Consultando HealthLake dados com SQL

O elemento extension é usado para criar campos personalizados em um armazenamento de dados.

Este exemplo mostra como acessar os recursos do extension elemento encontrado no tipo de Patient recurso.

Quando seu armazenamento HealthLake de dados é importado para o Athena, os elementos de um tipo de recurso são analisados de forma diferente. Como a estrutura do element é variável, ela não pode ser totalmente especificada no esquema. Para lidar com essa variabilidade, os elementos dentro da matriz são passados como strings.

Na descrição da tabela dePatient, você pode ver o elemento extension descrito comoarray<string>, o que significa que você pode acessar os elementos da matriz usando um valor de índice. Para acessar os elementos da string, no entanto, você deve usarjson_extract.

Aqui está uma única entrada do extension elemento encontrado na tabela de pacientes.

[{
		"valueString": "Kerry175 Cummerata161",
		"url": "http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/patient-mothersMaidenName"
	},
	{
		"valueAddress": {
			"country": "DE",
			"city": "Hamburg",
			"state": "Hamburg"
		},
		"url": "http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/patient-birthPlace"
	},
	{
		"valueDecimal": 0.0,
		"url": "http://synthetichealth.github.io/synthea/disability-adjusted-life-years"
	},
	{
		"valueDecimal": 5.0,
		"url": "http://synthetichealth.github.io/synthea/quality-adjusted-life-years"
	}
]

Embora seja um JSON válido, Athena o trata como uma string.

Este exemplo de consulta SQL demonstra como você pode criar uma tabela que contém os patient-birthPlace elementos patient-mothersMaidenName e. Para acessar esses elementos, você precisa usar diferentes índices de matriz e json_extract.

SELECT
    extension[1],
    json_extract(extension[1], '$.valueString') AS MothersMaidenName,
    extension[2],
    json_extract(extension[2], '$.valueAddress.city') AS birthPlace
FROM patient

Para saber mais sobre consultas que envolvem JSON, consulte Extração de dados do JSON no Guia do usuário do Amazon Athena.

A idade não é um elemento do tipo de recurso do paciente no FHIR. Aqui estão dois exemplos de pesquisas que filtram com base na idade.

Como a idade não é um elemento, usamos o birthDate para as consultas SQL. Para ver como um elemento foi ingerido no FHIR, pesquise o nome da tabela em Tabelas e visualizações. Você pode ver que é do tipo string.

Exemplo 1: Calculando um valor para a idade

Neste exemplo de consulta SQL, usamos uma ferramenta SQL integrada current_date e year extraímos esses componentes. Em seguida, nós os subtraímos para retornar a idade real do paciente como uma coluna chamadaage.

SELECT
	(year(current_date) - year(date(birthdate))) as age
FROM patient

Exemplo 2: Filtragem para pacientes que nasceram antes 2019-01-01 e sãomale.

A consulta SQL mostra como usar a CAST função para converter o birthDate elemento como tipo DATE e como filtrar com base em dois critérios na WHERE cláusula. Como o elemento é ingerido como string de tipo por padrão, devemos CAST usá-lo como tipoDATE. Em seguida, você pode usar o < operador para compará-lo com uma data diferente,2019-01-01. Ao usarAND, você pode adicionar um segundo critério à WHERE cláusula.

SELECT birthdate
FROM patient
-- we convert birthdate (varchar) to date  > cast that as date too
WHERE CAST(birthdate AS DATE) < CAST('2019-01-01' AS DATE) AND gender = 'male'

Este exemplo mostra pesquisas por locais dentro do tipo de recurso Localização em que o nome da cidade é Attleboro.

SELECT *
FROM Location
WHERE address.city='ATTLEBORO'
LIMIT 10;

SELECT birthdate
FROM patient
-- we convert birthdate (varchar) to date  > cast that as date too
WHERE CAST(birthdate AS DATE) < CAST('2019-01-01' AS DATE) AND gender = 'male'

A condição do tipo de recurso armazena dados de diagnóstico relacionados a problemas que atingiram um nível de preocupação. HealthLakeO processamento médico de linguagem natural (PNL) integrado da gera novos Condition recursos com base nos detalhes encontrados no tipo de DocumentReference recurso. Quando um novo recurso é gerado, HealthLake anexa a tag SYSTEM_GENERATED ao meta elemento. Esse exemplo de consulta SQL demonstra como você pode pesquisar a tabela de condições e retornar os resultados em que os SYSTEM_GENERATED resultados foram removidos.

Para saber mais sobre o processamento integrado HealthLake de linguagem natural (NLP), consulteProcessamento de linguagem natural (NLP) integrado para HealthLake.

SELECT *
FROM condition
WHERE meta.tag[1] is NULL

Você também pode pesquisar em um elemento de string especificado para filtrar ainda mais sua consulta. O modifierextension elemento contém detalhes sobre qual DocumentReference recurso foi usado para gerar um conjunto de condições. Novamente, você deve usar json_extract para acessar os elementos JSON aninhados que são trazidos para o Athena como uma string.

Esse exemplo de consulta SQL demonstra como você pode pesquisar tudo o Condition que foi gerado com base em um específicoDocumentReference. Use CAST para definir o elemento JSON como uma string para que você possa usá-lo LIKE para comparar.

SELECT
    meta.tag[1].display as SystemGenerated,
    json_extract(modifierextension[4], '$.valueReference.reference') as DocumentReference
FROM condition
WHERE meta.tag[1].display = 'SYSTEM_GENERATED'

AND CAST(json_extract(modifierextension[4], '$.valueReference.reference') as VARCHAR) LIKE '%DocumentReference/67aa0278-8111-40d0-8adc-43055eb9d18d%'

O tipo de recurso, Observação, armazena medidas e afirmações simples feitas sobre um paciente, dispositivo ou outro assunto. HealthLakeO processamento integrado de linguagem natural (PNL) da gera novos Observation recursos com base nos detalhes encontrados em um DocumentReference recurso. Esse exemplo de consulta SQL inclui WHERE meta.tag[1] is NULL comentários, o que significa que os SYSTEM_GENERATED resultados estão incluídos.

SELECT valueCodeableConcept.coding[1].code
FROM Observation
WHERE  valueCodeableConcept.coding[1].code = '266919005'
-- WHERE meta.tag[1] is NULL

Essa coluna foi importada como uma struct. Portanto, você pode acessar elementos dentro dele usando a notação de pontos.

MedicationStatement é um tipo de recurso FHIR que você pode usar para armazenar detalhes sobre medicamentos que um paciente tomou, está tomando ou tomará no futuro. HealthLakeO processamento médico integrado de linguagem natural (PNL) gera novos MedicationStatement recursos com base em documentos encontrados no tipo de DocumentReference recurso. Quando novos recursos são gerados, HealthLake anexa a tag SYSTEM_GENERATED ao meta elemento. Este exemplo de consulta SQL demonstra como criar uma consulta que filtra com base em um único paciente usando seu identificador e encontra recursos que foram adicionados pela PNL integrada HealthLake da.

SELECT *
FROM medicationstatement
WHERE meta.tag[1].display = 'SYSTEM_GENERATED' AND subject.reference = 'Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b';

Para saber mais sobre o processamento integrado HealthLake de linguagem natural (NLP), consulteProcessamento de linguagem natural (NLP) integrado para HealthLake.