本文属于机器翻译版本。若本译文内容与英语原文存在差异，则一律以英文原文为准。

创建 HealthOmics 序列存储

HealthOmics 序列存储支持以FASTQ（仅限 gzip）和的未对齐格式存储基因组文件。uBAM它还支持BAM和的对齐格式CRAM。

导入的文件以读取集的形式存储。您可以为读取集添加标签，并使用 IAM 策略来控制对读取集的访问权限。对齐的读取集需要参考基因组来对齐基因组序列，但对于未对齐的读取集，它是可选的。

要存储读取集，请先创建序列存储。创建序列存储时，您可以指定一个可选的 Amazon S3 存储桶作为备用位置以及存储 S3 访问日志的位置。备用位置用于存储在直接上传期间未能创建读取集的任何文件。备用位置可用于 2023 年 5 月 15 日之后创建的序列存储。您可以在创建序列存储时指定后备位置。

您最多可以指定五个读取集标签密钥。当您使用与其中一个密钥匹配的标签密钥创建或更新读取集时，读取集标签会传播到相应的 Amazon S3 对象。默认情况下，由创建的系统标签会 HealthOmics 被传播。

使用控制台创建序列存储

创建商店后，就可以开始使用了导入基因组文件。

使用 CLI 创建序列存储

在以下示例中，sequence store name使用您为序列存储选择的名称替换。

aws omics create-sequence-store --name sequence store name --fallback-location "s3://amzn-s3-demo-bucket"  

您将收到以下 JSON 格式的响应，其中包括您新创建的序列存储的 ID 号。

{
    "id": "3936421177",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
    "name": "sequence_store_example_name",
    "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z"
    "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket"
}    

您还可以使用list-sequence-stores命令查看与您的账户关联的所有序列存储，如下所示。

aws omics list-sequence-stores

您会收到以下回复。

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
            "id": "3936421177",
            "name": "MySequenceStore",
            "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z",
            "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
            "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket",
            "status": "Active"
        }
    ]
}      

您可以使用序列存储的 ID get-sequence-store来了解有关序列存储的更多信息，如以下示例所示：

aws omics get-sequence-store --id sequence store ID                             

您会收到以下回复：

{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/sequencestoreID",
  "creationTime": "2024-01-12T04:45:29.857Z",
  "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
  "description": null,
  "fallbackLocation": null,
  "id": "2015356892",
  "name": "MySequenceStore",
  "s3Access": {
      "s3AccessPointArn": "arn:aws:s3:us-west-2:123456789012:accesspoint/592761533288-2015356892",
      "s3Uri": "s3://592761533288-2015356892-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/",
      "accessLogLocation": "s3://IAD-seq-store-log/2015356892/"
  },
  "sseConfig": {
      "keyArn": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/eb2b30f5-635d-4b6d-b0f9-d3889fe0e648",
      "type": "KMS"
  },
  "status": "Active",
  "statusMessage": null,
  "setTagsToSync": ["withdrawn","protocol"],
}                    

创建后，还可以更新多个商店参数。这可以通过控制台或 API updateSequenceStore 操作来完成。

更新序列存储

要更新序列存储，请执行以下步骤：

更新序列存储的读取集标签

要更新序列存储的读取集标签或其他字段，请执行以下步骤：

导入基因组文件

要将基因组文件导入序列存储，请执行以下步骤：