HealthOmics リードセットを Amazon S3 バケットにエクスポートする - AWS HealthOmics

AWS HealthOmics バリアントストアと注釈ストアは、2025 年 11 月 7 日以降、新規のお客様に公開されなくなります。バリアントストアまたは注釈ストアを使用する場合は、その日付より前にサインアップします。既存のお客様は、通常どおりサービスを引き続き使用できます。詳細については、AWS HealthOmics 「バリアントストアと注釈ストアの可用性の変更」を参照してください。

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HealthOmics リードセットを Amazon S3 バケットにエクスポートする

読み取りセットをバッチエクスポートジョブとして Amazon S3 バケットにエクスポートできます。そのためには、まず、次の IAM ポリシーの例のように、バケットへの書き込みアクセス権を持つ IAM ポリシーを作成します。

JSON
{
  "Version":"2012-10-17",		 	 	 
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}
JSON
{
"Version":"2012-10-17",		 	 	 
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}

IAM ポリシーが設定されたら、読み取りセットのエクスポートジョブを開始します。次の例は、start-read-set-export-job API オペレーションを使用してこれを行う方法を示しています。次の例では、、、、 sequence store ID destination などのすべてのパラメータを入力role ARNsourcesに置き換えます。

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2

オリジンシーケンスストアと送信先 Amazon S3 バケットに関する情報を含む次のレスポンスを受け取ります。

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}

ジョブが開始されたら、次に示すように get-read-set-export-job API オペレーションを使用してそのステータスを判断できます。sequence store ID と をそれぞれシーケンスストア ID とジョブ ID job IDに置き換えます。

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

次に示すように、list-read-set-export-jobs API オペレーションを使用して、シーケンスストアに対して初期化されたすべてのエクスポートジョブを表示できます。をシーケンスストア ID sequence store IDに置き換えます。

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.
{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}

読み取りセットのエクスポートに加えて、Amazon S3 アクセス URIs を使用して共有することもできます。詳細についてはAmazon S3 URIs を使用した HealthOmics リードセットへのアクセスを参照してください。