrieben, die Sie ergreifen müssen, wenn Sie eine Exportanfrage mithilfe der FHIR REST-API stellen.

Um zu vermeiden, dass Ihr AWS Konto versehentlich belastet wird, empfehlen wir, Ihre Anfragen zu testen, indem Sie eine POST Anfrage stellen, ohne die $export Syntax anzugeben.

Um die Anfrage zu stellen, müssen Sie wie folgt vorgehen:

  1. Geben Sie $export in der POST Anfrage-URL einen unterstützten Endpunkt an.

  2. Geben Sie die erforderlichen Header-Parameter an.

  3. Geben Sie einen Anforderungstext an, der die erforderlichen Parameter definiert.

Schritt 1: Geben Sie $export in der POST Anfrage-URL einen unterstützten Endpunkt an.

HealthLake unterstützt drei Arten von Massenexport-Endpunktanfragen. Um eine Massenexportanfrage zu stellen, müssen Sie eine POST Anfrage auf einem der drei unterstützten Endpunkte stellen. Die folgenden Beispiele zeigen, wo $export in der Anforderungs-URL angegeben werden muss.

  • POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/$export

  • POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Patient/$export

  • POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Group/id/$export

Sie können die folgenden unterstützten Suchparameter in der POST Anforderungszeichenfolge verwenden.

Unterstützte Suchparameter

HealthLake unterstützt die folgenden Suchmodifikatoren in Massenexportanfragen.

Die folgenden Beispiele enthalten Sonderzeichen, die vor dem Absenden Ihrer Anfrage codiert werden müssen.

Name Erforderlich? Beschreibung Beispiel
_outputFormat Nein Das Format für die angeforderten Massendatendateien, die generiert werden sollen. Zulässige Werte sindapplication/fhir+ndjson,application/ndjson,ndjson.
_type Nein Eine Folge von durch Kommas getrennten FHIR-Ressourcentypen, die Sie in Ihren Exportauftrag aufnehmen möchten. Wir empfehlen die Aufnahme, _type da sich dies auf Kosten auswirken kann, wenn alle Ressourcen exportiert werden. &_type=MedicationStatement, Observation
_since Nein Ressourcentypen, die am oder nach dem Datums- und Zeitstempel geändert wurden. Wenn für einen Ressourcentyp kein Datum der letzten Aktualisierung angegeben ist, wird er in Ihre Antwort aufgenommen. &_since=2024-05-09T00%3A00%3A00Z

Schritt 2: Geben Sie die erforderlichen Header-Parameter an

Um eine Exportanforderung mithilfe der FHIR REST-API zu stellen, müssen Sie die folgenden Header-Parameter angeben.

  • Inhaltstyp: application/fhir+json

  • Bevorzugen: respond-async

Als Nächstes müssen Sie die erforderlichen Elemente im Anfragetext angeben.

Schritt 3: Geben Sie einen Anforderungstext an, der die erforderlichen Parameter definiert.

Die Exportanforderung erfordert auch einen Hauptteil im JSON Format. Der Körper kann die folgenden Parameter enthalten.

Schlüssel Erforderlich? Beschreibung Wert
DataAccessRoleArn Ja Ein ARN einer HealthLake Servicerolle. Die verwendete Servicerolle muss HealthLake als Dienstprinzipal angegeben werden. arn:aws:iam::444455556666:role/your-healthlake-service-role
JobName Nein Der Name der Exportanforderung. your-export-job-name
S3Uri Ja Teil eines OutputDataConfig Schlüssels. Die S3-URI des Ziel-Buckets, in den Ihre exportierten Daten heruntergeladen werden. s3://amzn-s3-demo-bucket/EXPORT-JOB/
KmsKeyId Ja Teil eines OutputDataConfig Schlüssels. Der ARN des AWS KMS Schlüssels, der zur Sicherung des Amazon S3 S3-Buckets verwendet wurde. arn:aws:kms:region-of-bucket:123456789012:key/1234abcd-12ab-34cd-56ef-1234567890ab
Beispiel Hauptteil einer Exportanfrage, die mit der FHIR REST-API gestellt wurde

Um eine Exportanfrage mithilfe der FHIR REST-API zu stellen, müssen Sie einen Hauptteil angeben, wie im Folgenden dargestellt.

{ "DataAccessRoleArn": "arn:aws:iam::444455556666:role/your-healthlake-service-role", "JobName": "your-export-job", "OutputDataConfig": { "S3Configuration": { "S3Uri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/EXPORT-JOB", "KmsKeyId": "arn:aws:kms:region-of-bucket:444455556666:key/1234abcd-12ab-34cd-56ef-1234567890ab" } } }

Wenn Ihre Anfrage erfolgreich ist, erhalten Sie die folgende Antwort.

Header der Antwort

content-location: https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/export/your-export-request-job-id

Hauptteil der Antwort

{ "datastoreId": "your-data-store-id", "jobStatus": "SUBMITTED", "jobId": "your-export-request-job-id" }

Verwaltung Ihrer Exportanfrage

Nachdem Sie eine erfolgreiche Exportanfrage gestellt haben, können Sie die Anfrage verwalten, indem $export Sie den Status einer aktuellen Exportanfrage beschreiben und $export eine aktuelle Exportanfrage stornieren.

Wenn Sie eine Exportanfrage mithilfe der REST-API stornieren, wird Ihnen nur der Teil der Daten in Rechnung gestellt, der bis zum Absenden der Stornierungsanforderung exportiert wurde.

In den folgenden Themen wird beschrieben, wie Sie den Status einer aktuellen Exportanfrage abrufen oder diese stornieren können.

Eine Exportanfrage stornieren

Um eine Exportanfrage zu stornieren, stellen Sie eine DELETE Anfrage und geben Sie die Job-ID in der Anfrage-URL an.

DELETE https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/export/your-export-request-job-id

Wenn Ihre Anfrage erfolgreich ist, erhalten Sie Folgendes.

{ "exportJobProperties": { "jobId": "your-original-export-request-job-id", "jobStatus": "CANCEL_SUBMITTED", "datastoreId": "your-data-store-id" } }

Wenn Ihre Anfrage nicht erfolgreich ist, erhalten Sie Folgendes.

{ "resourceType": "OperationOutcome", "issue": [ { "severity": "error", "code": "not-supported", "diagnostics": "Interaction not supported." } ] }

Beschreibung einer Exportanfrage

Um den Status einer Exportanfrage abzurufen, stellen Sie eine GET Anfrage mit export und Ihrexport-request-job-id.

GET https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/export/your-export-request-id

Die JSON-Antwort wird ein ExportJobProperties Objekt enthalten. Sie kann die folgenden Schlüssel:Wert-Paare enthalten.

Name Erforderlich? Beschreibung Wert
DataAccessRoleArn Nein Ein ARN einer HealthLake Servicerolle. Die verwendete Servicerolle muss HealthLake als Dienstprinzipal angegeben werden. arn:aws:iam::444455556666:role/your-healthlake-service-role
SubmitTime Nein Das Datum, zu dem ein Exportauftrag gesendet wurde. Apr 21, 2023 5:58:02
EndTime Nein

Die Uhrzeit, zu der ein Exportauftrag abgeschlossen wurde.

Apr 21, 2023 6:00:08 PM
JobName Nein Der Name der Exportanfrage. your-export-job-name
JobStatus Nein Gültige Werte für sind:
SUBMITTED | IN_PROGRESS | COMPLETED_WITH_ERRORS | COMPLETED | FAILED
S3Uri Ja Teil eines OutputDataConfigObjekts. Die Amazon S3 S3-URI des Ziel-Buckets, in den Ihre exportierten Daten heruntergeladen werden. s3://amzn-s3-demo-bucket/EXPORT-JOB/
KmsKeyId Ja Teil eines OutputDataConfigObjekts. Der ARN des AWS KMS Schlüssels, der zur Sicherung des Amazon S3 S3-Buckets verwendet wurde. arn:aws:kms:region-of-bucket:123456789012:key/1234abcd-12ab-34cd-56ef-1234567890ab
Beispiel : Hauptteil einer Exportanfrage zur Beschreibung, die mithilfe der FHIR REST-API gestellt wurde

Bei Erfolg erhalten Sie die folgende JSON-Antwort.

{ "exportJobProperties": { "jobId": "your-export-request-id", "JobName": "your-export-job", "jobStatus": "SUBMITTED", "submitTime": "Apr 21, 2023 5:58:02 PM", "endTime": "Apr 21, 2023 6:00:08 PM", "datastoreId": "your-data-store-id", "outputDataConfig": { "s3Configuration": { "S3Uri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/EXPORT-JOB", "KmsKeyId": "arn:aws:kms:region-of-bucket:444455556666:key/1234abcd-12ab-34cd-56ef-1234567890ab"" } }, "DataAccessRoleArn": "arn:aws:iam::444455556666:role/your-healthlake-service-role", } }