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# ワークフロー定義からゲノムファイルを参照する
HealthOmics リファレンスストアオブジェクトは、次のような URI で参照できます。示されている`{{reference ID}}`場合は、独自の `{{account ID}}`、`{{reference store ID}}`、および を使用します。
```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}
```
ワークフローによっては、参照ゲノムの `SOURCE`と `INDEX` ファイルの両方が必要になります。前の URI はデフォルトの短縮形式であり、デフォルトで SOURCE ファイルになります。いずれかのファイルを指定するには、次のように長い URI フォームを使用できます。
```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/source
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/index
```
シーケンス読み取りセットを使用すると、図のように同様のパターンになります。
```
aws omics create-workflow \
--name {{workflow name}} \
--main {{sample workflow.wdl}} \
--definition-uri omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{sequence_store_id}}/readSet/{{id}} \
--parameter-template {{file://parameters_sample_description.json}}
```
FASTQ に基づくリードセットなど、一部のリードセットにはペアのリードを含めることができます。次の例では、SOURCE1 と SOURCE2 と呼ばれます。BAM や CRAM などの形式には SOURCE1 ファイルのみが含まれます。一部のリードセットには、 `bai`や ファイルなどの INDEX `crai` ファイルが含まれます。前述の URI はデフォルトの短縮形式であり、デフォルトで SOURCE1 ファイルになります。正確なファイルまたはインデックスを指定するには、次のように長い URI フォームを使用できます。
```
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com//readSet//source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com//readSet//source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com//readSet//index
```
以下は、2 つの Omics Storage URIs。
```
{
"input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com//reference/",
"input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com//readSet/"
}
```
**開始/実行**リクエスト`--inputs file://`に を追加して AWS CLI 、 の入力 JSON ファイルを参照します。