重跑跑入 HealthOmics - AWS HealthOmics
使用控制台重新运行使用 API 重新跑步使用 “重新运行” 工具

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重跑跑入 HealthOmics

对于尚未删除的跑步，请使用控制台或 API 重新运行运行。对于已删除的跑步，请使用该工具。 HealthOmics rerun

使用控制台重新运行

在控制台中，按照以下步骤重新运行运行：

  1. 打开 HealthOmics 管理控制台。

  2. 如果需要，请打开左侧导航窗格 (►)。选择运行。

  3. 在 “运行” 页面上，选择要重新运行的运行。

  4. 从表格上方的操作菜单中，选择 “重新运行”。

使用 API 重新跑步

使用 StartRun API 操作重新运行现有运行。提供以下必需的输入：

  • 服务角色 ARN () roleArn。

  • 要复制的运行的 ID (runId)。

  • 运行保存运行输出的 Amazon S3 位置 (outputUri)。

aws omics start-run 
     --run-id run id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --output-uri s3://workflow-output-b6f2fce1

使用 “重新运行” 工具

对于已删除的运行，您可以下载并使用该 HealthOmics rerun工具重新运行该运行。该工具从 CloudWatch 日志清单中检索运行信息。从rerun工具 GitHub 存储库下载该HealthOmics 工具。

以下示例显示了如何使用该rerun工具。

aws-healthomics-rerun 9876543

如果运行存在于中 CloudWatch，则您会收到与以下示例输出类似的响应。如果工作流程已不存在，您会收到一条错误消息。

Original request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "sample_rerun",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "new test",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun response:
{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9171779",
  "id": "9171779",
  "status": "PENDING",
  "tags": {}
}