HealthOmics で実行を再実行する - AWS HealthOmics
コンソールを使用して実行を再実行するAPI を使用して実行を再実行する再実行ツールの使用

翻訳は機械翻訳により提供されています。提供された翻訳内容と英語版の間で齟齬、不一致または矛盾がある場合、英語版が優先します。

HealthOmics で実行を再実行する

まだ削除していない実行の場合は、 コンソールまたは API を使用して実行を再実行します。削除した実行の場合は、HealthOmics rerun ツールを使用します。

コンソールを使用して実行を再実行する

コンソールから、以下の手順に従って実行を再実行します。

  1. HealthOmics コンソールを開きます。

  2. 必要に応じて、左側のナビゲーションペイン (≡) を開きます。[実行] を選択します。

  3. 実行ページで、再実行する実行を選択します。

  4. テーブルの上にあるアクションメニューから、再実行を選択します。

API を使用して実行を再実行する

StartRun API オペレーションを使用して、既存の実行を再実行します。次の必須入力を指定します。

  • サービスロール ARN (roleArn）。

  • 複製する実行の ID (runId）。

  • 実行が実行出力を保存する Amazon S3 の場所 (outputUri）。

aws omics start-run 
     --run-id run id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --output-uri s3://workflow-output-b6f2fce1

再実行ツールの使用

削除された実行については、HealthOmics rerun ツールをダウンロードして使用して実行を再実行できます。このツールは、CloudWatch Logs マニフェストから実行情報を取得します。HealthOmics rerun Tool GitHub リポジトリからツールをダウンロードします。 HealthOmics GitHub

次の例は、 rerun ツールの使用方法を示しています。

aws-healthomics-rerun 9876543

実行が CloudWatch に存在する場合、次の出力例のようなレスポンスを受け取ります。ワークフローが存在しない場合は、エラーメッセージが表示されます。

Original request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "sample_rerun",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "new test",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun response:
{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9171779",
  "id": "9171779",
  "status": "PENDING",
  "tags": {}
}