Le traduzioni sono generate tramite traduzione automatica. In caso di conflitto tra il contenuto di una traduzione e la versione originale in Inglese, quest'ultima prevarrà.
Flussi di lavoro Ready2Run disponibili in HealthOmics
La tabella seguente elenca i flussi di lavoro Ready2Run disponibili in. HealthOmics
È possibile accedere alla HealthOmicsconsole
Nota
Ogni flusso di lavoro Ready2Run ha una dimensione massima del file di input. Queste dimensioni massime di file non sono regolabili.
| Nome del flusso di lavoro | Publisher | È richiesto un abbonamento? | Dimensione massima del file di input (GiB) | Tempo di esecuzione stimato (HH:MM) |
|---|---|---|---|---|
| AlphaFold per 601-1200 residui | Google DeepMind | No | 1 | 11:15 |
| AlphaFold per un massimo di 600 residui | Google DeepMind | No | 1 | 7:30 |
| Bases2Fastq per 2x150 | Element Biosciences | No | 1000 | 1:45 |
| Bases2Fastq per 2x300 | Element Biosciences | No | 1000 | 1:30 |
| Bases2Fastq per 2x75 | Element Biosciences | No | 500 | 0:45 |
| ESMFold per un massimo di 800 residui | Metaricerche | No | 1 | 0:15 |
| GATK-BP fq2bam | Broad Institute | No | 64 | 10:10 |
| GATK-BP Germline bam2vcf per genoma 30x | Broad Institute | No | 39 | 2:45 |
| GATK-BP Germline fq2vcf per genoma 30x | Broad Institute | No | 64 | 12:30 |
| GATK-BP WES somatico bam2vcf | Broad Institute | No | 86 | 1:30 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS per un massimo di 30 volte | NVIDIA Corporation | No | 80 | 1:39 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS per un massimo di 50 volte | NVIDIA Corporation | No | 120 | 2:45 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS per un massimo di 5 volte | NVIDIA Corporation | No | 20 | 0:18 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS per un massimo di 30 volte | NVIDIA Corporation | No | 71 | 1:00 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS per un massimo di 50 volte | NVIDIA Corporation | No | 137 | 1:45 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS per un massimo di 5 volte | NVIDIA Corporation | No | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks DeepVariant Germline WGS per un massimo di 30 volte | NVIDIA Corporation | No | 71 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks DeepVariant Germline WGS per un massimo di 50 volte | NVIDIA Corporation | No | 137 | 3:30 |
| NVIDIA Parabricks DeepVariant Germline WGS per un massimo di 5 volte | NVIDIA Corporation | No | 12 | 0:30 |
| NVIDIA Parabricks HaplotypeCaller Germline WGS per un massimo di 30 volte | NVIDIA Corporation | No | 71 | 1:15 |
| NVIDIA Parabricks HaplotypeCaller Germline WGS per un massimo di 50X | NVIDIA Corporation | No | 137 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks HaplotypeCaller Germline WGS per un massimo di 5 volte | NVIDIA Corporation | No | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS per un massimo di 50 volte | NVIDIA Corporation | No | 196 | 0:45 |
| sc RNAseq con Kallisto BUStools | Nucleo NF | No | 119 | 1:30 |
| sc RNAseq con salmone Alevin-fry | Nucleo NF | No | 119 | 2:30 |
| sc RNAseq con STARsolo | NF-Core | No | 119 | 2:30 |
| Sentieon Germline BAM WES per un massimo di 300 volte | Sentieon, Inc. | Sì | 9 | 1:00 |
| Sentieon Germline BAM WGS per un massimo di 32x | Sentieon, Inc. | Sì | 18 | 13:30. |
| Sentieon Germline FASTQ WES per un massimo di 100 volte | Sentieon, Inc. | Sì | 5 | 0:45 |
| Sentieon Germline FASTQ WES per un massimo di 300 volte | Sentieon, Inc. | Sì | 26 | 2:00 |
| Sentieon Germline FASTQ WGS per un massimo di 32x | Sentieon, Inc. | Sì | 51 | 3:30 |
| Sentieon per ONT LongRead | Sentieon, Inc. | Sì | 25 | 13:30. |
| Sentieon LongRead per PacBio HiFi | Sentieon, Inc. | Sì | 58 | 4:00 |
| Sentieon Somatic WES | Sentieon, Inc. | Sì | 50 | 2:30 |
| SGS somatico Sentieron | Sentieon, Inc. | Sì | 113 | 4:30 |
| Ultima Genomics DeepVariant per un massimo di 40 volte | Ultima Genomica | No | 91 | 1:55 |
Quando si utilizza un flusso di lavoro Ready2Run, il flusso di lavoro è preconfigurato e non può essere modificato. A differenza dei flussi di lavoro privati, i flussi di lavoro Ready2Run non supportano quanto segue:
-
Aumento della dimensione massima del file di input
-
Modifica delle risorse di elaborazione o esecuzione dello storage
-
Modifica della definizione o dei contenitori del flusso di lavoro
-
Aggiungere esecuzioni a un gruppo di esecuzioni
-
Condivisione del flusso di lavoro
Se l'editore ha condiviso il flusso di lavoro Ready2Run su GitHub, puoi creare il tuo flusso di lavoro privato basato sul flusso di lavoro Ready2Run. La tabella seguente fornisce collegamenti ai flussi di lavoro per ogni editore. GitHub
| Publisher | Flussi di lavoro su GitHub |
|---|---|
| Google DeepMind, Meta Research | Flussi di lavoro per la ripiegatura |
| Element Biosciences | Per informazioni, contatta Element Biosciences |
| Broad Institute | Flussi di lavoro GATK |
| NVIDIA Corporation | Flussi di lavoro Parabricks |
| nf-core | Flussi di lavoro NF-Core |
| Sentiero | Flussi di lavoro Sentieon |
| Ultima Genomica | Flussi di lavoro di Ultima Genomics |
