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在工作流程建立期間新增私有或第三方容器 - AWS HealthOmics
登錄檔映射影像映射

本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。

在工作流程建立期間新增私有或第三方容器

當您建立新的工作流程時，您可以定義工作流程所需的登錄檔和映像映射。如需詳細資訊，請參閱建立私有工作流程。您也可以在建立新的工作流程版本時更新登錄檔和映像映射。如需詳細資訊，請參閱建立工作流程版本。

下列各節說明登錄映射和映像映射。

登錄檔映射

您可以定義登錄檔映射，以便在私有 Amazon ECR 登錄檔中的字首與上游登錄檔名稱之間進行映射。一個登錄檔映射可以包含提取快取映射和 HealthOmics 複製之登錄檔的映射。

下列範例透過提取快取對應 Docker Hub、Quay 和 Amazon ECR Public，並使用登入資料對應 Seqera Containers (community.wave.seqera.io)，讓 HealthOmics 複製其映像。

{
    "registryMappings": [
        {
            "upstreamRegistryUrl": "registry-1.docker.io",
            "ecrRepositoryPrefix": "docker-hub"
        },
        {
            "upstreamRegistryUrl": "quay.io",
            "ecrRepositoryPrefix": "quay"
        },
        {
            "upstreamRegistryUrl": "public.ecr.aws",
            "ecrRepositoryPrefix": "ecr-public"
        },
        {
            "upstreamRegistryUrl": "community.wave.seqera.io",
            "ecrRepositoryPrefix": "wave-seqera",
            "credentialArn": "arn:aws:secretsmanager:us-east-1:111122223333:secret:omics-registry/seqera-EXAMPLE"
        }
    ]
}

下列規則適用於登錄檔映射：

  • upstreamRegistryUrl 必須與映像 URI 開頭的登錄主機完全相符。例如， 的映射wave.seqera.io不會涵蓋 上的影像community.wave.seqera.io。

  • 工作流程參考的每個上游登錄主機都需要映射。您由私有 Amazon ECR URI 參考的影像不需要一個。

  • 提取快取映射不使用 credentialArn。如果您將 credentialArn 新增至提取快取映射，HealthOmics 會忽略它。

  • HealthOmics 從中複製之登錄檔的映射必須包含 credentialArn。如果其中一個映射沒有 credentialArn，工作流程會失敗，並顯示名為登錄檔的錯誤。

  • 保持upstreamRepositoryPrefix未設定 Wave (wave.seqera.io)。

CreateWorkflow 和 CreateWorkflowVersion是非同步的。如果狀態為 FAILED，則錯誤會出現在工作流程的GetWorkflow回應statusMessage中，或工作流程版本的GetWorkflowVersion回應中。

使用 內嵌提供映射containerRegistryMap，或以使用 的 Amazon S3 URI 提供映射containerRegistryMapUri，而非兩者。如需 CLI 範例，請參閱 設定提取快取映射參數和 透過快取映射參數設定非提取。

執行會使用您執行之工作流程或工作流程版本的登錄檔映射，因此您不會將任何內容新增至 StartRun。

影像映射

您可以定義映像映射，以在私有 Amazon ECR 工作流程中定義的映像名稱與上游登錄檔中的映像名稱之間進行映射。

您可以使用映像映射搭配 Amazon ECR 提取快取支援的登錄檔，例如 Quay，以及搭配提取快取不支援的登錄檔，例如 Seqera。HealthOmics 不會複製映像映射的影像，因此您可以自行讓私有儲存庫與上游登錄檔保持同步。

注意

影像映射優先於登錄檔映射。

下列範例顯示從私有 Amazon ECR 映像到公有基因體映像和最新 Ubuntu 映像的映射。

{
    "imageMappings": [
        {
            "sourceImage": "public.ecr.aws/aws-genomics/broadinstitute/gatk:4.6.0.2",
            "destinationImage": "111122223333.dkr.ecr.us-east-1.amazonaws.com/broadinstitute/gatk:4.6.0.2"
        },
        {
            "sourceImage": "ubuntu:latest",
            "destinationImage": "111122223333.dkr.ecr.us-east-1.amazonaws.com/custom/ubuntu:latest"
        }
    ]
}

如需有關在建立工作流程時使用登錄檔和映像映射的詳細資訊，請參閱 設定提取快取映射參數。