建立 HealthOmics 註釋存放區 - AWS HealthOmics
使用主控台建立註釋存放區使用 API 建立註釋存放區

本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。

建立 HealthOmics 註釋存放區

重要

AWS HealthOmics 變體存放區和註釋存放區不再開放給新客戶。現有客戶可以繼續正常使用該服務。如需詳細資訊，請參閱AWS HealthOmics 變體存放區和註釋存放區可用性變更。

註釋存放區是代表註釋資料庫的資料存放區，例如來自 TSV、VCF 或 GFF 檔案的資料存放區。如果指定相同的參考基因體，註釋存放區會在匯入期間映射到與變體存放區相同的座標系統。下列主題說明如何使用 HealthOmics 主控台和 AWS CLI 來建立和管理註釋存放區。

使用主控台建立註釋存放區

使用下列程序，透過 HealthOmics 主控台建立註釋存放區。

建立註釋存放區

  1. 開啟 HealthOmics 主控台。

  2. 如有需要，請開啟左側導覽窗格 (≡)。選擇註釋存放區。

  3. 在註釋存放區頁面上，選擇建立註釋存放區。

  4. 在建立註釋存放區頁面上，提供下列資訊

    • 註釋存放區名稱 - 此存放區的唯一名稱。

    • 描述 （選用） - 此參考基因體的描述。

    • 資料格式和結構描述詳細資訊 - 選取資料檔案格式並上傳此存放區的結構描述定義。

    • 參考基因體 - 此註釋的參考基因體。

    • 資料加密 - 選擇您希望資料加密是由 AWS 或您自己擁有和管理。

    • 標籤 （選用） - 為此註釋存放區提供最多 50 個標籤。

  5. 選擇建立註釋存放區。

使用 API 建立註釋存放區

下列範例示範如何使用 建立註釋存放區 AWS CLI。對於所有 AWS CLI 和 API 操作，您必須指定資料的格式。

aws omics create-annotation-store --name my_annotation_store \
           --store-format GFF \
           --reference referenceArn="arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           --version-name new_version

您會收到以下回應，以確認建立註釋存放區。

{
           "creationTime": "2022-08-24T20:34:19.229500Z",
           "id": "3b93cdef69d2",
           "name": "my_annotation_store",
           "reference": {
               "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           },
           "status": "CREATING"
           "versionName": "my_version"
       }

若要進一步了解註釋存放區，請使用 get-annotation-store API。

aws omics get-annotation-store --name my_annotation_store

您會收到下列回應。

{
          "id": "eeb019ac79c2",
          "reference": {
              "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330“
          },
          "status": "ACTIVE",
          "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/gffstore",
          "name": "my_annotation_store",
          "creationTime": "2022-11-05T00:05:19.136131+00:00",
          "updateTime": "2022-11-05T00:10:36.944839+00:00",
          "tags": {},
          "storeFormat": "GFF",
          "statusMessage": "",
          "storeSizeBytes": 0,
          "numVersions": 1
      }

若要檢視與帳戶相關聯的所有註釋存放區，請使用 list-annotation-stores API 操作。

aws omics list-annotation-stores

您會收到一個回應，列出所有註釋存放區及其 IDs、狀態和其他詳細資訊，如下列範例回應所示。

{
           "annotationStores": [
               {
                  "id": "4d8f3eada259",
                   "reference":
                       "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330"
                   },
                   "status": "CREATING",
                   "name": "gffstore",
                   "creationTime": "2022-09-27T17:30:52.182990+00:00",
                   "updateTime": "2022-09-27T17:30:53.025362+00:00"
               }
           ]
       }

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