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HealthOmics で実行を開始する

実行を開始するときは、HealthOmics が実行時に使用するために割り当てるリソースを指定します。

実行ストレージタイプとストレージ量 (静的ストレージの場合) を指定します。データの分離とセキュリティを確保するために、HealthOmics は各実行の開始時にストレージをプロビジョニングし、実行の終了時にそれをプロビジョニング解除します。詳細については、「HealthOmics ワークフローでストレージタイプを実行する」を参照してください。

出力ファイルの Amazon S3 の場所を指定します。大量のワークフローを同時に実行する場合は、バケットのスロットリングを避けるために、ワークフローごとに個別の Amazon S3 出力 URIs を使用します。詳細については、「Amazon S3 ユーザーガイド」の「プレフィックスを使用してオブジェクトを整理する」および「Amazon S3 パフォーマンスの最適化」ホワイトペーパーの「ストレージ接続を水平方向にスケールする」を参照してください。 Amazon S3 Amazon S3

実行優先度を指定することもできます。優先度が実行に与える影響は、実行が実行グループに関連付けられているかどうかによって異なります。詳細については、「実行優先度」を参照してください。

ワークフローに 1 つ以上のバージョンがある場合は、実行の開始時にバージョンを指定できます。バージョンを指定しない場合、HealthOmics はデフォルトのワークフローバージョンを開始します。

HealthOmics API を使用する場合、実行ごとに一意のリクエスト ID を指定できます。リクエスト ID は、HealthOmics が重複するリクエストを識別するために使用するべき等性トークンです。 と は 1 回だけ実行を開始します。

HealthOmics 実行パラメータ

実行を開始するときは、実行パラメータ JSON ファイルで実行入力を指定するか、パラメータ値をインラインで入力できます。実行パラメータ JSON ファイルのサイズを管理する方法については、「」を参照してください実行パラメータサイズの管理。

HealthOmics は、パラメータ値に対して次の JSON タイプをサポートしています。

コンソールを使用した実行の開始

API を使用して実行を開始する

start-run API オペレーションを使用して、実行を作成して開始します。

次の例では、ワークフロー ID とサービスロールを指定します。この例では、保持モードを に設定しますREMOVE。保持モードの詳細については、「」を参照してくださいHealthOmics 実行の保持モードを実行する。

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --name workflow name \
     --retention-mode REMOVE

応答として、次の出力を取得します。uuid は実行に固有であり、 とともに出力データが書き込まれる場所を追跡するためにoutputUri使用できます。

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....:run/1234567", 
    "id": "123456789",
    "uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a"
    "status": "PENDING"
}                

xx

ワークフローのパラメータテンプレートで必須パラメータが宣言されている場合は、ワークフロー実行の開始時に入力のローカル JSON ファイルを指定できます。JSON ファイルには、各入力パラメータの正確な名前と パラメータの値が含まれています。

start-run リクエスト--parameters file://<input_file.json>に を追加して AWS CLI 、 の入力 JSON ファイルを参照します。実行パラメータの詳細については、「」を参照してくださいHealthOmics 実行入力。

xx

実行requestIdごとに一意の を指定できます。リクエスト ID は、HealthOmics が重複するリクエストを識別するために使用するべき等性トークンです。 と は 1 回だけ実行を開始します。

実行開始のオーケストレーションにインフラストラクチャ (Lambda 関数やステップ関数など) を使用する場合は、各 StartRun リクエストに一意のリクエスト ID を提供することがベストプラクティスです。これにより、インフラストラクチャで再試行 (アップストリームエラーからの復旧など) が実行されても、HealthOmics は重複した実行を開始しません。

xx

実行のワークフローバージョンを指定できます。

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
      ...
     --workflow-version-name '1.2.1' 

xx

ワークフローで指定されているデフォルトの実行ストレージタイプを上書きできます。

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
      ...
     --storage-type STATIC
     --storage-capacity 2400 

xx

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --name GPUTestRunModel \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1                       

実行に関する情報を取得する

次に示すように、get-run API でレスポンスの ID を使用して、実行のステータスを確認できます。

aws omics get-run --id run id

この API オペレーションからのレスポンスは、ワークフロー実行のステータスを示します。可能なステータスは、PENDING、STARTING、RUNNING、および ですCOMPLETED。実行が の場合COMPLETED、出力 Amazon S3 バケットoutfile.txt内の という名前の出力ファイルは、実行 ID の後に という名前のフォルダにあります。

get-run API オペレーションは、ワークフローが Ready2Runか か、ワークフローエンジンPRIVATE、アクセラレーターの詳細など、他の詳細も返します。次の例は、プライベートワークフローの実行に対する get-run のレスポンスを示しています。「WDL with a GPU accelerator and no tags assigned to the run」で説明されています。

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
    "id": "7830534",
    "uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a" 
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "4074992",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "3.0.0",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236",
    "name": "RunGroupMaxGpuTest",
    "runGroupId": "9938959",
    "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a86976048f6cad5ac",
    "accelerators": "GPU",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket1",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/<role_name>",
    "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}                        

次に示すように、list-runs API オペレーションを使用して、すべての実行のステータスを確認できます。

 aws omics list-runs

特定の実行で完了したすべてのタスクを表示するには、list-run-tasks API を使用します。

 aws omics list-run-tasks --id task ID

特定のタスクの詳細を取得するには、get-run-task API を使用します。

 aws omics get-run-task --id <run_id> --task-id task ID

実行が完了すると、メタデータはストリーム の下の CloudWatch に送信されますmanifest/run/<run ID>/<run UUID>。

マニフェストの例を次に示します。

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
    "resourceDigests": {
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
      "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
      "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
    },
    "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
    "engine": "WDL",
    "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
    "name": "1044-gvcfs",
    "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
    "parameters": {
      "callset_name": "cohort",
      "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
      "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
      "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
      "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
      "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "storageCapacity": 9600,
    "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
    "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
    "workflowType": "PRIVATE"
  },
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
    "cpus": 16,
    "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
    "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
    "memory": 32,
    "name": "geno-123",
    "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "status": "SUCCESS",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
  },
  ...                        

CloudWatch ログにメタデータが存在しない場合、実行メタデータは削除されません。