HealthLake 통합 NLP 예제 요청 - AWS HealthLake

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HealthLake 통합 NLP 예제 요청

예제 1: HealthLake 데이터 스토어에 수집된 Patient 레코드

다음은 의료 전문가와의 Patient 접촉을 기반으로 한 임상 기록의 예입니다.

합성 데이터

다음 예제의 텍스트는 합성 콘텐츠이며 보호 대상 건강 정보(PHI)를 포함하지 않습니다.

1991-08-31 # Chief Complaint - Headache - Sinus Pain - Nasal Congestion - Sore Throat - Pain with Bright Lights - Nasal Discharge - Cough # History of Present Illness Jerónimo599 is a 4 month-old non-hispanic white male. # Social History Patient has never smoked. Patient comes from a middle socioeconomic background. Patient currently has Aetna. # Allergies No Known Allergies. # Medications No Active Medications. # Assessment and Plan Patient is presenting with bee venom (substance), mold (organism), house dust mite (organism), animal dander (substance), grass pollen (substance), tree pollen (substance), lisinopril, sulfamethoxazole / trimethoprim, fish (substance). ## Plan The patient was prescribed the following medications: - astemizole 10 mg oral tablet - nda020800 0.3 ml epinephrine 1 mg/ml auto-injector The patient was placed on a careplan: - self-care interventions (procedure)

참고로이 정보는 DocumentReference 리소스에서 base64 형식으로 인코딩됩니다. 이 문서가 HealthLake에 수집되고 Amazon Comprehend Medical API 작업이 완료되면 결과를 보기 위해 DocumentReference 리소스 유형에 대한 GET요청으로 시작할 수 있습니다.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference

Amazon Comprehend Medical API 작업이 성공하면 다음과 extension 연결된 내에서 이러한 키-값 페어를 찾습니다. "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/"

{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/status/", "valueString": "SUCCESS" }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/message/", "valueString": "The AWS HealthLake integrated medical NLP operation was successful." }

다음 탭은 수집된 의료 기록이 리소스 유형에 따라 HealthLake 데이터 스토어에 보고되는 방법을 보여줍니다.

DocumentReference

에서 단일 DocumentReference 리소스 유형에 대한 결과를 보려면 특정 리소스id의가 제공되는 GET 요청을 하세요.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed

성공하면 200 HTTP 응답 코드와 다음 JSON 응답(명확성을 위해 잘림)을 가져옵니다.

다음은 http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/ 부분입니다. 새가 추가Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a되었음을 확인할 수 있습니다. HealthLake가 특정 ObservationCondition 리소스 유형에 추론 기반 조사 결과를 추가한 위치를 확인할 수도 있습니다.

이러한 리소스 유형이 어떻게 수정되었는지 확인하려면 관련 탭을 선택합니다.

{ "extension": [ { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "Condition/0854e1f3-894d-448e-a8d9-3af5b9902baf" } } ], "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/" }
Linkage

에서 단일 Linkage 리소스 유형에 대한 결과를 보려면 특정 리소스ID의가 제공되는 GET 요청을 하세요.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

성공하면 200 HTTP 응답 코드와 다음과 같은 잘린 JSON 응답을 가져옵니다.

응답에는 item 요소가 포함됩니다. 여기서 키-값 페어는를 수정하는 데 사용되는 특정 DocumentReference 항목을 "type": "source" 나타내며 "type": "alternate" 키-값 페어 아래에 Condition Observations 나열됩니다.

요소 meta 및 해당 키-값 페어 "tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}]도 표시됩니다. 이는 이러한 리소스가 HealthLake에서 생성되었음을 나타냅니다.

{ "resourceType": "Linkage", "id": "e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a", "active": true, "item": [ { "type": "alternate", "resource": { "reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5", "type": "Observation" } }, { "type": "alternate", "resource": { "reference": "Condition/9d5c1ef6-f822-4faf-b55f-7c70f2a4aa8d", "type": "Condition" } }, { "type": "source", "resource": { "reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed", "type": "DocumentReference" } } ], "meta": { "lastUpdated": "2022-10-21T19:38:31.327Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] } }
Resource type: Observation

에서 단일 Observation 리소스 유형에 대한 결과를 보려면 특정 리소스ID의가 제공되는 GET 요청을 하세요.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Observation/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

Amazon Comprehend Medical API 작업의 결과는 code, meta및 요소로 수정됩니다modifierExtension.

code

유형의 요소입니다CodeableConcept. 자세한 내용은 FHIR R4 설명서CodeableConcept의 섹션을 참조하세요.

HealthLake는 다음 세 가지 키-값 페어를 추가합니다.

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": URL이 특정 Amazon Comprehend Medical API 작업을 참조하는 경우. 이 경우 InferICD10CM입니다.

  • "code": "A52.06": A52.06는 미국 질병 통제 센터의 지식 기반에서 찾을 수 있는 개념을 식별하는 ICD-10-CM 코드입니다.

  • "display": "Other syphilitic heart involvement": 여기서 "Other syphilitic heart involvement"는 온톨로지의 ICD-10-CM 코드에 대한 긴 설명입니다.

다음 잘린 JSON 응답에는 code 요소만 포함됩니다.

"code": { "coding": [ { "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/", "code": "A52.06", "display": "Other syphilitic heart involvement" } ], "text": "Other syphilitic heart involvement" }

할당된 ICD-10-CM 코드가 올바르다는 모델의 신뢰도를 이해하려면 modifierExtension 요소를 사용합니다.

meta

meta 요소에는 Amazon Comprehend Medical API 작업에 의해 추가된 세부 정보가 code 요소에 포함되어 있는지 여부를 나타내는 메타데이터가 포함되어 있습니다.

다음 잘린 JSON 응답에는 meta 요소만 포함됩니다.

"meta": { "lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] }
modifierExtension

modifierExtension 요소에는 code 요소에 있는 할당된 코드의 신뢰도 수준에 대한 자세한 내용이 포함되어 있습니다. 또한 결과 및 관련 Linkage 리소스 유형을 생성하는 데 사용되는 원래 DocumentReference에 대한 링크를 다시 제공하는 키-값 페어가 있습니다.

추가된 각 coding 요소에 대해 entity-score 및가 modifierExtension에 entity-Concept-Score 추가됩니다. 키-값 페어의 각 값에 대해 점수가 표시됩니다. 의 경우 entity-score이 점수는 Amazon Comprehend Medical이 탐지 정확도에 대해 갖는 신뢰도 수준입니다. 의 경우 entity-Concept-Score이 점수는 개체가 ICD-10-CM 개념에 정확하게 연결되어 있다는 Amazon Comprehend Medical의 신뢰도 수준입니다.

다음 잘린 JSON 응답에는 modifierExtension 요소만 포함됩니다.

"modifierExtension": [{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score", "valueDecimal": 0.45005733 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score", "valueDecimal": 0.1111792 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference", "valueReference": { "reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed" } } ]

전체 JSON 응답

{ "subject": { "reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b" }, "resourceType": "Observation", "status": "unknown", "code": { "coding": [{ "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/", "code": "A52.06", "display": "Other syphilitic heart involvement" }], "text": "Other syphilitic heart involvement" }, "meta": { "lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] }, "modifierExtension": [{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score", "valueDecimal": 0.45005733 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score", "valueDecimal": 0.1111792 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference", "valueReference": { "reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed" } } ], "id": "7e88c7c5-21a5-4dd7-8fc2-a02474fba583" }
Condition

에서 단일 Condition 리소스 유형에 대한 결과를 보려면 특정 리소스ID의가 제공되는 GET 요청을 하세요.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Condition/b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd

Amazon Comprehend Medical API 작업의 결과는 code, meta및 요소로 수정됩니다modifierExtension.

code

유형의 요소입니다CodeableConcept. 자세한 내용은 FHIR R4 설명서CodeableConcept의 섹션을 참조하세요.

HealthLake는 다음 세 가지 키-값 페어를 추가합니다.

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": URL이 특정 Amazon Comprehend Medical API 작업을 참조하는 경우. 이 경우 InferICD10CM입니다.

  • "code": "I70.0": A52.06는 미국 질병 통제 센터의 지식 기반에서 찾을 수 있는 개념을 식별하는 ICD-10-CM 코드입니다.

  • "display": "Atherosclerosis of aorta": 여기서 "Other syphilitic heart involvement"는 온톨로지의 ICD-10-CM 코드에 대한 긴 설명입니다.

다음 잘린 JSON 응답에는 code 요소만 포함됩니다.

"code": { "coding": [ { "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/", "code": "I70.0", "display": "Atherosclerosis of aorta" } ], "text": "Atherosclerosis of aorta" }

할당된 ICD-10-CM 코드가 올바르다는 모델의 신뢰도를 이해하려면 modifierExtension 요소를 사용합니다.

meta

meta 요소에는 Amazon Comprehend Medical API 작업에 의해 추가된 세부 정보가 code 요소에 포함되어 있는지 여부를 나타내는 메타데이터가 포함되어 있습니다.

다음 잘린 JSON 응답에는 meta 요소만 포함됩니다.

"meta": { "lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] }
modifierExtension

modifierExtension 요소에는 code 요소에 있는 할당된 코드의 신뢰도 수준에 대한 자세한 내용이 포함되어 있습니다. 또한 결과 및 관련 Linkage 리소스 유형을 생성하는 데 사용되는 원래 DocumentReference에 대한 링크를 다시 제공하는 키-값 페어가 있습니다.

추가된 각 coding 요소에 대해 entity-score 및가 modifierExtension에 entity-Concept-Score 추가됩니다. 키-값 페어의 각 값에 대해 점수가 표시됩니다. 의 경우 entity-score이 점수는 Amazon Comprehend Medical이 탐지 정확도에 대해 갖는 신뢰도 수준입니다. 의 경우 entity-Concept-Score이 점수는 개체가 ICD-10-CM 개념에 정확하게 연결되어 있다는 Amazon Comprehend Medical의 신뢰도 수준입니다.

다음 잘린 JSON 응답에는 modifierExtension 요소만 포함됩니다.

"modifierExtension": [{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score", "valueDecimal": 0.94417894 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score", "valueDecimal": 0.8458298 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference", "valueReference": { "reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed" } } ]

전체 JSON 응답

{ "subject": { "reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b" }, "resourceType": "Condition", "code": { "coding": [{ "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/", "code": "I70.0", "display": "Atherosclerosis of aorta" }], "text": "Atherosclerosis of aorta" }, "meta": { "lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] }, "modifierExtension": [{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score", "valueDecimal": 0.94417894 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score", "valueDecimal": 0.8458298 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference", "valueReference": { "reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed" } } ], "id": "b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd" }

예제 2: MedicationStatement 리소스 유형이 DocumentReference 포함된 A

다음은 의료 전문가와의 환자 접촉을 기반으로 한 임상 기록의 예입니다.

합성 데이터

이 예제의 텍스트는 합성 콘텐츠이며 보호 대상 건강 정보(PHI)를 포함하지 않습니다.

Tom is not prescribed Advil

다음 탭은 수집된 의료 기록이 리소스 유형에 따라 HealthLake 데이터 스토어에 보고되는 방법을 보여줍니다.

DocumentReference

에서 단일 DocumentReference 리소스 유형에 대한 결과를 보려면 특정 리소스ID의가 제공되는 GET 요청을 하세요.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c

성공하면 200 HTTP 응답 코드와 다음과 같은 잘린 JSON 응답을 가져옵니다.

키-값 페어인는 Amazon Comprehend Medical API 작업에 의해이 페어 내의 리소스 유형이 추가extension되었음을 "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"나타냅니다. 새 Linkage 리소스 유형과 여러 MedicationStatement 리소스를 볼 수 있습니다.

"extension": [{ "extension": [{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b" } } ], "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/" }
Linkage

에서 단일 Linkage 리소스 유형에 대한 결과를 보려면 특정 리소스ID의가 제공되는 GET 요청을 하세요.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7

성공하면 200 HTTP 응답 코드와 다음 JSON 응답을 받습니다.

응답에는 item 요소가 포함됩니다. 여기서 키-값 페어는 MedicationStatement 리소스 유형을 수정하는 데 사용되는 특정 DocumentReference 항목을 "type": "source" 나타냅니다.

meta 요소 및 해당 키-값 페어인 도 볼 수 있으며"tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}], 이는 이러한 리소스가 HealthLake에서 생성되었음을 나타냅니다.

{ "resourceType": "Linkage", "id": "394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7", "active": true, "item": [{ "type": "alternate", "resource": { "reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8", "type": "MedicationStatement" } }, { "type": "alternate", "resource": { "reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7", "type": "MedicationStatement" } }, { "type": "alternate", "resource": { "reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2", "type": "MedicationStatement" } }, { "type": "alternate", "resource": { "reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b", "type": "MedicationStatement" } }, { "type": "alternate", "resource": { "reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b", "type": "MedicationStatement" } }, { "type": "source", "resource": { "reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c", "type": "DocumentReference" } } ], "meta": { "lastUpdated": "2022-10-24T20:05:03.501Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] } }
MedicationStatement

에서 단일 MedicationStatement 리소스 유형에 대한 결과를 보려면 특정 리소스ID의가 제공되는 GET 요청을 하세요.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7

MedicationStatement 리소스 유형은 Amazon Comprehend Medical InferRxNorm API 작업의 결과를 찾을 수 있는 위치입니다. 결과는 medicationCodeableConcept, meta및 요소로 수정됩니다modifierExtension.

medicationCodeableConcept

유형의 요소입니다CodeableConcept. 자세한 내용은 FHIR R4 설명서CodeableConcept의 섹션을 참조하세요.

HealthLake는 다음 세 가지 키-값 페어를 추가합니다.

  • "system": ""http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/: URL이 특정 Amazon Comprehend Medical API 작업을 참조하는 경우. 이 경우 InferRxNorm입니다.

  • "code": "731533": 여기서 731533는 RxCUI라고도 하는 RxNorm 개념 ID입니다. RxCUI

  • "display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]": 여기서 ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]는 RxNorm 개념에 대한 설명입니다.

다음 잘린 JSON 응답에는 MedicationStatement 요소만 포함됩니다.

"medicationCodeableConcept": { "coding": [ { "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/", "code": "731533", "display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]" } ] }
meta

meta 요소에는 Amazon Comprehend Medical API 작업에 의해 추가된 세부 정보가 code 요소에 포함되어 있는지 여부를 나타내는 메타데이터가 포함되어 있습니다.

다음 잘린 JSON 응답에는 meta 요소만 포함됩니다.

"meta": { "lastUpdated": "2022-10-24T20:05:02.800Z", "tag": [ { "display": "SYSTEM_GENERATED" } ] }
modifierExtension

modifierExtension 요소에는 결과 및 관련 Linkage 리소스 유형을 생성하는 데 DocumentReference 사용된 원본에 대한 링크를 다시 제공하는 키-값 페어가 포함되어 있습니다.

"modifierExtension": [ { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference", "valueReference": { "reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c" } } ]