Import von FHIR-Daten mit AWS HealthLake - AWS HealthLake

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Import von FHIR-Daten mit AWS HealthLake

Nach dem Erstellen eines HealthLake Datenspeichers besteht der nächste Schritt darin, Dateien aus einem Amazon Simple Storage Service (S3) -Bucket zu importieren. Sie können einen FHIR-Importauftrag mit dem AWS Management Console, AWS CLI, oder AWS SDKs starten. Verwenden Sie native AWS HealthLake Aktionen, um FHIR-Importaufträge zu starten, zu beschreiben und aufzulisten.

Wichtig

HealthLake unterstützt die FHIR R4-Spezifikation für den Austausch von Gesundheitsdaten. Bei Bedarf können Sie mit einem AWS HealthLake Partner zusammenarbeiten, um Ihre Gesundheitsdaten vor dem Import in das FHIR R4-Format zu konvertieren.

Wenn Sie einen FHIR-Importauftrag starten, geben Sie einen Amazon S3 S3-Bucket-Eingabespeicherort, einen Amazon S3 S3-Bucket-Ausgabespeicherort (für Ergebnisse der Auftragsverarbeitung), eine IAM-Rolle, die HealthLake Zugriff auf Ihre Amazon S3 S3-Buckets gewährt, und einen kundeneigenen Schlüssel an. AWS AWS Key Management Service Weitere Informationen finden Sie unter Berechtigungen für Importaufträge einrichten.

Anmerkung

Sie können Importaufträge in eine Warteschlange stellen. Die asynchronen Importaufträge werden nach dem FIFO-Verfahren (First In First Out) verarbeitet. Sie können Jobs auf die gleiche Weise in die Warteschlange stellen, wie Sie Importaufträge starten. Wenn gerade einer in Bearbeitung ist, wird er einfach in die Warteschlange gestellt. Sie können FHIR-Ressourcen erstellen, lesen, aktualisieren oder löschen, während ein Importauftrag ausgeführt wird.

HealthLake generiert eine manifest.json Datei für jeden FHIR-Importauftrag. Die Datei beschreibt sowohl die Erfolge als auch die Misserfolge eines FHIR-Importjobs. HealthLake gibt die manifest.json Datei in den Amazon S3 S3-Bucket aus, der beim Starten eines FHIR-Importauftrags angegeben wurde. Protokolldateien sind in zwei Ordnern mit dem Namen SUCCESS und FAILURE organisiert. Verwenden Sie die manifest.json Datei als ersten Schritt bei der Behebung eines fehlgeschlagenen Importauftrags, da sie Einzelheiten zu jeder Datei enthält.

{
    "inputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-source-bucket/healthlake-input/invalidInput/"
    },
    "outputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/",
        "encryptionKeyID": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/fbbbfee3-20b3-42a5-a99d-c48c655ed545"
    },
    "successOutput": {
        "successOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/SUCCESS/"
    },
    "failureOutput": {
        "failureOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/FAILURE/"
    },
    "numberOfScannedFiles": 1,
    "numberOfFilesImported": 1,
    "sizeOfScannedFilesInMB": 0.023627,
    "sizeOfDataImportedSuccessfullyInMB": 0.011232,
    "numberOfResourcesScanned": 9,
    "numberOfResourcesImportedSuccessfully": 4,
    "numberOfResourcesWithCustomerError": 5,
    "numberOfResourcesWithServerError": 0
}
Konfiguration der Validierungsebene für Importe

Wenn Sie einen FHIR-Importjob starten, können Sie optional eine angeben, ValidationLevel die auf jede Ressource angewendet werden soll. AWS HealthLake unterstützt derzeit die folgenden Validierungsstufen:

  • strict: Ressourcen werden anhand des Profilelements der Ressource oder der R4-Spezifikation, falls kein Profil vorhanden ist, validiert. Dies ist die Standardvalidierungsebene für AWS HealthLake.

  • structure-only: Ressourcen werden anhand von R4 validiert, wobei alle referenzierten Profile ignoriert werden.

  • minimal: Ressourcen werden minimal validiert, wobei bestimmte R4-Regeln ignoriert werden. Ressourcen, die die erforderlichen Strukturprüfungen nicht bestehen, search/analytics werden aktualisiert und enthalten nun eine Warnung zur Prüfung.

Beim Import mit der minimal Validierungsebene können zusätzliche Protokolldateien in einem Ordner mit dem Namen generiert werdenSUCCESS_WITH_SEARCH_VALIDATION_FAILURES. Ressourcen in den Protokolldateien dieses Ordners wurden in Ihren Datenspeicher aufgenommen, obwohl die suchbezogenen Validierungsprüfungen nicht bestanden haben. Dies bedeutet, dass bestimmte Aspekte Ihrer FHIR-Ressource laut FHIR ungültig waren und falsch formatierte Felder möglicherweise nicht durchsuchbar sind. An diese Ressourcen wird ein extension Anhang angehängt, in dem der Fehler beschrieben wird.

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