CWL 워크플로 정의 세부 정보

공통 워크플로 언어 또는 CWL로 작성된 워크플로는 WDL 및 Nextflow로 작성된 워크플로와 유사한 기능을 제공합니다. Amazon S3 또는 HealthOmics 스토리지 URIs로 사용할 수 있습니다.

하위 워크플로의 secondaryFile에서 입력을 정의하는 경우 기본 워크플로에 동일한 정의를 추가합니다.

HealthOmics 워크플로는 작업 프로세스를 지원하지 않습니다. CWL 워크플로의 운영 프로세스에 대한 자세한 내용은 CWL 설명서를 참조하세요.

HealthOmics를 사용하도록 기존 CWL 워크플로 정의 파일을 변환하려면 다음을 변경합니다.

사용되는 각 컨테이너에 대해 CWL 워크플로를 정의해야 합니다. 고정 Amazon ECR URI로 dockerPull 항목을 하드코딩하는 것은 권장되지 않습니다.

다음은 CWL로 작성된 워크플로의 예입니다.

cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl            
    

다음 파일은 copy.cwl 작업을 정의합니다.

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"      

다음은 GPU 요구 사항이 있는 CWL로 작성된 워크플로의 예입니다.

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []