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Slurm guida per la modalità a coda multipla
Qui puoi scoprire come e AWS ParallelCluster Slurm gestisci i nodi di coda (partizione) e come monitorare gli stati della coda e dei nodi.
Panoramica
L'architettura di scalabilità si basa su SlurmCloud Scheduling Guide e plug-in per
ciclo di vita dei nodi cloud
Durante il loro ciclo di vita, i nodi cloud entrano in diversi se non tutti i seguenti stati:POWER_SAVING, POWER_UP (pow_up), () e ALLOCATED (alloc). POWER_DOWN pow_dn In alcuni casi, un nodo cloud potrebbe entrare nello OFFLINE stato. L'elenco seguente descrive in dettaglio diversi aspetti di questi stati nel ciclo di vita del nodo cloud.
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Un nodo in uno
POWER_SAVINGstato viene visualizzato con un~suffisso (ad esempioidle~) in.sinfoIn questo stato, nessuna EC2 istanza supporta il nodo. Tuttavia, Slurm può comunque allocare lavori al nodo. -
Un nodo in transizione verso uno
POWER_UPstato viene visualizzato con un#suffisso (ad esempioidle#) in.sinfoUn nodo passa automaticamente a unoPOWER_UPstato, quando Slurm assegna un lavoro a un nodo in unoPOWER_SAVINGstato.In alternativa, puoi trasferire manualmente i nodi allo
POWER_UPstato come utentesuroot con il comando:$scontrol update nodename=nodenamestate=power_upIn questa fase,
ResumeProgramviene richiamato, EC2 le istanze vengono avviate e configurate e il nodo passa allo stato.POWER_UP -
Un nodo attualmente disponibile per l'uso viene visualizzato senza un suffisso (ad esempio) in.
idlesinfoDopo che il nodo è stato configurato ed è entrato a far parte del cluster, diventa disponibile per l'esecuzione dei job. In questa fase, il nodo è configurato correttamente e pronto per l'uso.Come regola generale, consigliamo che il numero di EC2 istanze Amazon sia uguale al numero di nodi disponibili. Nella maggior parte dei casi, i nodi statici sono disponibili dopo la creazione del cluster.
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Un nodo che sta passando a
POWER_DOWNuno stato viene visualizzato con un%suffisso (ad esempioidle%) in.sinfoI nodi dinamici entrano automaticamente nelloPOWER_DOWNstato successivo. ScaledownIdletime Al contrario, i nodi statici nella maggior parte dei casi non vengono spenti. Tuttavia, puoi posizionare i nodi nelloPOWER_DOWNstato manualmente come utentesuroot con il comando:$scontrol update nodename=nodenamestate=down reason="manual draining"In questo stato, le istanze associate a un nodo vengono terminate e il nodo viene ripristinato allo
POWER_SAVINGstato e può essere utilizzato successivamente. ScaledownIdletimeL'ScaledownIdletimeimpostazione viene salvata in Slurm
SuspendTimeoutimpostazione di configurazione. -
Viene visualizzato un nodo offline con un
*suffisso (ad esempiodown*) insinfo. Un nodo va offline se Slurm il controller non può contattare il nodo o se i nodi statici sono disabilitati e le istanze di backup sono terminate.
Considerate gli stati dei nodi mostrati nell'esempio seguente. sinfo
$sinfoPARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST efa up infinite 4 idle~ efa-dy-efacompute1-[1-4] efa up infinite 1 idle efa-st-efacompute1-1 gpu up infinite 1 idle% gpu-dy-gpucompute1-1 gpu up infinite 9 idle~ gpu-dy-gpucompute1-[2-10] ondemand up infinite 2 mix# ondemand-dy-ondemandcompute1-[1-2] ondemand up infinite 18 idle~ ondemand-dy-ondemandcompute1-[3-10],ondemand-dy-ondemandcompute2-[1-10] spot* up infinite 13 idle~ spot-dy-spotcompute1-[1-10],spot-dy-spotcompute2-[1-3] spot* up infinite 2 idle spot-st-spotcompute2-[1-2]
I efa-st-efacompute1-1 nodi spot-st-spotcompute2-[1-2] and dispongono già di istanze di backup configurate e sono disponibili per l'uso. I ondemand-dy-ondemandcompute1-[1-2] nodi sono nello POWER_UP stato attuale e dovrebbero essere disponibili entro pochi minuti. Il gpu-dy-gpucompute1-1 nodo è nello POWER_DOWN stato e passa allo POWER_SAVING stato successivo ScaledownIdletime(il valore predefinito è 10 minuti).
Tutti gli altri nodi sono in POWER_SAVING stato e non sono supportati da alcuna EC2 istanza.
Lavorare con un nodo disponibile
Un nodo disponibile è supportato da un' EC2 istanza Amazon. Per impostazione predefinita, il nome del nodo può essere utilizzato per inserire direttamente SSH nell'istanza (ad esempiossh
efa-st-efacompute1-1). L'indirizzo IP privato dell'istanza può essere recuperato utilizzando il comando:
$scontrol show nodesnodename
Controlla l'indirizzo IP nel NodeAddr campo restituito.
Per i nodi che non sono disponibili, il NodeAddr campo non deve puntare a un' EC2 istanza Amazon in esecuzione. Piuttosto, dovrebbe essere lo stesso del nome del nodo.
Job stati e invio
I lavori inviati nella maggior parte dei casi vengono immediatamente assegnati ai nodi del sistema o messi in sospeso se tutti i nodi sono allocati.
Se i nodi allocati per un processo includono nodi in uno POWER_SAVING stato, il processo inizia con uno CF stato o. CONFIGURING A questo punto, il processo attende che i nodi dello POWER_SAVING stato passino allo POWER_UP stato e diventino disponibili.
Dopo che tutti i nodi allocati per un lavoro sono disponibili, il lavoro entra nello stato RUNNING (R).
Per impostazione predefinita, tutti i lavori vengono inviati alla coda predefinita (nota come partizione in Slurm). Ciò è indicato da un * suffisso dopo il nome della coda. È possibile selezionare una coda utilizzando l'opzione di invio del -p lavoro.
Tutti i nodi sono configurati con le seguenti funzionalità, che possono essere utilizzate nei comandi di invio dei lavori:
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Un tipo di istanza (ad esempio
c5.xlarge) -
Un tipo di nodo (questo è
dynamicostatic.)
Puoi vedere le caratteristiche di un particolare nodo usando il comando:
$scontrol show nodesnodename
Nel ritorno, controlla l'AvailableFeatureselenco.
Considera lo stato iniziale del cluster, che puoi visualizzare eseguendo il sinfo comando.
$sinfoPARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST efa up infinite 4 idle~ efa-dy-efacompute1-[1-4] efa up infinite 1 idle efa-st-efacompute1-1 gpu up infinite 10 idle~ gpu-dy-gpucompute1-[1-10] ondemand up infinite 20 idle~ ondemand-dy-ondemandcompute1-[1-10],ondemand-dy-ondemandcompute2-[1-10] spot* up infinite 13 idle~ spot-dy-spotcompute1-[1-10],spot-dy-spotcompute2-[1-3] spot* up infinite 2 idle spot-st-spotcompute2-[1-2]
Nota che spot è la coda predefinita. È indicata dal * suffisso.
Invia un lavoro a un nodo statico nella coda predefinita ()spot.
$sbatch --wrap"sleep 300"-N1-Cstatic
Invia un lavoro a un nodo dinamico nella EFA coda.
$sbatch --wrap"sleep 300"-pefa-Cdynamic
Invia un lavoro a otto (8) c5.2xlarge nodi e due (2) t2.xlarge nodi nella ondemand coda.
$sbatch --wrap"sleep 300"-pondemand-N10-C "[c5.2xlarge*8&t2.xlarge*2]"
Invia un lavoro a un nodo GPU nella gpu coda.
$sbatch --wrap"sleep 300"-pgpu-G1
Considerate lo stato dei lavori che utilizzano il squeue comando.
$squeueJOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 12 ondemand wrap ubuntu CF 0:36 10 ondemand-dy-ondemandcompute1-[1-8],ondemand-dy-ondemandcompute2-[1-2] 13 gpu wrap ubuntu CF 0:05 1 gpu-dy-gpucompute1-1 7 spot wrap ubuntu R 2:48 1 spot-st-spotcompute2-1 8 efa wrap ubuntu R 0:39 1 efa-dy-efacompute1-1
I lavori 7 e 8 (nelle efa code spot e) sono già in esecuzione (R). I lavori 12 e 13 sono ancora in fase di configurazione (CF), probabilmente in attesa che le istanze diventino disponibili.
# Nodes states corresponds to state of running jobs$sinfoPARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST efa up infinite 3 idle~ efa-dy-efacompute1-[2-4] efa up infinite 1 mix efa-dy-efacompute1-1 efa up infinite 1 idle efa-st-efacompute1-1 gpu up infinite 1 mix~ gpu-dy-gpucompute1-1 gpu up infinite 9 idle~ gpu-dy-gpucompute1-[2-10] ondemand up infinite 10 mix# ondemand-dy-ondemandcompute1-[1-8],ondemand-dy-ondemandcompute2-[1-2] ondemand up infinite 10 idle~ ondemand-dy-ondemandcompute1-[9-10],ondemand-dy-ondemandcompute2-[3-10] spot* up infinite 13 idle~ spot-dy-spotcompute1-[1-10],spot-dy-spotcompute2-[1-3] spot* up infinite 1 mix spot-st-spotcompute2-1 spot* up infinite 1 idle spot-st-spotcompute2-2
Stato e caratteristiche del nodo
Nella maggior parte dei casi, gli stati dei nodi sono completamente gestiti in AWS ParallelCluster base ai processi specifici del ciclo di vita dei nodi cloud descritti in precedenza in questo argomento.
Tuttavia, sostituisce o termina AWS ParallelCluster anche nodi non integri in DRAINED stati DOWN e nodi con istanze di backup non integre. Per ulteriori informazioni, consulta clustermgtd.
Stati di partizione
AWS ParallelCluster supporta i seguenti stati di partizione. A Slurm la partizione è una coda in entrata. AWS ParallelCluster
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UP: indica che la partizione è in uno stato attivo. Questo è lo stato predefinito di una partizione. In questo stato, tutti i nodi della partizione sono attivi e disponibili per l'uso. -
INACTIVE: indica che la partizione è nello stato inattivo. In questo stato, tutte le istanze che supportano i nodi di backup di una partizione inattiva vengono terminate. Non vengono avviate nuove istanze per i nodi in una partizione inattiva.
pcluster update-compute-fleet
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Arresto del parco di calcolo: quando viene eseguito il comando seguente, tutte le partizioni passano
INACTIVEallo stato e i AWS ParallelCluster processi mantengono le partizioni nello stato.INACTIVE$pcluster update-compute-fleet --cluster-nametestSlurm\ --regioneu-west-1--status STOP_REQUESTED -
Avvio del parco di calcolo: quando viene eseguito il comando seguente, tutte le partizioni passano inizialmente allo stato.
UPTuttavia, AWS ParallelCluster i processi non mantengono la partizione in uno stato.UPÈ necessario modificare manualmente lo stato delle partizioni. Tutti i nodi statici diventano disponibili dopo pochi minuti. Tieni presente che l'impostazione di una partizione suUPnon attiva alcuna capacità dinamica.$pcluster update-compute-fleet --cluster-nametestSlurm\ --regioneu-west-1--status START_REQUESTED
Quando update-compute-fleet viene eseguito, è possibile verificare lo stato del cluster eseguendo il pcluster describe-compute-fleet comando e controllando ilStatus. Di seguito sono elencati gli stati possibili:
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STOP_REQUESTED: La richiesta di stop compute fleet viene inviata al cluster. -
STOPPING: Ilpclusterprocesso sta attualmente interrompendo la flotta di elaborazione. -
STOPPED: Ilpclusterprocesso ha terminato il processo di arresto, tutte le partizioni sono inINACTIVEstato attivo e tutte le istanze di calcolo sono terminate. -
START_REQUESTED: La richiesta di avvio della flotta di calcolo viene inviata al cluster. -
STARTING: Ilpclusterprocesso sta attualmente avviando il cluster. -
RUNNING: Ilpclusterprocesso ha completato il processo di avvio, tutte le partizioni sono nelloUPstato attuale e i nodi statici sono disponibili dopo alcuni minuti. -
PROTECTED: Questo stato indica che alcune partizioni presentano errori di bootstrap consistenti. Le partizioni interessate sono inattive. Esamina il problema e poi corriupdate-compute-fleeta riattivare la flotta.
Controllo manuale delle code
In alcuni casi, potresti voler avere un certo controllo manuale sui nodi o sulla coda (noto come partizione in Slurm) in un cluster. È possibile gestire i nodi di un cluster tramite le seguenti procedure comuni utilizzando il scontrol comando.
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Accendi i nodi dinamici in
POWER_SAVINGstatoEsegui il comando come utente
suroot:$scontrol update nodename=nodenamestate=power_upPuoi anche inviare un
sleep 1lavoro segnaposto richiedendo un certo numero di nodi e poi fare affidamento su Slurm per potenziare il numero richiesto di nodi. -
Spegni prima i nodi dinamici ScaledownIdletime
Ti consigliamo di impostare i nodi dinamici
DOWNcome utentesuroot con il comando:$scontrol update nodename=nodenamestate=down reason="manually draining"AWS ParallelCluster termina e ripristina automaticamente i nodi dinamici disattivati.
In generale, non è consigliabile impostare i nodi in modo che utilizzino
POWER_DOWNdirettamente il comando.scontrol update nodename=Questo perché gestisce AWS ParallelCluster automaticamente il processo di spegnimento.nodenamestate=power_down -
Disabilita una coda (partizione) o ferma tutti i nodi statici in una partizione specifica
Imposta una coda specifica
INACTIVEcome utentesuroot con il comando:$scontrol update partition=queuenamestate=inactiveIn questo modo si interrompono tutte le istanze che eseguono il backup dei nodi nella partizione.
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Abilita una coda (partizione)
Imposta una coda specifica per
UPun utentesuroot con il comando:$scontrol update partition=queuenamestate=up
Comportamento e regolazioni di ridimensionamento
Ecco un esempio del normale flusso di lavoro di ridimensionamento:
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Lo scheduler riceve un lavoro che richiede due nodi.
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Lo scheduler trasferisce due nodi in uno
POWER_UPstato e chiamaResumeProgramcon i nomi dei nodi (ad esempio).queue1-dy-spotcompute1-[1-2] -
ResumeProgramavvia due EC2 istanze Amazon e assegna gli indirizzi IP e i nomi host privati diqueue1-dy-spotcompute1-[1-2], in attesaResumeTimeout(il periodo predefinito è di 30 minuti) prima di reimpostare i nodi. -
Le istanze vengono configurate e si uniscono al cluster. Un processo inizia a essere eseguito sulle istanze.
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Il processo viene completato e interrompe l'esecuzione.
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Al termine della configurazione
SuspendTime(che è impostata su ScaledownIdletime), lo scheduler imposta le istanze sullo stato.POWER_SAVINGLo scheduler imposta quindiPOWER_DOWNlo stato e chiamaqueue1-dy-spotcompute1-[1-2]SuspendProgramcon i nomi dei nodi. -
SuspendProgramviene chiamato per due nodi. I nodi rimangono nelloPOWER_DOWNstato, ad esempio, rimanendoidle%per aSuspendTimeout(il periodo predefinito è 120 secondi (2 minuti)). Dopo averclustermgtdrilevato che i nodi si stanno spegnendo, interrompe le istanze di backup. Quindi, passaqueue1-dy-spotcompute1-[1-2]allo stato di inattività e reimposta l'indirizzo IP privato e il nome host in modo che sia pronto per l'avvio per i lavori futuri.
Se qualcosa va storto e un'istanza per un particolare nodo non può essere avviata per qualche motivo, succede quanto segue:
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Lo scheduler riceve un lavoro che richiede due nodi.
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Lo scheduler trasferisce due nodi di cloud bursting
POWER_UPallo stato e chiamaResumeProgramcon i nomi dei nodi, (ad esempio).queue1-dy-spotcompute1-[1-2] -
ResumeProgramavvia solo una (1) EC2 istanza Amazon e configuraqueue1-dy-spotcompute1-1, con una (1) istanzaqueue1-dy-spotcompute1-2, che non riesce ad avviarsi. -
queue1-dy-spotcompute1-1non è interessato e torna online dopo aver raggiunto lo stato.POWER_UP -
queue1-dy-spotcompute1-2passa alloPOWER_DOWNstato e il lavoro viene richiesto automaticamente perché Slurm rileva un errore del nodo. -
queue1-dy-spotcompute1-2diventa disponibile dopoSuspendTimeout(l'impostazione predefinita è 120 secondi (2 minuti)). Nel frattempo, il processo viene richiesto e può iniziare a essere eseguito su un altro nodo. -
Il processo precedente si ripete finché il processo non può essere eseguito su un nodo disponibile senza che si verifichi un errore.
Esistono due parametri di temporizzazione che possono essere regolati se necessario:
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ResumeTimeout(l'impostazione predefinita è 30 minuti):ResumeTimeoutcontrolla l'ora Slurm attende prima di passare il nodo allo stato inattivo.-
Potrebbe essere utile estenderlo
ResumeTimeoutse il processo di pre/post installazione richiede quasi così tanto tempo. -
ResumeTimeoutè anche il tempo massimo di AWS ParallelCluster attesa prima di sostituire o resettare un nodo in caso di problemi. I nodi di calcolo si interrompono automaticamente se si verifica un errore durante l'avvio o la configurazione. AWS ParallelCluster i processi sostituiscono un nodo al rilevamento di un'istanza terminata.
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SuspendTimeout(l'impostazione predefinita è 120 secondi (2 minuti)):SuspendTimeoutcontrolla la velocità con cui i nodi vengono reinseriti nel sistema e sono nuovamente pronti per l'uso.-
Un valore più corto
SuspendTimeoutindica che i nodi vengono ripristinati più rapidamente e Slurm può provare ad avviare le istanze più frequentemente. -
Un valore più lungo
SuspendTimeoutsignifica che i nodi guasti vengono ripristinati più lentamente. Nel frattempo, Slurm tenta di usare altri nodi. SeSuspendTimeoutsono necessari più di qualche minuto, Slurm tenta di attraversare tutti i nodi del sistema. Una versione più lungaSuspendTimeoutpotrebbe essere utile per i sistemi su larga scala (oltre 1.000 nodi) per ridurre lo stress Slurm quando tenta di rimettere spesso in coda i lavori non riusciti. -
Nota che
SuspendTimeoutnon si riferisce al tempo di AWS ParallelCluster attesa per terminare un'istanza di backup per un nodo. Le istanze di backup perPOWER_DOWNi nodi vengono immediatamente terminate. Il processo di terminazione di solito termina in pochi minuti. Tuttavia, durante questo periodo, il nodo rimane nelloPOWER_DOWNstato e non è disponibile per l'uso da parte dello scheduler.
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Registri per l'architettura
L'elenco seguente contiene i log delle chiavi. Il nome del flusso di log utilizzato con Amazon CloudWatch Logs ha il formato {hostname}.{instance_id}.{logIdentifier}logIdentifier seguente i nomi di log.
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ResumeProgram:/var/log/parallelcluster/slurm_resume.log(slurm_resume) -
SuspendProgram:/var/log/parallelcluster/slurm_suspend.log(slurm_suspend) -
clustermgtd:/var/log/parallelcluster/clustermgtd.log(clustermgtd) -
computemgtd:/var/log/parallelcluster/computemgtd.log(computemgtd) -
slurmctld:/var/log/slurmctld.log(slurmctld) -
slurmd:/var/log/slurmd.log(slurmd)
Problemi comuni e modalità di debug:
Nodi che non sono riusciti ad avviarsi, accendersi o unirsi al cluster
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Nodi dinamici:
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Controlla il
ResumeProgramregistro per vedere seResumeProgramè stato chiamato con il nodo. In caso contrario, controlla ilslurmctldregistro per determinare se Slurm ho provato a chiamareResumeProgramcon il nodo. Tieni presente che autorizzazioni errateResumeProgrampotrebbero causare un errore silenzioso. -
Se
ResumeProgramviene chiamato, controlla se è stata lanciata un'istanza per il nodo. Se l'istanza non è stata avviata, dovrebbe apparire un messaggio di errore chiaro sul motivo per cui l'istanza non è stata avviata. -
Se è stata avviata un'istanza, potrebbe essersi verificato qualche problema durante il processo di bootstrap. Trova l'indirizzo IP privato e l'ID dell'istanza corrispondenti dal
ResumeProgramregistro e guarda i registri di bootstrap corrispondenti per l'istanza specifica in Logs. CloudWatch
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Nodi statici:
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Controlla il
clustermgtdregistro per vedere se sono state avviate istanze per il nodo. Se le istanze non sono state avviate, dovrebbero esserci errori evidenti sul motivo per cui le istanze non sono state avviate. -
Se è stata avviata un'istanza, c'è qualche problema con il processo di bootstrap. Trova l'IP privato e l'ID dell'istanza corrispondenti dal
clustermgtdregistro e guarda i registri di bootstrap corrispondenti per l'istanza specifica in Logs. CloudWatch
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Nodi sostituiti o terminati in modo imprevisto e guasti dei nodi
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Nodi sostituiti/terminati in modo imprevisto:
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Nella maggior parte dei casi,
clustermgtdgestisce tutte le azioni di manutenzione dei nodi. Per verificare se un nodo è statoclustermgtdsostituito o interrotto, controlla ilclustermgtdregistro. -
Se il nodo è stato
clustermgtdsostituito o terminato, dovrebbe apparire un messaggio che indica il motivo dell'azione. Se il motivo è legato allo scheduler (ad esempio, il nodo lo eraDOWN), controlla ilslurmctldregistro per maggiori dettagli. Se il motivo è EC2 correlato ad Amazon, utilizza strumenti come Amazon CloudWatch o la EC2 console Amazon, la CLI o SDKs, per controllare lo stato o i log di quell'istanza. Ad esempio, puoi verificare se l'istanza aveva eventi pianificati o se i controlli dello stato di EC2 salute di Amazon non sono andati a buon fine. -
Se
clustermgtdnon ha terminato il nodo, controlla se hacomputemgtdterminato il nodo o se ha EC2 terminato l'istanza per recuperare un'istanza Spot.
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Guasti del nodo:
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Nella maggior parte dei casi, i lavori vengono richiesti automaticamente in caso di errore di un nodo. Esamina nel
slurmctldregistro il motivo per cui un job o un nodo non è riuscito e valuta la situazione da lì.
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Guasto durante la sostituzione o la chiusura delle istanze, errore durante lo spegnimento dei nodi
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In generale,
clustermgtdgestisce tutte le azioni di terminazione previste dell'istanza. Guarda nelclustermgtdregistro per vedere perché non è riuscito a sostituire o terminare un nodo. -
Se i nodi dinamici non funzionano ScaledownIdletimecorrettamente, guarda nel
SuspendProgramregistro per vedere seslurmctldi processi hanno effettuato chiamate con il nodo specifico come argomento. Note in realtàSuspendProgramnon esegue alcuna azione specifica. Piuttosto, registra solo quando viene chiamato. Tutte le terminazioni e iNodeAddrripristini delle istanze vengono completati da.clustermgtdSlurm trasferisce i nodi a dopo.IDLESuspendTimeout
Altri problemi:
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AWS ParallelCluster non prende decisioni sull'allocazione del lavoro o sulla scalabilità. Tenta solo di avviare, terminare e mantenere le risorse in base a Slurmistruzioni.
Per problemi relativi all'allocazione dei lavori, all'allocazione dei nodi e alla decisione sulla scalabilità, consulta il
slurmctldregistro per individuare eventuali errori.