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HealthOmics에서 사용 가능한 Ready2Run 워크플로
다음 표에는 HealthOmics에서 사용할 수 있는 Ready2Run 워크플로가 나열되어 있습니다.
HealthOmics 콘솔
참고
각 Ready2Run 워크플로에는 최대 입력 파일 크기가 있습니다. 이러한 최대 파일 크기는 조정할 수 없습니다.
| 워크플로 이름 | 게시자 | 구독이 필요합니까? | 최대 입력 파일 크기(GiB) | 예상 런타임(HH:MM) |
|---|---|---|---|---|
| AlphaFold - 601-1200개 구체화 | Google DeepMind | 아니요 | 1 | 11:15 |
| 최대 600개의 시크릿에 대한 AlphaFold | Google DeepMind | 아니요 | 1 | 7:30 |
| 2x150용 Bases2Fastq | Element Biosciences | 아니요 | 1000 | 1:45 |
| 2x300용 Bases2Fastq | Element Biosciences | 아니요 | 1000 | 1:30 |
| 2x75용 Bases2Fastq | Element Biosciences | 아니요 | 500 | 0:45 |
| 최대 800개의 시크릿에 대한 ESMFold | 메타 연구 | 아니요 | 1 | 0:15 |
| GATK-BP fq2bam | 브로드 인스티튜트 | 아니요 | 64 | 10:10 |
| 30x 유전체용 GATK-BP Germline bam2vcf | 브로드 인스티튜트 | 아니요 | 39 | 2:45 |
| 30x 유전체용 GATK-BP Germline fq2vcf | 브로드 인스티튜트 | 아니요 | 64 | 12:30 |
| GATK-BP 신체 WES bam2vcf | 브로드 인스티튜트 | 아니요 | 86 | 1:30 |
| 최대 30X의 NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 80 | 1:39 |
| 최대 50X의 NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 120 | 2:45 |
| 최대 5X의 NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 20 | 0:18 |
| 최대 30X의 NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 71 | 1:00 |
| 최대 50X의 NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 137 | 1:45 |
| 최대 5X의 NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 13 | 0:15 |
| 최대 30X의 NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 71 | 2:00 |
| 최대 50X의 NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 137 | 3:30 |
| 최대 5X의 NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 12 | 0:30 |
| 최대 30X의 NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 71 | 1:15 |
| 최대 50X의 NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 137 | 2:00 |
| 최대 5X의 NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 13 | 0:15 |
| 최대 50X의 NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS | NVIDIA Corporation | 아니요 | 196 | 0:45 |
| KallistoBUStools를 사용하는 scRNAseq | NF-Core | 아니요 | 119 | 1:30 |
| Salmon Alevin-fry를 사용한 scRNAseq | NF-Core | 아니요 | 119 | 2:30 |
| STARsolo를 사용하는 scRNAseq | NF-Core | 아니요 | 119 | 2:30 |
| 최대 300배의 Sentieon Germline BAM WES | Sentieon, Inc. | 예 | 9 | 1:00 |
| 최대 32배의 Sentieon Germline BAM WGS | Sentieon, Inc. | 예 | 18 | 1:30 |
| 최대 100배의 Sentieon Germline FASTQ WES | Sentieon, Inc. | 예 | 5 | 0:45 |
| 최대 300배의 Sentieon Germline FASTQ WES | Sentieon, Inc. | 예 | 26 | 2:00 |
| 최대 32배의 Sentieon Germline FASTQ WGS | Sentieon, Inc. | 예 | 51 | 3:30 |
| ONT용 Sentieon LongRead | Sentieon, Inc. | 예 | 25 | 1:30 |
| PacBio HiFi용 Sentieon LongRead | Sentieon, Inc. | 예 | 58 | 4:00 |
| Sentieon 신체 WES | Sentieon, Inc. | 예 | 50 | 2:30 |
| Sentieon Somatic WGS | Sentieon, Inc. | 예 | 113 | 4:30 |
| 최대 40배의 Ultima Genomics DeepVariant | Ultima Genomics | 아니요 | 91 | 1:55 |
Ready2Run 워크플로를 사용하면 워크플로가 미리 구성되어 편집할 수 없습니다. 프라이빗 워크플로와 달리 Ready2Run 워크플로는 다음을 지원하지 않습니다.
-
최대 입력 파일 크기 늘리기
-
컴퓨팅 리소스 변경 또는 스토리지 실행
-
워크플로 정의 또는 컨테이너 변경
-
실행 그룹에 실행 추가
-
워크플로 공유
게시자가 GitHub에서 Ready2Run 워크플로를 공유한 경우 Ready2Run 워크플로를 기반으로 자체 프라이빗 워크플로를 만들 수 있습니다. 다음 표에는 각 게시자의 GitHub 워크플로에 대한 링크가 나와 있습니다.
| 게시자 | GitHub의 워크플로 |
|---|---|
| Google DeepMind, Meta Research | 단백질 폴딩 워크플로 |
| Element Biosciences | 자세한 내용은 Element Biosciences에 문의하세요. |
| 브로드 인스티튜트 | GATK 워크플로 |
| NVIDIA Corporation | Parabricks 워크플로 |
| nf-core | NF-Core 워크플로 |
| 센티온 | Sentieon 워크플로 |
| Ultima Genomics | Ultima Genomics 워크플로 |
