HealthOmics 시퀀스 스토어 생성 - AWS HealthOmics
콘솔을 사용하여 시퀀스 스토어 생성CLI를 사용하여 시퀀스 스토어 생성시퀀스 스토어 업데이트시퀀스 스토어의 읽기 세트 태그 업데이트게놈 파일 가져오기

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HealthOmics 시퀀스 스토어 생성

HealthOmics 시퀀스 스토어는 (FASTQgzip 전용) 및의 정렬되지 않은 형식의 게놈 파일 저장을 지원합니다uBAM. 또한 BAM 및의 정렬된 형식도 지원합니다CRAM.

가져온 파일은 읽기 세트로 저장됩니다. 읽기 세트에 태그를 추가하고 IAM 정책을 사용하여 읽기 세트에 대한 액세스를 제어할 수 있습니다. 정렬된 읽기 세트에는 유전체 시퀀스를 정렬하기 위한 참조 유전체가 필요하지만 정렬되지 않은 읽기 세트의 경우 선택 사항입니다.

읽기 세트를 저장하려면 먼저 시퀀스 저장소를 생성합니다. 시퀀스 저장소를 생성할 때 선택적 Amazon S3 버킷을 대체 위치 및 S3 액세스 로그가 저장되는 위치로 지정할 수 있습니다. 대체 위치는 직접 업로드 중에 읽기 세트를 생성하지 못하는 파일을 저장하는 데 사용됩니다. 폴백 위치는 2023년 5월 15일 이후에 생성된 시퀀스 스토어에 사용할 수 있습니다. 시퀀스 스토어를 생성할 때 대체 위치를 지정합니다.

최대 5개의 읽기 세트 태그 키를 지정할 수 있습니다. 이러한 키 중 하나와 일치하는 태그 키로 읽기 세트를 생성하거나 업데이트하면 읽기 세트 태그가 해당 Amazon S3 객체로 전파됩니다. HealthOmics에서 생성한 시스템 태그는 기본적으로 전파됩니다.

콘솔을 사용하여 시퀀스 스토어 생성

시퀀스 저장소 생성

  1. HealthOmics 콘솔을 엽니다.

  2. 왼쪽 탐색 창에서 시퀀스 저장소를 선택합니다.

  3. 시퀀스 스토어 생성 페이지에서 다음 정보를 제공합니다.

    • 시퀀스 스토어 이름 -이 스토어의 고유한 이름입니다.

    • 설명(선택 사항) -이 시퀀스 저장소에 대한 설명입니다.

  4. S3의 폴백 위치에서 Amazon S3 위치를 지정합니다. HealthOmics는 직접 업로드 중에 읽기 세트를 생성하지 못하는 파일을 저장하기 위해 대체 위치를 사용합니다. Amazon S3 폴백 위치에 대한 HealthOmics 서비스 쓰기 액세스 권한을 부여해야 합니다. 정책 예제는 대체 위치 구성을 참조하세요.

    폴백 위치는 2023년 5월 16일 이전에 생성된 시퀀스 스토어에는 사용할 수 없습니다.

  5. (선택 사항) S3 전파를 위한 읽기 세트 태그 키의 경우 최대 5개의 읽기 세트 키를 입력하여 읽기 세트에서 기본 S3 객체로 전파할 수 있습니다. 읽기 세트의 태그를 S3 객체로 전파하면 Amazon S3 getObjectTagging API 작업을 통해 전파된 태그를 볼 수 있는 태그 및/또는 최종 사용자를 기반으로 Amazon S3 액세스 권한을 부여할 수 있습니다.

    1. 텍스트 상자에 키 값 하나를 입력합니다. 콘솔은 새 텍스트 상자를 생성하여 다음 키를 추가합니다.

    2. (선택 사항) 제거를 선택하여 모든 키를 제거합니다.

  6. 데이터 암호화에서 데이터 암호화를에서 소유 및 관리할지 AWS 아니면 고객 관리형 CMK를 사용할지 선택합니다.

  7. (선택 사항) S3 데이터 액세스에서 Amazon S3를 통해 시퀀스 스토어에 액세스하기 위한 새 역할 및 정책을 생성할지 여부를 선택합니다.

  8. (선택 사항) S3 액세스 로깅에서 Amazon S3가 액세스 로그 레코드를 수집할Enabled지 여부를 선택합니다.

    S3의 액세스 로깅 위치에서 로그를 저장할 Amazon S3 위치를 지정합니다. 이 필드는 S3 액세스 로깅을 활성화한 경우에만 표시됩니다.

  9. 태그(선택 사항) -이 시퀀스 스토어에 최대 50개의 태그를 제공합니다. 이러한 태그는 읽기 세트 가져오기/태그 업데이트 중에 설정된 읽기 세트 태그와 별개입니다.

스토어를 생성하면에 대한 준비가 된 것입니다게놈 파일 가져오기.

CLI를 사용하여 시퀀스 스토어 생성

다음 예제에서 sequence store name를 시퀀스 스토어에 대해 선택한 이름으로 바꿉니다.

aws omics create-sequence-store --name sequence store name --fallback-location "s3://amzn-s3-demo-bucket"

새로 생성된 시퀀스 스토어의 ID 번호가 포함된 JSON으로 다음 응답을 받습니다.

{
    "id": "3936421177",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
    "name": "sequence_store_example_name",
    "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z"
    "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket"
}

다음과 같이 list-sequence-stores 명령을 사용하여 계정과 연결된 모든 시퀀스 스토어를 볼 수도 있습니다.

aws omics list-sequence-stores

다음과 같은 응답을 받게 됩니다.

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
            "id": "3936421177",
            "name": "MySequenceStore",
            "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z",
            "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
            "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket",
            "status": "Active"
        }
    ]
}

다음 예제와 같이 get-sequence-store를 사용하여 ID를 사용하여 시퀀스 저장소에 대해 자세히 알아볼 수 있습니다.

aws omics get-sequence-store --id sequence store ID

다음과 같은 응답을 받게 됩니다.

{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/sequencestoreID",
  "creationTime": "2024-01-12T04:45:29.857Z",
  "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
  "description": null,
  "fallbackLocation": null,
  "id": "2015356892",
  "name": "MySequenceStore",
  "s3Access": {
      "s3AccessPointArn": "arn:aws:s3:us-west-2:123456789012:accesspoint/592761533288-2015356892",
      "s3Uri": "s3://592761533288-2015356892-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/",
      "accessLogLocation": "s3://IAD-seq-store-log/2015356892/"
  },
  "sseConfig": {
      "keyArn": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/eb2b30f5-635d-4b6d-b0f9-d3889fe0e648",
      "type": "KMS"
  },
  "status": "Active",
  "statusMessage": null,
  "setTagsToSync": ["withdrawn","protocol"],
}

생성 후 여러 저장소 파라미터를 업데이트할 수도 있습니다. 이는 콘솔 또는 API updateSequenceStore 작업을 통해 수행할 수 있습니다.

시퀀스 스토어 업데이트

시퀀스 스토어를 업데이트하려면 다음 단계를 따르세요.

  1. HealthOmics 콘솔을 엽니다.

  2. 왼쪽 탐색 창에서 시퀀스 저장소를 선택합니다.

  3. 업데이트할 시퀀스 스토어를 선택합니다.

  4. 세부 정보 패널에서 편집을 선택합니다.

  5. 세부 정보 편집 페이지에서 다음 필드를 업데이트할 수 있습니다.

    • 시퀀스 저장소 이름 -이 저장소의 고유한 이름입니다.

    • 설명 -이 시퀀스 저장소에 대한 설명입니다.

    • S3의 대체 위치, Amazon S3 위치를 지정합니다. HealthOmics는 직접 업로드 중에 읽기 세트를 생성하지 못하는 파일을 저장하기 위해 대체 위치를 사용합니다.

    • S3 전파를 위한 읽기 세트 태그 키 최대 5개의 읽기 세트 키를 입력하여 Amazon S3에 전파할 수 있습니다.

    • (선택 사항) S3 액세스 로깅에서 Amazon S3가 액세스 로그 레코드를 수집할Enabled지 여부를 선택합니다.

      S3의 액세스 로깅 위치에서 로그를 저장할 Amazon S3 위치를 지정합니다. 이 필드는 S3 액세스 로깅을 활성화한 경우에만 표시됩니다.

    • 태그(선택 사항) -이 시퀀스 스토어에 최대 50개의 태그를 제공합니다.

시퀀스 스토어의 읽기 세트 태그 업데이트

시퀀스 스토어의 읽기 세트 태그 또는 기타 필드를 업데이트하려면 다음 단계를 따르세요.

  1. HealthOmics 콘솔을 엽니다.

  2. 왼쪽 탐색 창에서 시퀀스 저장소를 선택합니다.

  3. 업데이트할 시퀀스 스토어를 선택합니다.

  4. 세부 정보 탭을 선택하십시오.

  5. 편집을 선택합니다.

  6. 필요에 따라 새 읽기 세트 태그를 추가하거나 기존 태그를 삭제합니다.

  7. 필요에 따라 이름, 설명, 대체 위치 또는 S3 데이터 액세스를 업데이트합니다.

  8. 변경 사항 저장을 선택합니다.

게놈 파일 가져오기

게놈 파일을 시퀀스 저장소로 가져오려면 다음 단계를 따릅니다.

유전체학 파일을 가져오려면

  1. HealthOmics 콘솔을 엽니다.

  2. 왼쪽 탐색 창에서 시퀀스 저장소를 선택합니다.

  3. 시퀀스 저장소 페이지에서 파일을 가져올 시퀀스 저장소를 선택합니다.

  4. 개별 시퀀스 스토어 페이지에서 유전체 파일 가져오기를 선택합니다.

  5. 가져오기 세부 정보 지정 페이지에서 다음 정보를 제공합니다.

    • IAM 역할 - Amazon S3의 게놈 파일에 액세스할 수 있는 IAM 역할입니다.

    • 참조 유전체 -이 유전체 데이터의 참조 유전체입니다.

  6. 가져오기 매니페스트 지정 페이지에서 다음 정보 매니페스트 파일을 지정합니다. 매니페스트 파일은 게놈 데이터의 필수 정보를 설명하는 JSON 또는 YAML 파일입니다. 매니페스트 파일에 대한 자세한 내용은 섹션을 참조하세요HealthOmics 시퀀스 스토어로 읽기 세트 가져오기.

  7. 가져오기 작업 생성을 클릭합니다.