HealthOmics 워크플로 정의의 태스크 리소스 - AWS HealthOmics

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HealthOmics 워크플로 정의의 태스크 리소스

워크플로 정의에서 각 작업에 대해 다음을 정의합니다.

HealthOmics는 작업별 스토리지 사양을 무시합니다. HealthOmics는 실행 중인 모든 작업이 액세스할 수 있는 실행 스토리지를 제공합니다. 자세한 내용은 HealthOmics 워크플로에서 스토리지 유형 실행 단원을 참조하십시오.

WDL
task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
   }
   ...
}

WDL 워크플로의 경우 HealthOmics는 서비스 오류로 인해 실패한 작업에 대해 최대 두 번의 재시도를 시도합니다(API 요청은 5XX HTTP 상태 코드를 반환함). 작업 재시도에 대한 자세한 내용은 섹션을 참조하세요작업 재시도.

WDL 정의 파일에서 작업에 대해 다음 구성을 지정하여 재시도 동작을 옵트아웃할 수 있습니다.

runtime {
   preemptible: 0
}
NextFlow
process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   ...
}
CWL
cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes