HealthOmics 注釈ストアの作成 - AWS HealthOmics
コンソールを使用した注釈ストアの作成API を使用した注釈ストアの作成

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HealthOmics 注釈ストアの作成

重要

AWS HealthOmics バリアントストアと注釈ストアは、新規のお客様に公開されなくなりました。既存のお客様は、通常どおりサービスを引き続き使用できます。詳細については、「AWS HealthOmics バリアントストアと注釈ストアの可用性の変更」を参照してください。

注釈ストアは、TSV、VPC、GFF ファイルなどの注釈データベースを表すデータストアです。同じ参照ゲノムが指定されている場合、注釈ストアはインポート中にバリアントストアと同じ座標系にマッピングされます。以下のトピックでは、HealthOmics コンソールと AWS CLI を使用して注釈ストアを作成および管理する方法を示します。

コンソールを使用した注釈ストアの作成

HealthOmics コンソールで注釈ストアを作成するには、次の手順に従います。

注釈ストアを作成するには

  1. HealthOmics コンソールを開きます。

  2. 必要に応じて、左側のナビゲーションペイン (≡) を開きます。注釈ストアを選択します。

  3. 注釈ストアページで、注釈ストアの作成を選択します。

  4. 注釈ストアの作成ページで、次の情報を入力します。

    • 注釈ストア名 - このストアの一意の名前。

    • 説明 (オプション) - このリファレンスゲノムの説明。

    • データ形式とスキーマの詳細 - データファイル形式を選択し、このストアのスキーマ定義をアップロードします。

    • 参照ゲノム - この注釈の参照ゲノム。

    • データ暗号化 - データ暗号化を AWS 自分で所有および管理するかどうかを選択します。

    • タグ (オプション) - この注釈ストアには最大 50 個のタグを指定します。

  5. 注釈ストアの作成 を選択します。

API を使用した注釈ストアの作成

次の例は、 を使用して注釈ストアを作成する方法を示しています AWS CLI。すべての AWS CLI および API オペレーションでは、データの形式を指定する必要があります。

aws omics create-annotation-store --name my_annotation_store \
           --store-format GFF \
           --reference referenceArn="arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           --version-name new_version

注釈ストアの作成を確認するために、次のレスポンスを受け取ります。

{
           "creationTime": "2022-08-24T20:34:19.229500Z",
           "id": "3b93cdef69d2",
           "name": "my_annotation_store",
           "reference": {
               "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           },
           "status": "CREATING"
           "versionName": "my_version"
       }

注釈ストアの詳細については、get-annotation-store API を使用します。

aws omics get-annotation-store --name my_annotation_store

次のレスポンスが表示されます。

{
          "id": "eeb019ac79c2",
          "reference": {
              "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330“
          },
          "status": "ACTIVE",
          "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/gffstore",
          "name": "my_annotation_store",
          "creationTime": "2022-11-05T00:05:19.136131+00:00",
          "updateTime": "2022-11-05T00:10:36.944839+00:00",
          "tags": {},
          "storeFormat": "GFF",
          "statusMessage": "",
          "storeSizeBytes": 0,
          "numVersions": 1
      }

アカウントに関連付けられているすべての注釈ストアを表示するには、list-annotation-stores API オペレーションを使用します。

aws omics list-annotation-stores

次のレスポンスの例に示すように、すべての注釈ストアとその IDs、ステータス、およびその他の詳細を一覧表示するレスポンスを受け取ります。

{
           "annotationStores": [
               {
                  "id": "4d8f3eada259",
                   "reference":
                       "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330"
                   },
                   "status": "CREATING",
                   "name": "gffstore",
                   "creationTime": "2022-09-27T17:30:52.182990+00:00",
                   "updateTime": "2022-09-27T17:30:53.025362+00:00"
               }
           ]
       }

ステータスやその他の条件に基づいてレスポンスをフィルタリングすることもできます。