Deadline Cloud で GROMACS 分子力学シミュレーションを実行する

gromacs_md ジョブバンドルは、生のタンパク質構造から分析された軌道まで、GROMACS 分子力学シミュレーションパイプラインを実行します。パイプラインは、システムの準備、エネルギーの最小化、NVT/NPT 平衡化、本番 MD、分析 (RMSD、RMSF、回生半径、ボンドなど) を実行します。複数の独立したレプリカは、 MaxReplicaIndexパラメータを介して並行してファンアウトします。

バンドルには、Linux x86_64 サービスマネージドフリート (最低 4 vCPU) を持つ Deadline Cloud ファームと、 gromacsからの conda キュー環境が必要ですconda-forge。ホスト設定スクリプトやカスタム conda レシピは必要ありません。

バンドルには、 の hen egg-white リゾチーム (PDB: 1AKI) および MDP パラメータファイルのサンプルデータが含まれていますsample_inputs/mdp/。

job_bundles ディレクトリから、ジョブを送信します。

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

10 個の独立したレプリカを並行して実行するには:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"