中可用的 Ready2Run 工作流程 HealthOmics - AWS HealthOmics

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中可用的 Ready2Run 工作流程 HealthOmics

下表列出了中可用的 Ready2Run 工作流程。 HealthOmics

您可以登录HealthOmics控制台查看有关这些工作流程的详细信息，包括输入参数和工作流程图。有关 Ready2Run 工作流程的定价信息，请参阅定价。HealthOmics

注意

每个 Ready2Run 工作流程都有最大输入文件大小。这些最大文件大小不可调整。

工作流名称 发布者 需要订阅？ 最大输入文件大小 (GiB) 预计运行时间 (HH: MM)
AlphaFold 用于 601-1200 残留物 谷歌 DeepMind 否 1 11:15
AlphaFold 最多可容纳 600 个残留物 谷歌 DeepMind 否 1 7:30
适用于 2x150 的 Bases2Fastq 元素生物科学 否 1000 1:45
适用于 2x300 的 Bases2Fastq 元素生物科学 否 1000 1:30
适用于 2x75 的 Bases2Fastq 元素生物科学 否 500 0:45
ESMFold 最多可容纳 800 个残留物 元研究 否 1 0:15
GATK-BP fq2bam 布罗德研究所 否 64 10:10
GATK-BP Germline bam2vcf 用于 30 倍基因组 布罗德研究所 否 39 2:45
GATK-BP Germline fq2vcf 用于 30 倍基因组 布罗德研究所 否 64 12:30
GATK-BP Somatic WES bam2vcf 布罗德研究所 否 86 1:30
NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS 最高可达 30 倍 英伟达公司 否 80 1:39
NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS 最高可达 50 倍 英伟达公司 否 120 2:45
NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS 最高可达 5 倍 英伟达公司 否 20 0:18
NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS 最高可达 30 倍 英伟达公司 否 71 1:00
NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS 最高可达 50 倍 英伟达公司 否 137 1:45
NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS 最高可达 5 倍 英伟达公司 否 13 0:15
NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS 最高可达 30 倍 英伟达公司 否 71 2:00
NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS 最高可达 50 倍 英伟达公司 否 137 3:30
NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS 售价高达 5 倍 英伟达公司 否 12 0:30
NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS 最高可达 30 倍 英伟达公司 否 71 1:15
NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS 最高可达 50 倍 英伟达公司 否 137 2:00
NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS 售价高达 5 倍 英伟达公司 否 13 0:15
NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS 最高可达 50 倍 英伟达公司 否 196 0:45
sc wit RNAseq h Kallisto BUStools NF-Core 否 119 1:30
sc RNAseq 配三文鱼 Alevin-fry NF-Core 否 119 2:30
sc w RNAseq ith STARsolo NF-Core 否 119 2:30
Sentieon Germline BAM WES 最高可达 300 倍 Sentieon, Inc. 是 9 1:00
Sentieon Germline BAM WGS 最高可达 32 倍 Sentieon, Inc. 是 18 1:30
Sentieon Germline FASTQ WES 最高可达 100 倍 Sentieon, Inc. 是 5 0:45
Sentieon Germline FASTQ WES 最高可达 300 倍 Sentieon, Inc. 是 26 2:00
Sentieon Germline FASTQ WGS 最高可达 32 倍 Sentieon, Inc. 是 51 3:30
安大略省的 Sentieon LongRead Sentieon, Inc. 是 25 1:30
Sentieon for LongRead PacBio HiFi Sentieon, Inc. 是 58 4:00
Sentieon Somatic WES Sentieon, Inc. 是 50 2:30
Sentieon Somatic WGS Sentieon, Inc. 是 113 4:30
Ultima Genomic DeepVariant s 最高可达 40 倍 Ultima Genomics 否 91 1:55

当您使用 Ready2Run 工作流程时，您的工作流程是预先配置的，无法编辑。与私有工作流程相比，Ready2Run 工作流程不支持以下内容：

  • 增加最大输入文件大小

  • 更改计算资源或运行存储

  • 更改工作流程定义或容器

  • 向跑步组中添加跑步

  • 共享工作流程

如果发布者已共享了 Ready2Run 工作流程 GitHub，则可以基于 Ready2Run 工作流程创建自己的私有工作流程。下表提供了每个发布者 GitHub 的工作流程链接。

发布者 工作流程已开启 GitHub
谷歌 DeepMind、元研究 蛋白质折叠工作流程
元素生物科学 如需信息，请联系元素生物科学
布罗德研究所 GATK 工作流程
英伟达公司 Parabricks 工作流程
nf-core NF 核心工作流程
Sentieon Sentieon 工作流程
Ultima Genomics Ultima Genomics 工作流程