Iniciando fluxos de trabalho do HealthOmics Ready2Run usando a API - AWS HealthOmics

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Iniciando fluxos de trabalho do HealthOmics Ready2Run usando a API

A maioria das operações de API se comporta de forma semelhante nos fluxos de trabalho do Ready2Run e nos fluxos de trabalho privados.

Para retornar uma lista dos fluxos de trabalho disponíveis do Ready2Run, use list-workflows com o parâmetro definido como RUN. type READY2 

aws omics list-workflows --type READY2RUN

Depois de identificar o fluxo de trabalho a ser executado a partir da resposta list-workflows, você pode usar get-workflow com o --id parâmetro para obter mais detalhes.

aws omics get-workflow --type READY2RUN --id workflow id

Para executar um fluxo de trabalho Ready2Run, você pode usar a operação de API start-run com o parâmetro de tipo de fluxo de trabalho definido como, conforme mostrado no exemplo a seguir READY2RUN

aws-omics start-run \
  --workflow-type READY2RUN \
  --workflow-id workflow id \
  --output-uri &example-s3-bucket; \
  --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
  --parameters file:///path/to/parameters.json

Para especificar uma versão do fluxo de trabalho, use o parâmetro workflow-version, conforme mostrado neste exemplo.

aws-omics start-run \
  --workflow-type READY2RUN \ 
  ...
  --version-name '3.0.0'

Para monitorar sua execução, você pode usar a operação da API get-run, conforme mostrado.

aws-omics get-run \
  --id run id