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CWL 工作流程定义细节

用通用工作流语言 (CWL) 编写的工作流程提供的功能与用 WDL 和 Nextflow 编写的工作流程类似。您可以使用 Amazon S3 或 HealthOmics 存储 URIs 作为输入参数。

如果您在子工作流程的 SecondaryFile 中定义输入，请在主工作流程中添加相同的定义。

HealthOmics 工作流程不支持操作流程。要了解有关 CWL 工作流中操作流程的更多信息，请参阅 CWL 文档。

最佳做法是为您使用的每个容器定义单独的 CWL 工作流程。我们建议您不要使用固定的亚马逊 ECR URI 对 DockerPull 条目进行硬编码。

转换要使用的 CWL 工作流程 HealthOmics

要将现有 CWL 工作流定义转换为使用 HealthOmics，请进行以下更改：

使用退出任务重试 omicsRetryOn5xx

HealthOmics 如果任务由于服务错误而失败（5XX HTTP 状态代码），则支持任务重试。默认情况下，最多 HealthOmics 会尝试对失败的任务进行两次重试。有关任务重试的更多信息 HealthOmics，请参阅任务重试次数。

要因服务错误而选择不重试任务，请在工作流定义中配置omicsRetryOn5xx指令。你可以在要求或提示下定义这个指令。我们建议添加该指令作为便携性提示。

requirements:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false

hints:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false     

要求覆盖提示。如果任务实施在提示中提供了资源需求，而该提示也由封闭工作流程中的需求提供，则随附的要求优先。

如果相同的任务要求出现在工作流的不同级别，则 HealthOmics 使用来自requirements（或者hints，如果中没有条目requirements）中最具体的条目。以下列表显示了 HealthOmics 用于应用配置设置的优先顺序，从最低优先级到最高优先级：

以下示例显示了如何在工作流的不同级别配置omicsRetryOn5xx指令。在此示例中，工作流级别的要求优先于工作流程级别的提示。任务和步骤级别的需求配置会覆盖提示配置。

class: Workflow
# Workflow-level requirement and hint
requirements:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false

hints:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false  # The value in requirements overrides this value 

steps:
  task_step:
    # Step-level requirement
    requirements:
      ResourceRequirement:
        omicsRetryOn5xx: false
    # Step-level hint
    hints:
      ResourceRequirement:
        omicsRetryOn5xx: false
    run:
      class: CommandLineTool
      # Task-level requirement
      requirements:
        ResourceRequirement:
          omicsRetryOn5xx: false
      # Task-level hint
      hints:
        ResourceRequirement:
          omicsRetryOn5xx: false      
    

示例

以下是用 CWL 编写的工作流程示例。

cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl            
    

以下文件定义了copy.cwl任务。

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"      

以下是使用 CWL 编写的、具有 GPU 要求的工作流程示例。

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []