CWL 工作流程定义细节 - AWS HealthOmics

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CWL 工作流程定义细节

用通用工作流语言 (CWL) 编写的工作流程提供的功能与用 WDL 和 Nextflow 编写的工作流程类似。您可以使用 Amazon S3 或 HealthOmics 存储 URIs 作为输入参数。

如果您在子工作流程的 SecondaryFile 中定义输入，请在主工作流程中添加相同的定义。

HealthOmics 工作流程不支持操作流程。要了解有关 CWL 工作流中操作流程的更多信息，请参阅 CWL 文档。

要转换现有的 CWL 工作流定义文件以供使用 HealthOmics，请进行以下更改：

  • 将所有 Docker 容器 URIs 替换为亚马逊 EC URIs R。

  • 确保在主工作流程中将所有工作流文件声明为输入，并且所有变量都已明确定义。

  • 确保所有 JavaScript 代码都是严格模式投诉。

应为使用的每个容器定义 CWL 工作流程。不建议使用固定的亚马逊 ECR URI 对 DockerPull 条目进行硬编码。

以下是用 CWL 编写的工作流程示例。


cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl

以下文件定义了copy.cwl任务。


cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"

以下是使用 CWL 编写的、具有 GPU 要求的工作流程示例。

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []