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# HealthOmics でサポートされているワークフロー言語
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HealthOmics プライベートワークフローは、3 つのワークフロー言語で記述されたワークフロー定義をサポートします。各言語には、HealthOmics での独自の構文、機能、バージョンサポートがあります。

## ワークフローエンジンの概要
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次の表は、サポートされているワークフロー言語、バージョン、主要な特性をまとめたものです。表では、DSL は各エンジンがサポートするドメイン固有の言語バージョンを指します。


| エンジン | サポートバージョン | DSL / 仕様バージョン | 主な特徴 | 
| --- | --- | --- | --- | 
| ネクストフロー | v22.04、v23.10、v24.10、v25.10、v26.04 | DSL 1 (v22.04 のみ）、DSL 2 | チャネル駆動型並列処理を使用した Groovy ベースのデータフロー言語。nf-core コミュニティを通じてゲノム学に広く採用されています。プラグイン (nf-schema、nf-prov、nf-fgbio、nf-core-utils) をサポートします。 | 
| WDL | — | 言語仕様 1.0、1.1、開発 | 明示的な入出力タイピングを使用するタスク指向言語。2 つのエンジンモード: WDL (厳密な仕様コンプライアンス) と WDL lenient (Cromwell 互換、暗黙的な型キャスト）。 | 
| CWL | — | 言語仕様 1.0、1.1、1.2 | Common Workflow Language コミュニティによって管理される標準ベースの YAML 定義のワークフロー言語。複数の実行プラットフォームにまたがって移植できます。 | 

## ワークフロー言語の選択
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3 つの言語はすべて HealthOmics で完全にサポートされており、同じコンピューティング、ストレージ、ネットワーク機能にアクセスできます。以下の考慮事項は、選択肢を知らせるのに役立ちます。
+ **既存のパイプライン** – 組織がすでにパイプラインを 1 つの言語で管理している場合は、書き換えることなく HealthOmics で使用できます。HealthOmics は、基盤となるコンピューティング、ストレージ、ネットワークインフラストラクチャが同じである 3 つの言語をすべてサポートしています。
+ **言語特性** – Nextflow は、チャネル駆動型の並列処理で Groovy ベースのデータフローモデルを使用し、プラグインをサポートします。WDL は、タスク指向構造で明示的な入出力型を使用します。CWL は、クロスプラットフォームの移植性のために設計された宣言型の YAML ベースのアプローチを使用します。
+ **オープンソースエコシステム** – 各言語には、公開されているパイプラインとツールを備えたアクティブなオープンソースコミュニティがあります。詳細については、[WDL](https://github.com/openwdl/wdl)、[Nextflow](https://www.nextflow.io/)、または [CWL](https://www.commonwl.org/) の仕様を参照してください。

## 言語別のバージョンの詳細
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詳細なバージョンサポート、言語固有の機能、および設定ガイダンスについては、以下のページを参照してください。
+ [HealthOmics ワークフロー定義言語のバージョンサポート](workflows-lang-versions.md) – HealthOmics がバージョンを検出して選択する方法を含む、3 つの言語すべての完全なバージョンマトリックス。
+ [Nextflow ワークフロー定義の詳細](workflow-definition-nextflow.md) – Nextflow DSL 構文、ディレクティブ、プラグイン、プロファイル、実行レポート、エンジン設定。
+ [HealthOmics の Nextflow バージョンのリリースノート](nextflow-version-release-notes.md) – HealthOmics でサポートされている各 Nextflow バージョンのリリースノート。
+ [WDL ワークフロー定義の詳細](workflow-languages-wdl.md) – WDL バージョンサポート、型強制、WDL lenient モード、および構造体処理。
+ [HealthOmics の WDL エンジン変更ログ](wdl-engine-change-log.md) – HealthOmics の WDL エンジンの新機能、機能強化、廃止のログを変更します。
+ [CWL ワークフロー定義の詳細](workflow-languages-cwl.md) – CWL バージョンのサポート、入力形式、Docker の要件。

## Nextflow エンジンバージョンのライフサイクル
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HealthOmics は、新しい Nextflow エンジンバージョンをサポートするための定期的な頻度を維持します。Nextflow は通常、6 か月ごとに安定したバージョンをリリースし、HealthOmics はこれらのバージョンを継続的にサポートします。非推奨タイムラインや拡張バージョンの可用性の料金など、Nextflow バージョンのライフサイクルポリシーの詳細については、次のページを参照してください。
+ [Nextflow バージョン保持ポリシー](nextflow-version-retention-policy.md) – サポートされているバージョン、利用可能な期間、非推奨フェーズ、拡張バージョンの可用性の料金、プラグイン管理、テストガイダンス。

## 関連トピック
<a name="workflows-supported-languages-related"></a>
+ [HealthOmics のワークフロー定義ファイル](workflow-definition-files.md) – ワークフロー定義の ZIP、要件、例を構築する方法。
+ [HealthOmics でのプライベートワークフローの作成](workflows-setup.md) – HealthOmics でワークフローを作成するためのEnd-to-endガイド。
+ [HealthOmics で実行を開始する](starting-a-run.md) – エンジン設定を含むワークフロー実行を開始する方法。

**Topics**
+ [ワークフローエンジンの概要](#workflows-supported-languages-overview)
+ [ワークフロー言語の選択](#workflows-choosing-language)
+ [言語別のバージョンの詳細](#workflows-version-details-by-language)
+ [Nextflow エンジンバージョンのライフサイクル](#workflows-nextflow-version-lifecycle)
+ [関連トピック](#workflows-supported-languages-related)
+ [Nextflow バージョン保持ポリシー](nextflow-version-retention-policy.md)
+ [HealthOmics の Nextflow バージョンのリリースノート](nextflow-version-release-notes.md)
+ [HealthOmics の WDL エンジン変更ログ](wdl-engine-change-log.md)