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Criação de HealthOmics lojas de anotações

Um armazenamento de anotações é um armazenamento de dados que representa um banco de dados de anotações, como um de um arquivo TSV, VCF ou GFF. Se o mesmo genoma de referência for especificado, os armazenamentos de anotações serão mapeados para o mesmo sistema de coordenadas dos armazenamentos de variantes durante uma importação. Os tópicos a seguir mostram como usar o HealthOmics console e AWS CLI criar e gerenciar repositórios de anotações.

Criando um repositório de anotações usando o console

Use o procedimento a seguir para criar repositórios de anotações com o HealthOmics console.

Criação de um armazenamento de anotações usando a API

O exemplo a seguir mostra como criar um armazenamento de anotações usando o. AWS CLI Para todas as operações AWS CLI e de API, você deve especificar o formato dos seus dados.

aws omics create-annotation-store --name my_annotation_store \
           --store-format GFF \
           --reference referenceArn="arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           --version-name new_version

Você recebe a seguinte resposta para confirmar a criação do seu repositório de anotações.

{
           "creationTime": "2022-08-24T20:34:19.229500Z",
           "id": "3b93cdef69d2",
           "name": "my_annotation_store",
           "reference": {
               "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           },
           "status": "CREATING"
           "versionName": "my_version"
       }  

Para saber mais sobre um armazenamento de anotações, use a get-annotation-storeAPI.

aws omics get-annotation-store --name my_annotation_store

Você recebe a seguinte resposta.

{
          "id": "eeb019ac79c2",
          "reference": {
              "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330“
          },
          "status": "ACTIVE",
          "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/gffstore",
          "name": "my_annotation_store",
          "creationTime": "2022-11-05T00:05:19.136131+00:00",
          "updateTime": "2022-11-05T00:10:36.944839+00:00",
          "tags": {},
          "storeFormat": "GFF",
          "statusMessage": "",
          "storeSizeBytes": 0,
          "numVersions": 1
      }   

Para ver todos os repositórios de anotações associados a uma conta, use a operação da list-annotation-storesAPI.

aws omics list-annotation-stores 

Você recebe uma resposta que lista todos os repositórios de anotações, junto com seus IDs status e outros detalhes, conforme mostrado no exemplo de resposta a seguir.

{
           "annotationStores": [
               {
                  "id": "4d8f3eada259",
                   "reference":
                       "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330"
                   },
                   "status": "CREATING",
                   "name": "gffstore",
                   "creationTime": "2022-09-27T17:30:52.182990+00:00",
                   "updateTime": "2022-09-27T17:30:53.025362+00:00"
               }
           ]
       }   

Você também pode filtrar as respostas com base no status ou em outros critérios.