HealthOmics 시작하기 - AWS HealthOmics
HealthOmics 콘솔에서 Ready2Run 워크플로 사용Amazon Q CLI에 대한 프롬프트 예제

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HealthOmics 시작하기

HealthOmics를 시작하려면 HealthOmics에 대한 IAM 권한 및 역할을 올바르게 설정했는지 확인합니다.

HealthOmics 콘솔에서 Ready2Run 워크플로 사용

다음 연습에서는 Ready2Run 워크플로를 사용하는 방법을 보여줍니다. Ready2Run 워크플로는 워크플로를 실행하는 데 필요한 파라미터 및 도구 참조로 미리 구성됩니다. 워크플로 게시자는 샘플 데이터를 제공하므로 자체 데이터를 생성할 필요가 없습니다.

  1. HealthOmics 콘솔을 엽니다.

  2. 왼쪽 상단의 탐색 창(™)을 선택하고 Ready2Run 워크플로를 선택합니다.

  3. Ready2Run 워크플로 페이지에서 ESMFold for up to 800 residues 워크플로를 선택합니다. 콘솔에서 해당 워크플로의 세부 정보 페이지가 열립니다.

  4. 세부 정보 탭은 워크플로에 대한 정보를 제공합니다. 워크플로를 시도하려면 페이지 오른쪽 상단에서 실행 시작을 선택합니다.

  5. 실행 세부 정보 지정 페이지에서 실행 이름을 입력합니다.

  6. 실행 출력에 대한 Amazon S3 위치를 입력하거나 선택합니다.

  7. 메타데이터 보존 모드 실행에서 runmeta 데이터를 보존할지 아니면 제거할지를 선택합니다.

  8. 서비스 역할 패널에서 새 서비스 역할 생성 및 사용을 선택합니다.

  9. 다음을 선택합니다.

  10. 파라미터 값 추가 페이지에서 Ready2Run 테스트 데이터를 사용하여 워크플로 실행을 선택합니다.

  11. 다음을 선택합니다.

  12. 입력을 검토한 다음 실행 시작을 선택합니다.

Amazon Q CLI에 대한 프롬프트 예제

Amazon Q CLI는 자연어 명령을 AWS HealthOmics 사용하여에서 게놈 워크플로 및 분석 작업을 실행할 수 있습니다. 다음 예제 프롬프트를 사용하면 워크플로를 생성하고, 실행을 관리하고, 게놈 데이터를 분석할 수 있습니다. HealthOmics에 대한 자세한 내용과 예제 프롬프트는 GitHub의 HealthOmics Agentic 생성형 AI 자습서를 참조하세요.

  • "WDL 1.1 워크플로 파일을 HealthOmics에서 실행되는 main.wdl 대로 생성합니다. 워크플로는 참조 유전체를 입력 및 fastq 파일 페어로 사용합니다. BWA를 사용하여 참조 유전체를 인덱싱한 다음 각 fastq 파일 쌍을 참조에 매핑합니다. 마지막으로 매핑된 각 BAM을 단일 BAM 파일에 병합하고이 파일을 베이 인덱스로 출력합니다.”

  • “워크플로를 패키징하고 HealthOmics에서 생성합니다.”

  • "Amazon S3 버킷의 실제 파일을 사용하도록 input.json 파일 업데이트"omics-my-bucket-with-genome-data(특정 Amazon S3 버킷 위치를 제공하거나 Amazon Q가 탐색하도록 허용)

  • “Amazon ECR 리포지토리에서 적절한 컨테이너를 찾고 이를 사용할 수 있도록 input.json을 업데이트합니다.”

  • “워크플로를 실행할 때 사용할 적절한 IAM 역할을 찾거나 생성합니다.”

  • “내 워크플로에 대한 실행 캐시 생성”

  • “HealthOmics에서 워크플로 실행”

  • “실행 상태 확인”

주의

Amazon Q CLI로 작업할 때는 계속하기 전에 생성된 모든 콘텐츠와 제안된 작업을 검토합니다. 응답 품질을 개선하고 워크플로의 요구 사항에 맞게 피드백을 제공합니다. 자세한 내용은 Amazon Q의 보안 고려 사항 및 모범 사례를 참조하세요.