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Nextflow 工作流程定义细节

HealthOmics 支持 Next DSL1 flow 和。 DSL2有关更多信息，请参阅 Nextflow版本支持。

Nextflow 基 DSL2 于 Groovy 编程语言，因此参数是动态的，并且可以使用与 Groovy 相同的规则进行类型强制。输入 JSON 提供的参数和值可在工作流程的参数 (params) 映射中找到。

使用 nf 架构和 nf 验证插件

HealthOmics 为 Nextflow 插件提供了以下支持：

指定存储空间 URIs

使用 Amazon S3 或 HealthOmics URI 构建 Nextflow 文件或路径对象时，只要授予读取权限，它就会使匹配的对象可供工作流程使用。Amazon S3 URIs 允许使用前缀或目录。有关示例，请参阅 亚马逊 S3 输入参数格式。

HealthOmics 支持在 Amazon S3 URIs 或 HealthOmics 存储 URIs中使用全局模式。在工作流程定义中使用 Glob 模式来创建path或file频道。

下一页流指令

您可以在 Nextflow 配置文件或工作流程定义中配置 Nextflow 指令。以下列表显示了 HealthOmics 用于应用配置设置的优先顺序，从最低优先级到最高优先级：

任务重试策略使用 errorStrategy

使用该errorStrategy指令定义任务错误的策略。默认情况下，当任务返回并显示错误指示（非零退出状态）时，该任务将停止并 HealthOmics 终止整个运行。如果设置为retry，则 HealthOmics 尝试errorStrategy对失败的任务进行一次重试。要增加重试次数，请参阅使用任务重试尝试 maxRetries。

process {
    label 'my_label'
    errorStrategy 'retry'

    script:
    """
    your-command-here
    """
}   

有关在运行期间如何 HealthOmics 处理任务重试的信息，请参阅任务重试次数。

使用任务重试尝试 maxRetries

默认情况下， HealthOmics 不尝试对失败的任务进行任何重试，或者如果您进行了配置，则不尝试重试一次。errorStrategy要增加最大重试次数，请使用该errorStrategy指retry令设置为并配置最大重试次数。maxRetries

以下示例在全局配置中将最大重试次数设置为 3。

process {
    errorStrategy = 'retry'
    maxRetries = 3
}     

以下示例说明如何在工作流定义maxRetries的任务部分进行设置。

process myTask {
    label 'my_label'
    errorStrategy 'retry'
    maxRetries 3
    
    script:
    """
    your-command-here
    """
}   

以下示例说明如何根据名称或标签选择器在 Nextflow 配置文件中指定特定于任务的配置。

process {
    withLabel: 'my_label' {
        errorStrategy = 'retry'
        maxRetries = 3
    }

    withName: 'myTask' {
        errorStrategy = 'retry'
        maxRetries = 3
    }
}   

使用退出任务重试 omicsRetryOn5xx

对于 Nextflow v23 和 v24，如果任务由于服务错误而失败（5XX HTTP 状态代码），则 HealthOmics 支持任务重试。默认情况下，最多 HealthOmics 会尝试对失败的任务进行两次重试。

您可以配置omicsRetryOn5xx为因服务错误而退出任务重试。有关任务重试的更多信息 HealthOmics，请参阅任务重试次数。

以下示例在全局配置omicsRetryOn5xx中配置为选择退出任务重试。

process {
    omicsRetryOn5xx = false
}     

以下示例显示了如何在工作流定义omicsRetryOn5xx的任务部分进行配置。

process myTask {
    label 'my_label'
    omicsRetryOn5xx = false
    
    script:
    """
    your-command-here
    """
}   

以下示例说明如何根据名称或标签选择器在 Nextflow 配置文件中设置omicsRetryOn5xx为特定于任务的配置。

process {
    withLabel: 'my_label' {
        omicsRetryOn5xx = false
    }

    withName: 'myTask' {
        omicsRetryOn5xx = false
    }
}   

使用time指令的任务持续时间

HealthOmics 提供了可调整的配额（参见HealthOmics 服务配额），用于指定跑步的最大持续时间。对于 Nextflow v23 和 v24 工作流程，您还可以使用 Nextflow 指令指定最大任务持续时间。time

在新工作流程开发过程中，设置最大任务持续时间可以帮助你捕捉失控的任务和长时间运行的任务。

有关 Nextflow 时间指令的更多信息，请参阅 Nextflow 参考中的时间指令。

HealthOmics 为 Nextflow 时间指令提供了以下支持：

使用以下一个或多个单位指定超时持续时间：mss、m、h、或d。

以下示例说明如何在 Nextflow 配置文件中指定全局配置。它将全局超时设置为 1 小时 30 分钟。

process {
    time = '1h30m'
}     

以下示例说明如何在工作流定义的任务部分中指定时间指令。此示例将超时设置为 3 天、5 小时和 4 分钟。此值优先于配置文件中的全局值，但不优先于配置文件my_label中特定于任务的时间指令。

process myTask {
    label 'my_label'
    time '3d5h4m'
        
    script:
    """
    your-command-here
    """
}     

以下示例说明如何根据名称或标签选择器在 Nextflow 配置文件中指定特定于任务的时间指令。此示例将全局任务超时值设置为 30 分钟。它将任务的值设置为 2 小时myTask，将带有标签的任务的值设置为 3 小时my_label。对于与选择器匹配的任务，这些值优先于全局值和工作流定义中的值。

process {
    time = '30m'
    
    withLabel: 'my_label' {
        time = '3h'  
    }

    withName: 'myTask' {
        time = '2h'  
    }
}     

导出任务内容

对于用 Nextflow 编写的工作流程，请定义 PublishDir 指令以将任务内容导出到输出 Amazon S3 存储桶。如以下示例所示，将 p ublishDir 值设置为。/mnt/workflow/pubdir要将文件导出到 Amazon S3，文件必须位于此目录中。

 nextflow.enable.dsl=2
              
  workflow {
    CramToBamTask(params.ref_fasta, params.ref_fasta_index, params.ref_dict, params.input_cram, params.sample_name)
    ValidateSamFile(CramToBamTask.out.outputBam)
  }
  
  process CramToBamTask {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        path ref_fasta
        path ref_fasta_index
        path ref_dict
        path input_cram
        val sample_name
  
    output:
        path "${sample_name}.bam", emit: outputBam
        path "${sample_name}.bai", emit: outputBai
  
    script:
    """
        set -eo pipefail
  
        samtools view -h -T $ref_fasta $input_cram |
        samtools view -b -o ${sample_name}.bam -
        samtools index -b ${sample_name}.bam
        mv ${sample_name}.bam.bai ${sample_name}.bai
    """
  }
  
  process ValidateSamFile {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        file input_bam
  
    output:
        path "validation_report"
  
    script:
    """
        java -Xmx3G -jar /usr/gitc/picard.jar \
        ValidateSamFile \
        INPUT=${input_bam} \
        OUTPUT=validation_report \
        MODE=SUMMARY \
        IS_BISULFITE_SEQUENCED=false
    """
  }