Execute novamente uma corrida em HealthOmics - AWS HealthOmics
Execute novamente uma execução usando o consoleExecute novamente uma execução usando a APIUsando a ferramenta Rerun

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Execute novamente uma corrida em HealthOmics

Para execuções que você ainda não excluiu, use o console ou a API para executar novamente a execução. Para execuções que você excluiu, use a ferramenta. HealthOmics rerun

Execute novamente uma execução usando o console

No console, siga estas etapas para executar novamente uma execução:

  1. Abra o console de HealthOmics .

  2. Se necessário, abra o painel de navegação esquerdo (≡). Selecione Execuções.

  3. Na página Execuções, selecione a execução a ser executada novamente.

  4. No menu de ação acima da tabela, escolha Executar novamente.

Execute novamente uma execução usando a API

Use a operação StartRun da API para executar novamente uma execução existente. Forneça as seguintes entradas necessárias:

  • Um ARN de função de serviço ()roleArn.

  • O ID da execução para duplicar (runId).

  • Um local do Amazon S3 onde a execução salva as saídas da execução (). outputUri

aws omics start-run 
     --run-id run id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --output-uri s3://workflow-output-b6f2fce1

Usando a ferramenta Rerun

Para uma execução excluída, você pode baixar e usar a HealthOmics rerun ferramenta para executar novamente a execução. A ferramenta recupera as informações de execução do manifesto do CloudWatch Logs. Baixe a rerun ferramenta no GitHub repositório HealthOmics de ferramentas.

O exemplo a seguir mostra como usar a rerun ferramenta.

aws-healthomics-rerun 9876543

Se a execução existir em CloudWatch, você receberá uma resposta semelhante ao exemplo de saída a seguir. Se o fluxo de trabalho não existir mais, você receberá uma mensagem de erro.

Original request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "sample_rerun",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "new test",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun response:
{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9171779",
  "id": "9171779",
  "status": "PENDING",
  "tags": {}
}