从工作流程定义中引用基因组文件

可以使用如下所示的 URI 来引用 HealthOmics 参考存储对象。使用您自己的account IDreference store ID、和（reference ID如果有指示）。

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id            

有些工作流程需要同时使用SOURCE和INDEX文件作为参考基因组。之前的 URI 是默认的简写形式，默认为源文件。要指定任一文件，您可以使用长 URI 格式，如下所示。

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source
omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index

如图所示，使用序列读取集将具有类似的模式。

aws omics create-workflow \
     --name workflow name \
     --main sample workflow.wdl \
     --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \
     --parameter-template file://parameters_sample_description.json 

某些读取集（例如基于 FASTQ 的读取集）可能包含配对读取。在以下示例中，它们被称为 SOURCE1 和 SOURCE2。诸如 BAM 和 CRAM 之类的格式只能有一个文件。 SOURCE1 某些读取集将包含索引文件，例如bai或crai文件。前面的 URI 是默认的简写形式，默认为该 SOURCE1 文件。要指定确切的文件或索引，可以使用长 URI 格式，如下所示。

omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index

以下是使用两个 Omics 存储空间 URIs的输入 JSON 文件的示例。

{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}   

AWS CLI 通过添加到--inputs file://<input_file.json>您的开始运行请求中引用输入 JSON 文件。