HealthOmics 변형 저장소에서 쿼리 실행 - AWS HealthOmics
Athena 콘솔을 사용하여 간단한 쿼리 실행Athena 콘솔을 사용하여 복잡한 쿼리 실행

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HealthOmics 변형 저장소에서 쿼리 실행

중요

AWS HealthOmics 변형 저장소 및 주석 저장소는 더 이상 신규 고객에게 공개되지 않습니다. 기존 고객은 정상적으로 서비스를 계속 이용할 수 있습니다. 자세한 내용은 AWS HealthOmics 변형 저장소 및 주석 저장소 가용성 변경 단원을 참조하십시오.

Amazon Athena를 사용하여 변형 저장소에서 쿼리를 수행할 수 있습니다. 변형 및 주석 저장소의 게놈 좌표는 제로 기반 반닫힌 반개방 간격으로 표시됩니다.

Athena 콘솔을 사용하여 간단한 쿼리 실행

다음 예제에서는 단순 쿼리를 실행하는 방법을 보여줍니다.

  1. Athena 쿼리 편집기 열기: Athena 쿼리 편집기

  2. 작업 그룹에서 설정 중에 생성한 작업 그룹을 선택합니다.

  3. 데이터 소스가 AwsDataCatalog인지 확인합니다.

  4. 데이터베이스에서 Lake Formation 설정 중에 생성한 데이터베이스 리소스 링크를 선택합니다.

  5. 쿼리 1 탭 아래의 쿼리 편집기에 다음 쿼리를 복사합니다. 

    SELECT * from omicsvariants limit 10

  6. 그런 다음 Run(실행)을 선택하여 쿼리를 실행합니다. 콘솔은 결과 테이블을 omicsvariants 테이블의 처음 10개 행으로 채웁니다.

Athena 콘솔을 사용하여 복잡한 쿼리 실행

다음 예제에서는 복잡한 쿼리를 실행하는 방법을 보여줍니다. 이 쿼리를 실행하려면 주석 저장소ClinVar로 가져옵니다.

복잡한 쿼리 실행

  1. Athena 쿼리 편집기 열기: Athena 쿼리 편집기

  2. 작업 그룹에서 설정 중에 생성한 작업 그룹을 선택합니다.

  3. 데이터 소스가 AwsDataCatalog인지 확인합니다.

  4. 데이터베이스에서 Lake Formation 설정 중에 생성한 데이터베이스 리소스 링크를 선택합니다.

  5. 오른쪽 + 상단의를 선택하여 쿼리 2라는 새 쿼리 탭을 생성합니다.

  6. 쿼리 2 탭 아래의 쿼리 편집기에 다음 쿼리를 복사합니다. 

    SELECT variants.sampleid,
  variants.contigname,
  variants.start,
  variants."end",
  variants.referenceallele,
  variants.alternatealleles,
  variants.attributes AS variant_attributes,
  clinvar.attributes AS clinvar_attributes  
FROM omicsvariants as variants 
INNER JOIN omicsannotations as clinvar ON 
  variants.contigname=CONCAT('chr',clinvar.contigname) 
  AND variants.start=clinvar.start 
  AND variants."end"=clinvar."end" 
  AND variants.referenceallele=clinvar.referenceallele 
  AND variants.alternatealleles=clinvar.alternatealleles 
WHERE clinvar.attributes['CLNSIG']='Likely_pathogenic'

  7. 실행을 선택하여 쿼리 실행을 시작합니다.