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# 워크플로 정의에서 게놈 파일 참조
<a name="create-ref-files"></a>

HealthOmics 참조 스토어 객체는 다음과 같은 URI를 사용하여 참조할 수 있습니다. 필요한 `{{reference ID}}` 경우 자체 `{{reference store ID}}`, 및 `{{account ID}}`를 사용합니다.

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}            
```

일부 워크플로에는 참조 유전체에 대한 `SOURCE` 및 `INDEX` 파일이 모두 필요합니다. 이전 URI는 기본 짧은 양식이며 기본적으로 SOURCE 파일로 설정됩니다. 두 파일 중 하나를 지정하려면 다음과 같이 긴 URI 양식을 사용할 수 있습니다.

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/source
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/index
```

시퀀스 읽기 세트를 사용하면 다음과 같이 유사한 패턴을 갖게 됩니다.

```
aws omics create-workflow \
     --name {{workflow name}} \
     --main {{sample workflow.wdl}} \
     --definition-uri omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{sequence_store_id}}/readSet/{{id}} \
     --parameter-template {{file://parameters_sample_description.json}}
```

FASTQ 기반 읽기 세트와 같은 일부 읽기 세트에는 페어링된 읽기가 포함될 수 있습니다. 다음 예제에서는 이를 SOURCE1 및 SOURCE2라고 합니다. BAM 및 CRAM과 같은 형식에는 SOURCE1 파일만 있습니다. 일부 읽기 세트에는 `bai` 또는 파일과 같은 INDEX `crai` 파일이 포함됩니다. 위의 URI는 기본 짧은 양식이며 SOURCE1 파일로 기본 설정됩니다. 다음과 같이 긴 URI 양식을 사용하여 정확한 파일 또는 인덱스를 지정할 수 있습니다.

```
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index
```

다음은 두 개의 Omics Storage URIs.

```
{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}
```

**시작 실행** 요청에를 AWS CLI 추가하여의 입력 JSON 파일을 참조`--inputs file://<input_file.json>`합니다.