As traduções são geradas por tradução automática. Em caso de conflito entre o conteúdo da tradução e da versão original em inglês, a versão em inglês prevalecerá.
HealthOmics integração do fluxo de trabalho com repositórios baseados em Git
Ao criar um fluxo de trabalho (ou uma versão do fluxo de trabalho), você fornece uma definição de fluxo de trabalho para especificar informações sobre o fluxo de trabalho, as execuções e as tarefas. HealthOmics pode recuperar a definição do fluxo de trabalho como um arquivo.zip (armazenado localmente ou em um bucket do Amazon S3) ou de um repositório compatível baseado em Git.
A HealthOmics integração com repositórios baseados em Git permite os seguintes recursos:
-
Criação direta de fluxo de trabalho a partir de instâncias públicas, privadas e autogerenciadas.
-
Integração de arquivos README do fluxo de trabalho e modelos de parâmetros de repositórios.
-
Support para GitHub, GitLab, e repositórios Bitbucket.
Ao usar um repositório baseado em Git, você evita as etapas manuais de baixar arquivos de definição de fluxo de trabalho e arquivos de modelo de parâmetros de entrada, criar um arquivo.zip e, em seguida, preparar o arquivo para o S3. Isso simplifica a criação do fluxo de trabalho para cenários como os exemplos a seguir:
-
Você quer começar rapidamente usando um fluxo de trabalho comum de código aberto, como nf-core. HealthOmicsrecupera automaticamente todos os arquivos de modelo de definição de fluxo de trabalho e parâmetros de entrada do repositório nf-core GitHub e usa esses arquivos para criar seu novo fluxo de trabalho.
-
Você está usando um fluxo de trabalho público do GitHub, e algumas novas atualizações são disponibilizadas. Você pode criar facilmente uma nova versão do HealthOmics fluxo de trabalho usando a definição atualizada do fluxo de trabalho GitHub como fonte. Os usuários do seu fluxo de trabalho podem escolher entre o fluxo de trabalho original ou a nova versão do fluxo de trabalho que você criou.
-
Sua equipe está criando um funil proprietário que não é público. Você mantém seu código em um repositório git privado e usa essa definição de fluxo de trabalho para seus HealthOmics fluxos de trabalho. A equipe atualiza a definição do fluxo de trabalho com frequência como parte de um ciclo de vida de desenvolvimento de fluxo de trabalho iterativo. Você pode criar facilmente novas versões do fluxo de trabalho, conforme necessário, em seu repositório privado.
Tópicos
Repositórios baseados em Git compatíveis
HealthOmics oferece suporte a repositórios públicos e privados para os seguintes provedores baseados em Git:
-
GitHub
-
GitLab
-
Bitbucket
HealthOmics oferece suporte a repositórios autogerenciados para os seguintes provedores baseados em Git:
-
GitHubEnterpriseServer
-
GitLabSelfManaged
HealthOmics suporta o uso de conexões entre contas para GitHub GitLab, e Bitbucket. Configure permissões compartilhadas por meio do AWS Resource Access Manager. Por exemplo, consulte Conexões compartilhadas no guia CodePipeline do usuário.
Configurar conexões com repositórios de código externos
Conecte seus fluxos de trabalho a repositórios baseados em Git usando a AWS. CodeConnection HealthOmics usa essa conexão para acessar seus repositórios de código-fonte.
nota
O CodeConnections serviço da AWS não está disponível na região TLV. Para essa região, configure as conexões do IAD de serviço para criar fluxos de trabalho ou versões de fluxo de trabalho a partir de um repositório.
Criar uma conexão
Antes de criar conexões, siga as instruções em Como configurar conexões no Guia do usuário das ferramentas do Developer Console.
Para criar uma conexão, siga as instruções em Criar uma conexão no Guia do usuário das ferramentas do Developer Console.
Configurar a autorização para a conexão
Você deve autorizar a conexão usando o OAuth fluxo do provedor. Verifique se o status da conexão é AVAILABLE antes de usá-la.
Para ver exemplos, consulte a postagem do blog Como criar AWS HealthOmics fluxos de trabalho a partir de conteúdo no Git
Acessando repositórios autogerenciados
Para configurar conexões com um repositório GitLab autogerenciado, use um token de acesso pessoal de administrador ao criar um host. A criação subsequente da conexão acessa o Oauth com a conta do cliente.
O exemplo a seguir configura uma conexão com um repositório GitLab autogerenciado:
-
Configure o acesso ao token de acesso pessoal de um usuário administrador.
Para configurar um PAT em um repositório GitLab autogerenciado, consulte Tokens de acesso pessoal
no GitLab Docs. -
Criar um host
-
Navegue até CodePipeline>Configurações>Conexões.
-
Escolha a guia Hosts e, em seguida, escolha Create Host.
-
Configure os campos a seguir.
Insira o nome do host
Para o tipo de provedor, escolha GitLab Autogerenciado
Insira o URL do host
Insira as informações da VPC se o host estiver definido em uma VPC
-
Escolha Criar host, que cria o host no estado PENDENTE.
-
Para concluir a configuração, escolha Configurar host.
-
Insira o token de acesso pessoal (PAT) de um usuário administrador e escolha Continuar.
-
-
Criar a conexão
-
Escolha Criar conexões na guia Conexões.
-
Para o tipo de provedor, selecione GitLab autogerenciado.
-
Em Configurações de conexão > Inserir nome da conexão, insira a URL do host que você criou anteriormente.
-
Se sua instância GitLab autogerenciada só puder ser acessada por meio de uma VPC, configure os detalhes da VPC.
-
Escolha Atualizar conexão pendente. A janela modal redireciona você para a página de login. GitLab
-
Insira o nome de usuário e a senha da conta do cliente e conclua o processo de autorização.
-
Para a primeira configuração, escolha Autorizar AWS Connector for Gitlab Self Managed.
-
Cotas relacionadas a repositórios de código externos
Para HealthOmics integração com repositórios de código externos, há um tamanho máximo para um repositório, cada arquivo do repositório e cada arquivo README. Para obter detalhes, consulte HealthOmics cotas de tamanho fixo do fluxo de trabalho.
Permissões obrigatórias do IAM
Adicione as seguintes ações à sua política de IAM baseada em identidade:
"codeconnections:CreateConnection", "codeconnections:GetConnection", "codeconnections:GetHost", "codeconnections:ListConnections", "codeconnections:UseConnection"
