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# HealthOmics 支援的工作流程語言
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HealthOmics Private Workflows 支援以三種工作流程語言撰寫的工作流程定義。每種語言都有自己的 HealthOmics 語法、功能和版本支援。

## 工作流程引擎一目了然
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下表摘要說明支援的工作流程語言、版本和金鑰特性。在表格中，DSL 是指每個引擎支援的網域特定語言版本。


| 引擎 | 支援的版本 | DSL/Spec 版本 | 重要特性 | 
| --- | --- | --- | --- | 
| 下一個流程 | v22.04、v23.10、v24.10、v25.10、v26.04 | DSL 1 （僅限 v22.04)、DSL 2 | 具有頻道驅動平行處理的 Groovy 型資料流程語言。透過 nf 核心社群在基因體中廣泛採用。支援外掛程式 (nf-schema、nf-prov、nf-fgbio、nf-core-utils)。 | 
| WDL | — | 語言規格 1.0、1.1、開發 | 具有明確輸入/輸出類型的任務導向語言。兩種引擎模式：WDL （嚴格規格合規） 和 WDL lenient (Cromwell 相容於隱含類型轉換）。 | 
| CWL | — | 語言規格 1.0、1.1、1.2 | 通用工作流程語言社群維護以標準為基礎的 YAML 定義工作流程語言。跨多個執行平台的可攜式。 | 

## 選擇工作流程語言
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HealthOmics 完全支援這三種語言，並且可以存取相同的運算、儲存和聯網功能。下列考量事項可能有助於告知您的選擇：
+ **現有管道** – 如果您的組織已經以一種語言維護管道，您可以在 HealthOmics 上使用管道，而無需重寫。HealthOmics 支援具有相同基礎運算、儲存和聯網基礎設施的所有三種語言。
+ **語言特性** – Nextflow 使用以 Groovy 為基礎的資料流程模型搭配頻道驅動的平行處理，並支援外掛程式。WDL 使用明確輸入/輸出類型搭配任務導向結構。CWL 使用宣告式 YAML 型方法，專為跨平台可攜性而設計。
+ **開放原始碼生態系統** – 每種語言都有一個作用中的開放原始碼社群，其中包含公開可用的管道和工具。如需詳細資訊，請參閱 [WDL](https://github.com/openwdl/wdl)、[Nextflow](https://www.nextflow.io/) 或 [CWL](https://www.commonwl.org/) 的規格。

## 依語言的版本詳細資訊
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如需詳細的版本支援、特定語言功能和組態指引，請參閱下列頁面：
+ [HealthOmics 工作流程定義語言的版本支援](workflows-lang-versions.md) – 完成所有三種語言的版本矩陣，包括 HealthOmics 如何偵測和選取版本。
+ [Nextflow 工作流程定義詳細資訊](workflow-definition-nextflow.md) – Nextflow DSL 語法、指令、外掛程式、設定檔、執行報告和引擎設定。
+ [HealthOmics 的 Nextflow 版本備註](nextflow-version-release-notes.md) – HealthOmics 上每個支援的 Nextflow 版本的版本備註。
+ [WDL 工作流程定義詳細資訊](workflow-languages-wdl.md) – WDL 版本支援、類型強制、WDL 寬鬆模式和結構處理。
+ [HealthOmics 的 WDL 引擎變更日誌](wdl-engine-change-log.md) – 變更 HealthOmics 上 WDL 引擎的新功能、增強功能和取代的日誌。
+ [CWL 工作流程定義詳細資訊](workflow-languages-cwl.md) – CWL 版本支援、輸入格式和 Docker 需求。

## Nextflow 引擎版本生命週期
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HealthOmics 會維持定期節奏，以支援新的 Nextflow 引擎版本。Nextflow 通常會每六個月發行一個穩定的版本，且 HealthOmics 會持續新增對這些版本的支援。如需完整的 Nextflow 版本生命週期政策，包括棄用時間表和延長版本可用性定價，請參閱下列頁面：
+ [Nextflow 版本保留政策](nextflow-version-retention-policy.md) – 支援的版本、它們保持可用的時間、棄用階段、擴展版本可用性定價、外掛程式管理和測試指導。

## 相關主題
<a name="workflows-supported-languages-related"></a>
+ [HealthOmics 中的工作流程定義檔案](workflow-definition-files.md) – 如何建構工作流程定義 ZIP、要求和範例。
+ [在 HealthOmics 中建立私有工作流程](workflows-setup.md) – 在 HealthOmics 上建立工作流程的End-to-end指南。
+ [在 HealthOmics 中開始執行](starting-a-run.md) – 如何啟動工作流程執行，包括引擎設定。

**Topics**
+ [工作流程引擎一目了然](#workflows-supported-languages-overview)
+ [選擇工作流程語言](#workflows-choosing-language)
+ [依語言的版本詳細資訊](#workflows-version-details-by-language)
+ [Nextflow 引擎版本生命週期](#workflows-nextflow-version-lifecycle)
+ [相關主題](#workflows-supported-languages-related)
+ [Nextflow 版本保留政策](nextflow-version-retention-policy.md)
+ [HealthOmics 的 Nextflow 版本備註](nextflow-version-release-notes.md)
+ [HealthOmics 的 WDL 引擎變更日誌](wdl-engine-change-log.md)