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Conectando HealthOmics fluxos de trabalho a uma VPC

Com a Amazon Virtual Private Cloud (Amazon VPC), você pode lançar AWS recursos em uma rede virtual privada que você definiu. Você pode dar aos seus HealthOmics fluxos de trabalho acesso aos recursos em sua VPC configurando suas execuções para usar o modo de rede VPC. Quando a rede VPC está ativada, suas execuções podem acessar recursos em sua VPC e se conectar a recursos externos pela Internet pública se sua VPC tiver acesso à Internet configurado.

Quando usar a rede VPC

Use a rede VPC quando suas execuções precisarem:

Modos de rede

HealthOmics Os fluxos de trabalho oferecem suporte a dois modos de rede. Por padrão, as execuções do fluxo de trabalho operam no modo RESTRITO. Você pode habilitar a rede VPC por execução ao iniciar a execução do fluxo de trabalho.

Você especifica o modo de rede ao iniciar a execução de um fluxo de trabalho usando o networkingMode parâmetro na StartRun API.

Introdução

Esta seção orienta você na configuração da rede VPC para HealthOmics fluxos de trabalho pela primeira vez.

Pré-requisitos

Antes de configurar a rede VPC HealthOmics para fluxos de trabalho, verifique se você tem o seguinte:

Etapa 1: criar ou configurar sua VPC

Crie uma VPC com sub-redes privadas, grupos de segurança e gateways NAT (se for necessário acesso à Internet). Para obter instruções detalhadas passo a passo, consulte. Acesso à Internet para VPC-connected fluxos de trabalho

Etapa 2: Configurar grupos de segurança

Crie um grupo de segurança que permita tráfego de saída para os destinos que suas corridas precisam acessar. Configure grupos de segurança para permitir somente o tráfego de saída mínimo exigido seguindo o princípio do menor privilégio.

Para ver exemplos de configurações e orientações detalhadas, consulte a seção de grupos de segurança emAcesso à Internet para VPC-connected fluxos de trabalho.

Etapa 3: verificar as tabelas de rotas

Certifique-se de que suas sub-redes privadas tenham rotas para um gateway NAT para acesso à Internet. Por exemplo, configurações da tabela de rotas, consulte a seção da tabela de rotas emAcesso à Internet para VPC-connected fluxos de trabalho.

Etapa 4: criar um recurso de configuração

Crie um recurso HealthOmics de configuração que defina suas configurações de rede VPC:

aws omics create-configuration \
  --name my-vpc-config \
  --description "VPC configuration for genomics workflows" \
  --run-configurations '{
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["sg-0123456789abcdef0"],
      "subnetIds": [
        "subnet-0a1b2c3d4e5f6g7h8",
        "subnet-1a2b3c4d5e6f7g8h9"
      ]
    }
  }' \
  --region us-west-2

A configuração passará do ACTIVE status CREATING para o status quando os recursos de rede forem provisionados. Isso leva até 15 minutos.

Etapa 5: iniciar a execução de um fluxo de trabalho com a rede VPC

Quando sua configuração estiver concluídaACTIVE, inicie a execução de um fluxo de trabalho com a rede VPC ativada:

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Etapa 6: verificar a conectividade

Monitore a execução do fluxo de trabalho para verificar se ele pode acessar os recursos externos necessários. Verifique os registros do fluxo de trabalho em CloudWatch Logs para ver se há mensagens de sucesso ou falha na conexão. Para obter orientações detalhadas sobre como testar a conectividade, consulteTestando a conectividade VPC.

Requisitos da VPC

Sua VPC deve atender aos seguintes requisitos:

Requisitos de sub-rede

Requisitos para grupos de segurança

Grupos de segurança controlam o tráfego de entrada e saída para suas corridas.

Requisitos da interface de rede

HealthOmics provisiona interfaces de rede elásticas (ENIs) em sua VPC para conectar execuções à sua rede. Certifique-se de que sua AWS conta tenha capacidade de ENI suficiente (limite padrão: 5.000 ENIs por região).

Os ENIs criados por HealthOmics são marcados com as seguintes tags:

"TagSet": [
  {
    "Key": "Service",
    "Value": "HealthOmics"
  },
  {
    "Key": "eniType",
    "Value": "CUSTOMER"
  }
]

APIs de configuração

HealthOmics fornece APIs para criar, gerenciar e excluir configurações de VPC. Você pode reutilizar configurações em várias execuções de fluxo de trabalho.

CreateConfiguration

Cria um novo recurso de configuração com as configurações de rede VPC. Para obter um exemplo etapa por etapa, consulte Etapa 4: criar um recurso de configuração.

Sintaxe da solicitação:

aws omics create-configuration \
  --name configuration-name \
  --description description \
  --run-configurations '{"vpcConfig":{"securityGroupIds":["security-group-id"],"subnetIds":["subnet-id"]}}' \
  --tags Key=key,Value=value \
  --region region

Parâmetros:

Resposta:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "CREATING",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

Valores do status da configuração:

GetConfiguration

Recupera detalhes de uma configuração específica.

Sintaxe da solicitação:

aws omics get-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Resposta:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "ACTIVE",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

ListConfigurations

Lista todas as configurações em sua conta.

Sintaxe da solicitação:

aws omics list-configurations \
  --region region

Resposta:

{
  "items": [
    {
      "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
      "name": "configuration-name",
      "description": "description",
      "status": "ACTIVE",
      "creationTime": "timestamp"
    }
  ]
}

DeleteConfiguration

Exclui uma configuração. Você não pode excluir uma configuração atualmente em uso por execuções ativas de fluxo de trabalho.

Sintaxe da solicitação:

aws omics delete-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Executando fluxos de trabalho com redes VPC

Iniciando uma execução com redes VPC

Para usar a rede VPC em uma execução de fluxo de trabalho, especifique o networking-mode parâmetro e: configuration-name

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Parâmetros:

Visualizando a configuração da rede de execução

Use GetRun para visualizar a configuração de rede para uma execução:

aws omics get-run \
  --id run-id \
  --region region

A resposta inclui o modo de rede, os detalhes da configuração e a configuração da VPC. O exemplo a seguir mostra os VPC-related campos da resposta:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:run/run-id",
  "id": "run-id",
  "status": "status",
  "workflowId": "workflow-id",
  "networkingMode": "VPC",
  "configuration": {
    "name": "configuration-name",
    "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
    "uuid": "configuration-uuid"
  },
  "vpcConfig": {
    "subnets": ["subnet-id-1", "subnet-id-2"],
    "securityGroupIds": ["security-group-id"],
    "vpcId": "vpc-id"
  }
}

Imutabilidade da configuração

Os fluxos de trabalho usam um instantâneo da configuração como ela existia quando a execução foi iniciada. Você pode modificar ou excluir configurações com segurança durante a execução da execução sem afetar as execuções ativas.

Considerações sobre o cache de chamadas

Ao usar a rede VPC com cache de chamadas, certifique-se de que seu mecanismo de fluxo de trabalho esteja configurado adequadamente. Para obter orientações detalhadas sobre o cache de chamadas por mecanismo, consulteEngine-specific recursos de cache.

Práticas recomendadas

Segurança

desempenho

Otimização de custos

Operacional

Cotas de rede VPC

A tabela a seguir lista as cotas para configurações de rede VPC:

Para solicitar um aumento de cota, abra o console Service Quotas, AWS escolha serviços, AWS HealthOmicspesquise, selecione a cota que você deseja aumentar e escolha Solicitar aumento de cota. Normalmente, as solicitações de aumento de cota são processadas dentro de 1 a 2 dias úteis.