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Ottieni informazioni sulla corsa - AWS HealthOmics
Visualizzare lo stato e i dettagli della corsaElenca tutte le esecuzioniElenca le attività in una corsaOttieni i dettagli delle attivitàEsegui i metadati in CloudWatch

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Ottieni informazioni sulla corsa

Dopo aver avviato un'esecuzione, puoi recuperarne lo stato, la configurazione e i dettagli a livello di attività utilizzando l'API. HealthOmics Questa pagina descrive come:

Visualizzare lo stato e i dettagli della corsa

Utilizza l'operazione GetRun API per controllare lo stato e recuperare i dettagli di un'esecuzione specifica. È necessario l'ID di esecuzione, che viene restituito all'avvio di un'esecuzione.

aws omics get-run --id run_id
Individuazione dell'ID di esecuzione

Puoi trovare l'ID di corsa nei seguenti modi:

  • Dalla risposta dell'StartRunAPI: il id campo viene restituito quando si avvia un'esecuzione.

  • Dalla HealthOmics console: nella pagina Esecuzioni, l'ID di esecuzione viene visualizzato nella prima colonna dell'elenco delle esecuzioni.

  • Dall'ListRunsAPI: elenca tutte le esecuzioni del tuo account con i relativi ID.

La risposta include lo stato dell'esecuzione, i dettagli del flusso di lavoro, le informazioni sull'acceleratore e i timestamp. I possibili stati di esecuzione sono:

Stato Description
PENDING La corsa è stata inviata ed è in attesa di iniziare.
STARTING HealthOmics sta fornendo risorse per l'esecuzione.
RUNNING L'esecuzione esegue attivamente le attività.
COMPLETED L'esecuzione è terminata con successo. I file di output sono disponibili nella posizione di output di Amazon S3.
FAILED Durante l'esecuzione si è verificato un errore. Per informazioni, consulta Motivi dell'errore di esecuzione.
CANCELLED L'esecuzione è stata annullata dall'utente.

Quando è in corso un'esecuzioneCOMPLETED, puoi trovare i file di output nel tuo bucket di output Amazon S3, in una cartella con il nome dell'ID di esecuzione.

Esempio di risposta

L'esempio seguente mostra la risposta per un'esecuzione completa di un flusso di lavoro WDL privato con un acceleratore GPU:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
    "id": "7830534",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "4074992",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "3.0.0",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "RunGroupMaxGpuTest",
    "runGroupId": "9938959",
    "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a...",
    "accelerators": "GPU",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/role_name",
    "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

Campi chiave della risposta

Campo Description
uuid Identificatore universalmente univoco per la corsa. InoltreoutputUri, può essere utilizzato per tracciare dove vengono scritti i dati di output.
status Stato di esecuzione attuale (vedere la tabella precedente).
workflowType Se il flusso di lavoro è PRIVATE oREADY2RUN.
accelerators Tipo di acceleratore utilizzato (ad esempio,GPU), se applicabile.
digest SHA-256 riassunto della definizione del flusso di lavoro.
creationTime Quando è stata inviata la corsa.
startTime Quando è iniziata l'esecuzione della corsa.
stopTime Quando la corsa è terminata o è stata annullata.
engineSettings Impostazioni del motore applicate alla corsa. Questo campo viene restituito solo per i flussi di lavoro Nextflow. Se si specificano le impostazioni del motore per i flussi di lavoro WDL o CWL, queste vengono ignorate silenziosamente e questo campo non è presente nella risposta. GetRun Per informazioni, consulta Specificare le impostazioni del motore Nextflow.

Esempio di risposta per un'esecuzione di Nextflow con le impostazioni del motore

Per le esecuzioni di Nextflow avviate con le impostazioni del motore, la GetRun risposta include una engineSettings mappa che riflette i valori applicati all'esecuzione. L'esempio seguente mostra un'esecuzione avviata con una versione del motore bloccata e due profili.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9876543",
    "id": "9876543",
    "uuid": "1a2b3c4d-5e6f-7a8b-9c0d-1e2f3a4b5c6d",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "1122334",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "1.2.1",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "nextflow-rnaseq-run",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "engineSettings": {
        "engineVersion": "26.04",
        "profile": "test,docker"
    },
    "creationTime": "2024-09-10T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2024-09-10T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2024-09-10T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

Il engineSettings campo viene restituito solo per i flussi di lavoro Nextflow. Per i flussi di lavoro WDL e CWL, questo campo non è presente nella risposta. Per ulteriori informazioni, consulta Specificare le impostazioni del motore Nextflow.

Elenca tutte le esecuzioni

Usa l'operazione ListRuns API per vedere tutte le esecuzioni nel tuo account:

aws omics list-runs

La risposta restituisce un elenco impaginato di esecuzioni con informazioni di riepilogo tra cui ID di esecuzione, nome, stato e timestamp. Utilizzate il --starting-token parametro per recuperare pagine aggiuntive.

Elenca le attività in una corsa

Utilizza l'operazione ListRunTasks API per visualizzare tutte le attività completate in un'esecuzione specifica:

aws omics list-run-tasks --id run_id

La risposta restituisce un elenco di attività con il relativo stato, l'allocazione delle risorse e le informazioni sulla tempistica.

Ottieni i dettagli delle attività

Utilizza l'operazione GetRunTask API per ottenere informazioni dettagliate su un'attività specifica all'interno di un'esecuzione:

aws omics get-run-task --id run_id --task-id task_id

La risposta include dettagli a livello di attività come CPU, allocazione della memoria, immagine del contenitore e stato dell'attività.

Esegui i metadati in CloudWatch

Al termine di un'esecuzione, HealthOmics invia i metadati di esecuzione ai CloudWatch registri sotto lo stream:

manifest/run/run_id/run_uuid

Il manifesto include la configurazione completa dell'esecuzione, i parametri di input, i riassunti delle risorse e i dettagli a livello di attività. Di seguito è riportato un esempio del manifesto:

[
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
    "resourceDigests": {
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
      "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
      "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
    },
    "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
    "engine": "WDL",
    "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
    "name": "1044-gvcfs",
    "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
    "parameters": {
      "callset_name": "cohort",
      "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
      "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
      "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
      "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
      "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "storageCapacity": 9600,
    "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
    "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
    "workflowType": "PRIVATE"
  },
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
    "cpus": 16,
    "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
    "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
    "memory": 32,
    "name": "geno-123",
    "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "status": "SUCCESS",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
  },
  ...
]

Per ulteriori informazioni sui log disponibili in CloudWatch for HealthOmics run, vedereMonitoraggio HealthOmics con CloudWatch registri.

Nota

I metadati di esecuzione non vengono eliminati dai CloudWatch registri anche quando si rimuove l'esecuzione da. HealthOmics Puoi utilizzarli CloudWatch per accedere ai metadati per le esecuzioni che non sono più disponibili tramite l'API. HealthOmics