HealthLake exemplos de solicitações de PNL integradas - AWS HealthLake

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HealthLake exemplos de solicitações de PNL integradas

Exemplo 1: Patient registro ingerido em um armazenamento de HealthLake dados

A seguir está um exemplo de uma nota clínica baseada em um Patient encontro com um profissional de saúde.

Dados sintéticos

O texto no exemplo a seguir é conteúdo sintético e não contém informações de saúde protegidas (PHI).

1991-08-31

# Chief Complaint
- Headache
- Sinus Pain
- Nasal Congestion
- Sore Throat
- Pain with Bright Lights
- Nasal Discharge
- Cough

# History of Present Illness
Jerónimo599 is a 4 month-old non-hispanic white male.

# Social History
Patient has never smoked.

Patient comes from a middle socioeconomic background.

Patient currently has Aetna.

# Allergies
No Known Allergies.

# Medications
No Active Medications.

# Assessment and Plan
Patient is presenting with bee venom (substance), mold (organism), house dust mite (organism), animal dander (substance), grass pollen (substance), tree pollen (substance), lisinopril, sulfamethoxazole / trimethoprim, fish (substance). 

## Plan

The patient was prescribed the following medications:
- astemizole 10 mg oral tablet
- nda020800 0.3 ml epinephrine 1 mg/ml auto-injector
The patient was placed on a careplan:
- self-care interventions (procedure)

Como lembrete, essas informações são codificadas no formato base64 no recurso. DocumentReference Quando esse documento é inserido HealthLake e as operações da API Amazon Comprehend Medical são concluídas, para ver os resultados, você pode começar com a solicitação sobre GET o tipo de recurso. DocumentReference

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference

Quando as operações da API Amazon Comprehend Medical forem bem-sucedidas, procure esses pares de valores-chave nos links a seguir extension "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/"

{
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/status/",
		"valueString": "SUCCESS"
	},
	{
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/message/",
		"valueString": "The AWS HealthLake integrated medical NLP operation was successful."
	}

As guias a seguir mostram como o prontuário médico ingerido é relatado em seu armazenamento de HealthLake dados com base no tipo de recurso.

DocumentReference

Para ver os resultados de um único tipo de DocumentReference recurso, faça uma GET solicitação em que o id de um recurso específico seja fornecido.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed

Quando bem-sucedido, você recebe um código de resposta 200 HTTP e a seguinte resposta JSON (que foi truncada para maior clareza).

Aqui está a http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/ porção. Você pode ver que um novo Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a foi adicionado. Você também pode ver onde HealthLake foram adicionadas descobertas baseadas em inferências a tipos específicos Observation e de Condition recursos.

Para ver como esses tipos de recursos foram alterados, escolha as guias relacionadas.

{
		"extension": [
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
				"valueReference": {
					"reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
				"valueReference": {
					"reference": "Condition/0854e1f3-894d-448e-a8d9-3af5b9902baf"
				}
			}
		],
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"
	}
Linkage

Para ver os resultados de um único tipo de Linkage recurso, faça uma GET solicitação em que o ID de um recurso específico seja fornecido. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

Quando bem-sucedido, você recebe um código de resposta 200 HTTP e a seguinte resposta JSON truncada.

A resposta contém o item elemento. Nele, o par de valores-chave "type": "source" indica a DocumentReference entrada específica usada para modificar Condition e Observations listada sob o par de "type": "alternate" valores-chave.

Você também vê o meta elemento e um par de valores-chave correspondente"tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}], indicando que esses recursos foram criados por. HealthLake

{
		"resourceType": "Linkage",
		"id": "e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a",
		"active": true,
		"item":
		[
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5",
					"type": "Observation"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "Condition/9d5c1ef6-f822-4faf-b55f-7c70f2a4aa8d",
					"type": "Condition"
				}
			},
			{
				"type": "source",
				"resource": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed",
					"type": "DocumentReference"
				}
			}
		],
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:31.327Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		}
	}
Resource type: Observation

Para ver os resultados de um único tipo de Observation recurso, faça uma GET solicitação em que o ID de um recurso específico seja fornecido. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Observation/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

Os resultados das operações da API Amazon Comprehend Medical são alterados para os seguintes elementos:code,, e. meta modifierExtension

code

Um elemento do tipoCodeableConcept. Para saber mais, consulte a CodeableConceptdocumentação do FHIR R4.

HealthLake acrescenta os três pares de valores-chave a seguir.

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": onde o URL se refere a uma operação específica da API Amazon Comprehend Medical. Nesse caso, inferir ICD1 0CM.

  • "code": "A52.06": Onde A52.06 está o código ICD-10-CM que identifica o conceito encontrado na base de conhecimento dos Centros de Controle de Doenças.

  • "display": "Other syphilitic heart involvement": Onde "Other syphilitic heart involvement" está a descrição longa do código ICD-10-CM na ontologia.

A resposta JSON truncada a seguir contém somente o elemento. code

"code": {
		"coding":
		[
		  {
			"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
			"code": "A52.06",
			"display": "Other syphilitic heart involvement"
		  }
		],
		"text": "Other syphilitic heart involvement"
	}

Para entender a confiança do modelo de que o código ICD-10-CM atribuído está correto, use o elemento. modifierExtension

meta

O meta elemento contém metadados que indicam se o code elemento contém detalhes que foram adicionados pelas operações da API Amazon Comprehend Medical.

A resposta JSON truncada a seguir contém somente o elemento. meta

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z",
		"tag": [{
			"display": "SYSTEM_GENERATED"
		}]
	}
modifierExtension

O modifierExtension elemento contém mais detalhes sobre o nível de confiança dos códigos atribuídos encontrados no code elemento. Ele também tem pares de valores-chave que fornecem um link para o original DocumentReference usado para gerar os resultados e o tipo de recurso Linkage relacionado.

Para cada coding elemento adicionado, você verá um entity-score e um entity-Concept-Score adicionados à ModifierExtension. Para cada valor no par de valores-chave, você vê uma pontuação. Poisentity-score, essa pontuação é o nível de confiança que o Amazon Comprehend Medical tem na precisão da detecção. Poisentity-Concept-Score, essa pontuação é o nível de confiança que o Amazon Comprehend Medical tem de que a entidade está vinculada com precisão a um conceito do ICD-10-CM.

A resposta JSON truncada a seguir contém somente o elemento. modifierExtension

"modifierExtension": [{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
			"valueDecimal": 0.45005733
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
			"valueDecimal": 0.1111792
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
			"valueReference": {
				"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
			}
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
			"valueReference": {
				"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
			}
		}
	]

Resposta JSON completa

{
		"subject": {
			"reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b"
		},
		"resourceType": "Observation",
		"status": "unknown",
		"code": {
			"coding": [{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
				"code": "A52.06",
				"display": "Other syphilitic heart involvement"
			}],
			"text": "Other syphilitic heart involvement"
		},
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		},
		"modifierExtension": [{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
				"valueDecimal": 0.45005733
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
				"valueDecimal": 0.1111792
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
				}
			}
		],
		"id": "7e88c7c5-21a5-4dd7-8fc2-a02474fba583"
	}
Condition

Para ver os resultados de um único tipo de Condition recurso, faça uma GET solicitação em que o ID de um recurso específico seja fornecido. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Condition/b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd

Os resultados das operações da API Amazon Comprehend Medical são alterados para os seguintes elementos:code,, e. meta modifierExtension

code

Um elemento do tipoCodeableConcept. Para saber mais, consulte a CodeableConceptdocumentação do FHIR R4.

HealthLake acrescenta os três pares de valores-chave a seguir.

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": onde o URL se refere a uma operação específica da API Amazon Comprehend Medical. Nesse caso, inferir ICD1 0CM.

  • "code": "I70.0": Onde A52.06 está o código ICD-10-CM que identifica o conceito encontrado na base de conhecimento dos Centros de Controle de Doenças.

  • "display": "Atherosclerosis of aorta": Onde "Other syphilitic heart involvement" está a descrição longa do código ICD-10-CM na ontologia.

A resposta JSON truncada a seguir contém somente o elemento. code

"code": {
		"coding":
		[
		  {
			"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
			"code": "I70.0",
			"display": "Atherosclerosis of aorta"
		  }
		],
		"text": "Atherosclerosis of aorta"
	}

Para entender a confiança do modelo de que o código ICD-10-CM atribuído está correto, use o elemento. modifierExtension

meta

O meta elemento contém metadados que indicam se o code elemento contém detalhes que foram adicionados pelas operações da API Amazon Comprehend Medical.

A resposta JSON truncada a seguir contém somente o elemento. meta

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z",
		"tag": [{
			"display": "SYSTEM_GENERATED"
		}]
	}
modifierExtension

O modifierExtension elemento contém mais detalhes sobre o nível de confiança dos códigos atribuídos encontrados no code elemento. Ele também tem pares de valores-chave que fornecem um link para o original DocumentReference usado para gerar os resultados e o tipo de recurso Linkage relacionado.

Para cada coding elemento adicionado, você verá um entity-score e um entity-Concept-Score adicionados à ModifierExtension. Para cada valor no par de valores-chave, você vê uma pontuação. Poisentity-score, essa pontuação é o nível de confiança que o Amazon Comprehend Medical tem na precisão da detecção. Poisentity-Concept-Score, essa pontuação é o nível de confiança que o Amazon Comprehend Medical tem de que a entidade está vinculada com precisão a um conceito do ICD-10-CM.

A resposta JSON truncada a seguir contém somente o elemento. modifierExtension

"modifierExtension": [{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
			"valueDecimal": 0.94417894
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
			"valueDecimal": 0.8458298
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
			"valueReference": {
				"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
			}
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
			"valueReference": {
				"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
			}
		}
	]

Resposta JSON completa

{
		"subject": {
			"reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b"
		},
		"resourceType": "Condition",
		"code": {
			"coding": [{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
				"code": "I70.0",
				"display": "Atherosclerosis of aorta"
			}],
			"text": "Atherosclerosis of aorta"
		},
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		},
		"modifierExtension": [{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
				"valueDecimal": 0.94417894
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
				"valueDecimal": 0.8458298
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
				}
			}
		],
		"id": "b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd"
	}

Exemplo 2: A DocumentReference que contém o tipo MedicationStatement de recurso

Aqui está um exemplo de uma nota clínica baseada no encontro de um paciente com um profissional médico.

Dados sintéticos

O texto neste exemplo é conteúdo sintético e não contém informações de saúde protegidas (PHI).

Tom is not prescribed Advil

As guias a seguir mostram como o prontuário médico ingerido é relatado em seu armazenamento de HealthLake dados com base no tipo de recurso.

DocumentReference

Para ver os resultados de um único tipo de DocumentReference recurso, faça uma GET solicitação em que o ID de um recurso específico seja fornecido. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c

Quando bem-sucedido, você recebe um código de resposta 200 HTTP e a seguinte resposta JSON truncada.

O par de valores-chave,"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/", indica que os tipos de recursos dentro dele extension foram adicionados pelas operações da API Amazon Comprehend Medical. Você pode ver o novo tipo de Linkage recurso e vários MedicationStatement recursos.

"extension": [{
			"extension": [{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage",
					"valueReference": {
						"reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b"
					}
				}
			],
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"
		}
Linkage

Para ver os resultados de um único tipo de Linkage recurso, faça uma GET solicitação em que o ID de um recurso específico seja fornecido. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7

Em caso de sucesso, você recebe um código de resposta 200 HTTP e a seguinte resposta JSON.

A resposta contém o item elemento. Nele, o par de valores-chave "type": "source" indica a DocumentReference entrada específica usada para modificar os tipos de MedicationStatement recursos.

Você também pode ver o meta elemento e um par de valores-chave correspondente"tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}], indicando que esses recursos foram criados por. HealthLake

{
		"resourceType": "Linkage",
		"id": "394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7",
		"active": true,
		"item": [{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "source",
				"resource": {
					"reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c",
					"type": "DocumentReference"
				}
			}
		],
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-24T20:05:03.501Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		}
	}
MedicationStatement

Para ver os resultados de um único tipo de MedicationStatement recurso, faça uma GET solicitação em que o ID de um recurso específico seja fornecido. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7

O tipo de MedicationStatement recurso é onde os resultados da operação da InferRxNorm API Amazon Comprehend Medical são encontrados. Os resultados são alterados para os seguintes elementos: medicationCodeableConceptmeta, modifierExtension e.

medicationCodeableConcept

Um elemento do tipoCodeableConcept. Para saber mais, consulte a CodeableConceptdocumentação do FHIR R4.

HealthLake acrescenta os três pares de valores-chave a seguir.

  • "system": ""http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/: onde o URL se refere a uma operação específica da API Amazon Comprehend Medical. Nesse caso, InferRxNorm.

  • "code": "731533": Onde 731533 está um ID de RxNorm conceito, também conhecido como RxCUI.

  • "display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]": Onde ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil] está a descrição do RxNorm conceito.

A resposta JSON truncada a seguir contém somente o elemento. MedicationStatement

"medicationCodeableConcept": {
		"coding": [
			{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/",
				"code": "731533",
				"display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]"
			}
		]
	}
meta

O meta elemento contém metadados que indicam se o code elemento contém detalhes que foram adicionados pelas operações da API Amazon Comprehend Medical.

A resposta JSON truncada a seguir contém somente o elemento. meta

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-24T20:05:02.800Z",
		"tag": [
			{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}
		]
	}
modifierExtension

O modifierExtension elemento contém pares de valores-chave que fornecem um link para o original DocumentReference usado para gerar os resultados e o tipo de recurso Linkage relacionado.

"modifierExtension": [
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c"
				}
			}
	]