HealthOmics 任务的计算和内存要求 - AWS HealthOmics

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HealthOmics 任务的计算和内存要求

HealthOmics 在 omics 实例中运行您的私有工作流程任务。 HealthOmics 提供了多种实例类型以适应不同类型的任务。每种实例类型都有固定的内存和 vCPU 配置(对于加速计算实例类型,还有固定的 GPU 配置)。使用 omics 实例的成本因实例类型而异。有关详细信息,请参阅定HealthOmics 价页面。

对于工作流中的任务,您可以在工作流定义文件CPUs 中指定所需的内存和 v。当工作流任务运行时, HealthOmics 分配最小的组学实例,以容纳请求的内存和 v. CPUs 例如,如果任务需要 64 GiB 内存和 8 vCPUs, HealthOmics 则选择。omics.r.2xlarge

我们建议您查看实例类型并设置请求的 v CPUs 和内存大小,使其与最能满足您需求的实例相匹配。即使实例类型有额外的 v CPUs 和内存,任务容器也会使用您在工作流程定义文件中指定的数量CPUs 和内存大小。

以下列表包含有关 vCPU 和内存分配的其他信息:

  • 容器资源分配是硬性限制。如果任务内存不足或尝试使用其他 vCPUs ,则该任务会生成错误日志并退出。

  • 如果您未指定任何计算或内存要求,请 HealthOmics 选择omics.c.large并默认为具有 1 个 vCPU 和 1 GiB 内存的配置。

  • 您可以请求的最低配置为 1 个 vCPU 和 1 GiB 内存。

  • 如果您指定 v CPUs、memory 或 GPUs ,则超过支持的实例类型,则 HealthOmics 会抛出一条错误消息,并且工作流程无法通过验证

  • 如果指定小数单位,则向上 HealthOmics 舍入到最接近的整数。

  • HealthOmics 为管理和日志代理保留少量内存 (5%),因此任务中的应用程序可能并不总是可以使用全部内存分配。

  • HealthOmics 匹配实例类型以满足您指定的计算和内存要求,并且可以混合使用几代硬件。因此,同一任务的任务运行时间可能会有一些细微的差异。

这些主题提供了有关 HealthOmics 支持的实例类型的详细信息。

注意

对于标准、计算和内存优化型实例,如果实例需要更高的吞吐量,请增加实例带宽大小。小于 16 vCPUs (大小为 4xl 及更小)的 Amazon EC2 实例可能会出现吞吐量激增的情况。有关 Amazon EC2 实例吞吐量的更多信息,请参阅亚马逊 EC2 可用实例带宽

标准实例类型

对于标准实例类型,配置旨在平衡计算能力和内存。

HealthOmics 支持以下区域的 32xlarge 和 48xlarge 实例:美国西部(俄勒冈)和美国东部(弗吉尼亚北部)。

实例 v 的数量 CPUs 内存
omics.m.large 2 8 GiB
omics.m.xlarge 4 16 GiB
omics.m.2xlarge 8 32 GiB
omics.m.4xlarge 16 64 GiB
omics.m.8xlarge 32 128 GiB
omics.m.12xlarge 48 192 GiB
omics.m.16xlarge 64 256 GiB
omics.m.24xlarge 96 384 GiB
omics.m.32xlarge 128 512 GiB
omics.m.48xlarge 192 768 GiB

计算优化型实例

对于计算优化的实例类型,配置具有更高的计算能力和更少的内存。

HealthOmics 支持以下区域的 32xlarge 和 48xlarge 实例:美国西部(俄勒冈)和美国东部(弗吉尼亚北部)。

实例 v 的数量 CPUs 内存
omics.c.large 2 4 GiB
omics.c.xlarge 4 8 GiB
omics.c.2xlarge 8 16 GiB
omics.c.4xlarge 16 32 GiB
omics.c.8xlarge 32 64 GiB
omics.c.12xlarge 48 96 GiB
omics.c.16xlarge 64 128 GiB
omics.c.24xlarge 96 192 GiB
omics.c.32xlarge 128 256 GiB
omics.c.48xlarge 192 384 GiB

内存优化型实例

对于内存优化的实例类型,配置具有更低的计算能力和更多的内存。

HealthOmics 支持以下区域的 32xlarge 和 48xlarge 实例:美国西部(俄勒冈)和美国东部(弗吉尼亚北部)。

实例 v 的数量 CPUs 内存
omics.r.large 2 16 GiB
omics.r.xlarge 4 32 GiB
omics.r.2xlarge 8 64 GiB
omics.r.4xlarge 16 128 GiB
omics.r.8xlarge 32 256 GiB
omics.r.12xlarge 48 384 GiB
omics.r.16xlarge 64 512 GiB
omics.r.24xlarge 96 768 GiB
omics.r.32xlarge 128 1024 GiB
omics.r.48xlarge 192 1536 GiB

加速计算实例

您可以选择为工作流程中的每个任务指定 GPU 资源,以便为该任务 HealthOmics分配加速计算实例。有关如何在工作流定义文件中指定 GPU 信息的信息,请参阅工作 HealthOmics 流程定义中的任务加速器

如果您指定支持多种实例类型的 GPU,请根据可用性 HealthOmics 选择实例类型。如果两种实例类型都可用,则 HealthOmics 优先选择成本较低的实例。

以色列(特拉维夫)地区不支持 G4 实例。亚太地区(新加坡)地区不支持 G5 实例。

G6 和 G6e 实例类型

HealthOmics 支持以下 G6 加速计算实例配置。所有 omics.g6 实例都使用 Nvidia L4 或 Nvidia L4 A10G。 GPUs

HealthOmics 支持以下区域的 G6 和 G6e 实例:美国西部(俄勒冈)和美国东部(弗吉尼亚北部)。

实例 v 的数量 CPUs 内存 的数量 GPUs GPU 内存
omics.g6.xlarge 4 16 GiB 1 48 GiB
omics.g6.2xlarge 8 32 GiB 1 48 GiB
omics.g6.4xlarge 16 64 GiB 1 48 GiB
omics.g6.8xlarge 32 128 GiB 1 48 GiB
omics.g6.12xlarge 48 192 GiB 4 192 GiB
omics.g6.16xlarge 64 256 GiB 1 48 GiB
omics.g6.24xlarge 96 192 GiB 4 192 GiB

所有 omics.g6e 实例都使用 Nvidia L40。 GPUs

实例 v 的数量 CPUs 内存 的数量 GPUs GPU 内存
omics.g6e.xlarge 4 32 GiB 1 24 GiB
omics.g6e.2xlarge 8 64 GiB 1 24 GiB
omics.g6e.4xlarge 16 128 GiB 1 24 GiB
omics.g6e.8xlarge 32 256 GiB 1 24 GiB
omics.g6e.12xlarge 48 384 GiB 4 96 GiB
omics.g6e.16xlarge 64 512 GiB 1 96 GiB
omics.g6e.24xlarge 96 768 GiB 4 96 GiB

G4 和 G5 实例

HealthOmics 支持以下 G4 和 G5 加速计算实例配置。

所有 omics.g5 实例都使用 Nvidia L4 A10G、Nvidia Tesla A10G 或 Nvidia Tesla T4 A10G。 GPUs

实例 v 的数量 CPUs 内存 的数量 GPUs GPU 内存
omics.g5.xlarge 4 16 GiB 1 24 GiB
omics.g5.2xlarge 8 32 GiB 1 24 GiB
omics.g5.4xlarge 16 64 GiB 1 24 GiB
omics.g5.8xlarge 32 128 GiB 1 24 GiB
omics.g5.12xlarge 48 192 GiB 4 96 GiB
omics.g5.16xlarge 64 256 GiB 1 24 GiB
omics.g5.24xlarge 96 384 GiB 4 96 GiB

所有 omics.g4dn 实例都使用 Nvidia Tesla T4 或 Nvidia Tesla T4 A10G。 GPUs

实例 v 的数量 CPUs 内存 的数量 GPUs GPU 内存
omics.g4dn.xlarge 4 16 GiB 1 16 GiB
omics.g4dn.2xlarge 8 32 GiB 1 16 GiB
omics.g4dn.4xlarge 16 64 GiB 1 16 GiB
omics.g4dn.8xlarge 32 128 GiB 1 16 GiB
omics.g4dn.12xlarge 48 192 GiB 4 64 GiB
omics.g4dn.16xlarge 64 256 GiB 1 24 GiB