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# 從工作流程定義參考基因體檔案
<a name="create-ref-files"></a>

HealthOmics 參考存放區物件可以使用如下的 URI 來參考。`{{reference ID}}` 依指示使用您自己的 `{{reference store ID}}`、 `{{account ID}}`和 。

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}            
```

有些工作流程需要參考基因體的 `SOURCE`和 `INDEX` 檔案。先前的 URI 是預設的簡短格式，預設為 SOURCE 檔案。若要指定任一檔案，您可以使用長 URI 表單，如下所示。

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/source
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/index
```

使用序列讀取集會有類似的模式，如下所示。

```
aws omics create-workflow \
     --name {{workflow name}} \
     --main {{sample workflow.wdl}} \
     --definition-uri omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{sequence_store_id}}/readSet/{{id}} \
     --parameter-template {{file://parameters_sample_description.json}}
```

有些讀取集，例如以 FASTQ 為基礎的讀取集，可以包含配對的讀取。在下列範例中，它們稱為 SOURCE1 和 SOURCE2。BAM 和 CRAM 等格式只會有 SOURCE1 檔案。有些讀取集將包含 INDEX 檔案，例如 `bai`或 `crai` 檔案。上述 URI 是預設的短格式，並將預設為 SOURCE1 檔案。若要指定確切的檔案或索引，您可以使用長 URI 表單，如下所示。

```
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index
```

以下是使用兩個 Omics 儲存 URIs 的輸入 JSON 檔案範例。

```
{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}
```

將 `--inputs file://<input_file.json>`新增至您的**開始執行**請求 AWS CLI ，以參考 中的輸入 JSON 檔案。