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Fluxos de trabalho Ready2Run disponíveis em HealthOmics
A tabela a seguir lista os fluxos de trabalho do Ready2Run que estão disponíveis em. HealthOmics
Você pode fazer login no HealthOmicsconsole
nota
Cada fluxo de trabalho do Ready2Run tem um tamanho máximo de arquivo de entrada. Esses tamanhos máximos de arquivo não são ajustáveis.
| Nome do fluxo de trabalho | Publicador | É necessária uma assinatura? | Tamanho máximo do arquivo de entrada (GiB) | Tempo de execução estimado (HH:MM) |
|---|---|---|---|---|
| AlphaFold para 601-1200 resíduos | Google DeepMind | Não | 1 | 11:15 |
| AlphaFold para até 600 resíduos | Google DeepMind | Não | 1 | 7:30 |
| Bases2Fastq para 2x150 | Biociências do Elemento | Não | 1000 | 1:45 |
| Bases2Fastq para 2x300 | Biociências do Elemento | Não | 1000 | 1:30 |
| Bases2Fastq para 2x75 | Biociências do Elemento | Não | 500 | 0:45 |
| ESMFold para até 800 resíduos | Metapesquisa | Não | 1 | 0:15 |
| GATK-BP fq2bam | Instituto Broad | Não | 64 | 10 & 10 |
| Linha germinativa GATK-BP bam2vcf para genoma 30x | Instituto Broad | Não | 39 | 2:45 |
| Linha germinativa GATK-BP fq2vcf para genoma 30x | Instituto Broad | Não | 64 | 12:30 |
| GATK-BP Somatic WES bam2vcf | Instituto Broad | Não | 86 | 1:30 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS para até 30X | Corporação NVIDIA | Não | 80 | 1:39 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS para até 50X | Corporação NVIDIA | Não | 120 | 2:45 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS para até 5X | Corporação NVIDIA | Não | 20 | 0:18 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS para até 30X | Corporação NVIDIA | Não | 71 | 1:00 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS para até 50X | Corporação NVIDIA | Não | 137 | 1:45 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS para até 5X | Corporação NVIDIA | Não | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks DeepVariant Germline WGS para até 30X | Corporação NVIDIA | Não | 71 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks DeepVariant Germline WGS para até 50X | Corporação NVIDIA | Não | 137 | 3:30 |
| NVIDIA Parabricks DeepVariant Germline WGS para até 5X | Corporação NVIDIA | Não | 12 | 0:30 |
| NVIDIA Parabricks HaplotypeCaller Germline WGS para até 30X | Corporação NVIDIA | Não | 71 | 1:15 |
| NVIDIA Parabricks HaplotypeCaller Germline WGS para até 50X | Corporação NVIDIA | Não | 137 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks HaplotypeCaller Germline WGS para até 5X | Corporação NVIDIA | Não | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS para até 50X | Corporação NVIDIA | Não | 196 | 0:45 |
| sc RNAseq com Kallisto BUStools | NF-núcleo | Não | 119 | 1:30 |
| 1 colher de RNAseq chá com salmão frito | NF-núcleo | Não | 119 | 2:30 |
| sc RNAseq com STARsolo | NF-núcleo | Não | 119 | 2:30 |
| Sentieon Germline BAM WES para até 300x | Sentieon, Inc. | Sim | 9 | 1:00 |
| Sentieon Germline BAM WGS para até 32x | Sentieon, Inc. | Sim | 18 | 1:30 |
| Sentieon Germline FASTQ WES por até 100x | Sentieon, Inc. | Sim | 5 | 0:45 |
| Sentieon Germline FASTQ WES por até 300x | Sentieon, Inc. | Sim | 26 | 2:00 |
| Sentieon Germline FASTQ WGS por até 32x | Sentieon, Inc. | Sim | 51 | 3:30 |
| Sentieon LongRead para ONT | Sentieon, Inc. | Sim | 25 | 1:30 |
| Sentieon LongRead para PacBio HiFi | Sentieon, Inc. | Sim | 58 | 4:00 |
| Sentieon Somatic WES | Sentieon, Inc. | Sim | 50 | 2:30 |
| Sentieon Somatic WGS | Sentieon, Inc. | Sim | 113 | 4:30 |
| Ultima Genomics DeepVariant para até 40x | Ultima Genomics | Não | 91 | 1:55 |
Quando você usa um fluxo de trabalho Ready2Run, seu fluxo de trabalho é pré-configurado e não pode ser editado. Ao contrário dos fluxos de trabalho privados, os fluxos de trabalho do Ready2Run não oferecem suporte ao seguinte:
-
Aumentar o tamanho máximo do arquivo de entrada
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Alterar os recursos computacionais ou executar o armazenamento
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Alterando a definição do fluxo de trabalho ou os contêineres
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Adicionar execuções a um grupo de corridas
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Compartilhando o fluxo de trabalho
Se o editor tiver compartilhado o fluxo de trabalho do Ready2Run GitHub, você poderá criar seu próprio fluxo de trabalho privado com base no fluxo de trabalho do Ready2Run. A tabela a seguir fornece links para GitHub fluxos de trabalho de cada editor.
| Publicador | Fluxos de trabalho em GitHub |
|---|---|
| Google DeepMind, Meta Pesquisa | Fluxos de trabalho para dobrar proteínas |
| Biociências do Elemento | Para obter informações, entre em contato com a Element Biosciences |
| Instituto Broad | Fluxos de trabalho do GATK |
| Corporação NVIDIA | Fluxos de trabalho do Parabricks |
| nf-core | Fluxos de trabalho NF-Core |
| Sentieon | Fluxos de trabalho do Sentieon |
| Ultima Genomics | Fluxos de trabalho da Ultima Genomics |
