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# 从工作流程定义中引用基因组文件
<a name="create-ref-files"></a>

可以使用如下所示的 URI 来引用 HealthOmics 参考存储对象。使用您自己的`{{account ID}}``{{reference store ID}}`、和（`{{reference ID}}`如果有指示）。

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}            
```

有些工作流程需要同时使用`SOURCE`和`INDEX`文件作为参考基因组。之前的 URI 是默认的简写形式，默认为源文件。要指定任一文件，您可以使用长 URI 格式，如下所示。

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/source
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/index
```

如图所示，使用序列读取集将具有类似的模式。

```
aws omics create-workflow \
     --name {{workflow name}} \
     --main {{sample workflow.wdl}} \
     --definition-uri omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{sequence_store_id}}/readSet/{{id}} \
     --parameter-template {{file://parameters_sample_description.json}}
```

某些读取集（例如基于 FASTQ 的读取集）可能包含配对读取。在以下示例中，它们被称为 SOURCE1 和 SOURCE2。诸如 BAM 和 CRAM 之类的格式只能有一个文件。 SOURCE1 某些读取集将包含索引文件，例如`bai`或`crai`文件。前面的 URI 是默认的简写形式，默认为该 SOURCE1 文件。要指定确切的文件或索引，可以使用长 URI 格式，如下所示。

```
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index
```

以下是使用两个 Omics 存储空间 URIs的输入 JSON 文件的示例。

```
{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}
```

 AWS CLI 通过将输入的 JSON 文件添加到您的**开始运行请求中，引`--inputs file://<input_file.json>`用输入 JS** ON 文件。