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# Referenciando arquivos de genoma a partir de uma definição de fluxo de trabalho
<a name="create-ref-files"></a>

Um objeto de armazenamento de HealthOmics referência pode ser referenciado com um URI como o seguinte. Use o seu próprio `{{account ID}}``{{reference store ID}}`, e `{{reference ID}}` onde indicado.

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}            
```

Alguns fluxos de trabalho exigirão `INDEX` arquivos `SOURCE` e para o genoma de referência. O URI anterior é o formato abreviado padrão e usará como padrão o arquivo SOURCE. Para especificar qualquer um dos arquivos, você pode usar o formulário URI longo, da seguinte forma.

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/source
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/index
```

Usar um conjunto de leitura de sequência teria um padrão semelhante, conforme mostrado.

```
aws omics create-workflow \
     --name {{workflow name}} \
     --main {{sample workflow.wdl}} \
     --definition-uri omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{sequence_store_id}}/readSet/{{id}} \
     --parameter-template {{file://parameters_sample_description.json}}
```

Alguns conjuntos de leitura, como os baseados no FASTQ, podem conter leituras emparelhadas. Nos exemplos a seguir, eles são chamados de SOURCE1 SOURCE2 e. Formatos como BAM e CRAM terão apenas um SOURCE1 arquivo. Alguns conjuntos de leitura conterão arquivos INDEX, como `crai` arquivos `bai` ou. O URI anterior é o formato abreviado padrão e usará o SOURCE1 arquivo como padrão. Para especificar o arquivo ou índice exato, você pode usar o formato URI longo, da seguinte forma.

```
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index
```

Veja a seguir um exemplo de um arquivo JSON de entrada que usa dois Omics Storage. URIs

```
{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}
```

Faça referência ao arquivo JSON de entrada no AWS CLI adicionando `--inputs file://<input_file.json>` à sua solicitação de **início de execução**.