Especificidades da definição do fluxo de trabalho do CWL - AWS HealthOmics

As traduções são geradas por tradução automática. Em caso de conflito entre o conteúdo da tradução e da versão original em inglês, a versão em inglês prevalecerá.

Especificidades da definição do fluxo de trabalho do CWL

Os fluxos de trabalho escritos em Common Workflow Language, ou CWL, oferecem funcionalidade semelhante aos fluxos de trabalho escritos em WDL e Nextflow. Você pode usar o Amazon S3 ou o HealthOmics armazenamento URIs como parâmetros de entrada.

Se você definir a entrada em um SecondaryFile em um subfluxo de trabalho, adicione a mesma definição no fluxo de trabalho principal.

HealthOmics os fluxos de trabalho não oferecem suporte aos processos operacionais. Para saber mais sobre os processos operacionais nos fluxos de trabalho da CWL, consulte a documentação da CWL.

Para converter um arquivo de definição de fluxo de trabalho CWL existente para uso HealthOmics, faça as seguintes alterações:

  • Substitua todo o contêiner URIs Docker pelo Amazon URIs ECR.

  • Certifique-se de que todos os arquivos do fluxo de trabalho sejam declarados no fluxo de trabalho principal como entrada e que todas as variáveis estejam definidas explicitamente.

  • Certifique-se de que todo JavaScript código seja uma reclamação de modo estrito.

Os fluxos de trabalho do CWL devem ser definidos para cada contêiner usado. Não é recomendável codificar a entrada DockerPull com um URI fixo do Amazon ECR.

Veja a seguir um exemplo de um fluxo de trabalho escrito em CWL. 


cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl

O arquivo a seguir define a copy.cwl tarefa.


cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"

Veja a seguir um exemplo de um fluxo de trabalho escrito em CWL com um requisito de GPU.

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []