Esegui nuovamente un run in HealthOmics - AWS HealthOmics
Esegui nuovamente un'esecuzione utilizzando la consoleEsegui nuovamente un'esecuzione utilizzando l'APIUtilizzo dello strumento Rerun

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Esegui nuovamente un run in HealthOmics

Per le esecuzioni che non hai ancora eliminato, usa la console o l'API per rieseguirle. Per le esecuzioni che hai eliminato, usa lo strumento. HealthOmics rerun

Esegui nuovamente un'esecuzione utilizzando la console

Dalla console, segui questi passaggi per eseguire nuovamente un'esecuzione:

  1. Apri la HealthOmics console.

  2. Se necessario, apri il pannello di navigazione a sinistra (≡). Scegli Runs.

  3. Nella pagina Esecuzioni, seleziona l'esecuzione da rieseguire.

  4. Dal menu delle azioni sopra la tabella, scegli Riesegui.

Esegui nuovamente un'esecuzione utilizzando l'API

Utilizza l'operazione StartRun API per rieseguire un'esecuzione esistente. Fornisci i seguenti input richiesti:

  • Un ruolo di servizio ARN ()roleArn.

  • L'ID della corsa da duplicare ()runId.

  • Una posizione Amazon S3 in cui l'esecuzione salva gli output di esecuzione (). outputUri

aws omics start-run 
     --run-id run id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --output-uri s3://workflow-output-b6f2fce1

Utilizzo dello strumento Rerun

Per un'esecuzione eliminata, è possibile scaricare e utilizzare HealthOmics rerun lo strumento per eseguire nuovamente l'esecuzione. Lo strumento recupera le informazioni sull'esecuzione dal manifesto Logs. CloudWatch Scaricate lo rerun strumento dal repository HealthOmics Tool GitHub .

L'esempio seguente mostra come utilizzare lo rerun strumento.

aws-healthomics-rerun 9876543

Se l'esecuzione esiste in CloudWatch, si riceve una risposta simile all'output di esempio seguente. Se il flusso di lavoro non esiste più, viene visualizzato un messaggio di errore.

Original request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "sample_rerun",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "new test",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun response:
{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9171779",
  "id": "9171779",
  "status": "PENDING",
  "tags": {}
}