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建立 HealthOmics 序列存放區

HealthOmics 序列存放區支援以未對齊格式 FASTQ（僅限 Gzip) 和 儲存基因體檔案uBAM。它也支援 BAM和 的對齊格式CRAM。

匯入的檔案會儲存為讀取集。您可以新增標籤至讀取集，並使用 IAM 政策來控制讀取集的存取。對齊的讀取集需要參考基因體才能對齊基因體序列，但未對齊的讀取集是選用的。

若要存放讀取集，請先建立序列存放區。建立序列存放區時，您可以將選用的 Amazon S3 儲存貯體指定為備用位置，以及存放 S3 存取日誌的位置。備用位置用於儲存無法在直接上傳期間建立讀取集的任何檔案。備用位置適用於 2023 年 5 月 15 日之後建立的序列存放區。您可以在建立序列存放區時指定備用位置。

您最多可以指定五個讀取集標籤金鑰。當您使用符合其中一個金鑰的標籤金鑰建立或更新讀取集時，讀取集標籤會傳播到對應的 Amazon S3 物件。HealthOmics 建立的系統標籤預設會傳播。

使用主控台建立序列存放區

建立 存放區之後，即可使用 匯入基因體檔案。

使用 CLI 建立序列存放區

在下列範例中，sequence store name將 取代為您為序列存放區選擇的名稱。

aws omics create-sequence-store --name sequence store name --fallback-location "s3://amzn-s3-demo-bucket"  

您會以 JSON 收到下列回應，其中包含新建立序列存放區的 ID 號碼。

{
    "id": "3936421177",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
    "name": "sequence_store_example_name",
    "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z"
    "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket"
}    

您也可以使用 list-sequence-stores 命令來檢視與您的帳戶相關聯的所有序列存放區，如下所示。

aws omics list-sequence-stores

您會收到下列回應。

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
            "id": "3936421177",
            "name": "MySequenceStore",
            "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z",
            "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
            "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket",
            "status": "Active"
        }
    ]
}      

您可以使用 get-sequence-store 來進一步了解序列存放區，方法是使用其 ID，如下列範例所示：

aws omics get-sequence-store --id sequence store ID                             

您會收到下列回應：

{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/sequencestoreID",
  "creationTime": "2024-01-12T04:45:29.857Z",
  "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
  "description": null,
  "fallbackLocation": null,
  "id": "2015356892",
  "name": "MySequenceStore",
  "s3Access": {
      "s3AccessPointArn": "arn:aws:s3:us-west-2:123456789012:accesspoint/592761533288-2015356892",
      "s3Uri": "s3://592761533288-2015356892-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/",
      "accessLogLocation": "s3://IAD-seq-store-log/2015356892/"
  },
  "sseConfig": {
      "keyArn": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/eb2b30f5-635d-4b6d-b0f9-d3889fe0e648",
      "type": "KMS"
  },
  "status": "Active",
  "statusMessage": null,
  "setTagsToSync": ["withdrawn","protocol"],
}                    

建立之後，也可以更新數個存放區參數。這可以透過 主控台或 API updateSequenceStore操作來完成。

更新序列存放區

若要更新序列存放區，請遵循下列步驟：

更新序列存放區的讀取集標籤

若要更新序列存放區的讀取集標籤或其他欄位，請遵循下列步驟：

匯入基因體檔案

若要將基因體檔案匯入序列存放區，請遵循下列步驟：