Creazione di HealthOmics archivi di annotazioni - AWS HealthOmics
Creazione di un archivio di annotazioni utilizzando la consoleCreazione di un archivio di annotazioni utilizzando l'API

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Creazione di HealthOmics archivi di annotazioni

Importante

AWS HealthOmics i negozi di varianti e i negozi di annotazioni non sono più aperti a nuovi clienti. I clienti esistenti possono continuare a utilizzare il servizio normalmente. Per ulteriori informazioni, consulta AWS HealthOmics modifica della disponibilità dell'archivio delle varianti e dell'archivio delle annotazioni.

Un archivio di annotazioni è un archivio dati che rappresenta un database di annotazioni, ad esempio uno proveniente da un file TSV, VCF o GFF. Se viene specificato lo stesso genoma di riferimento, gli archivi di annotazioni vengono mappati sullo stesso sistema di coordinate degli archivi di varianti durante l'importazione. I seguenti argomenti mostrano come utilizzare la HealthOmics console e creare e AWS CLI gestire archivi di annotazioni.

Creazione di un archivio di annotazioni utilizzando la console

Utilizzare la procedura seguente per creare archivi di annotazioni con la HealthOmics console.

Per creare un archivio di annotazioni

  1. Apri la HealthOmics console.

  2. Se necessario, apri il riquadro di navigazione a sinistra (≡). Scegliete Annotation stores.

  3. Nella pagina Archivi di annotazioni, scegli Crea archivio di annotazioni.

  4. Nella pagina Crea archivio di annotazioni, fornisci le seguenti informazioni

    • Nome dell'archivio di annotazioni: un nome univoco per questo negozio.

    • Descrizione (opzionale): una descrizione di questo genoma di riferimento.

    • Dettagli sul formato dei dati e sullo schema: seleziona il formato del file di dati e carica la definizione dello schema per questo archivio.

    • Genoma di riferimento: il genoma di riferimento per questa annotazione.

    • Crittografia dei dati: scegli se desideri che la crittografia dei dati sia di proprietà e gestita da te AWS o da solo.

    • Tag (opzionale): fornisci fino a 50 tag per questo archivio di annotazioni.

  5. Scegli Crea archivio di annotazioni.

Creazione di un archivio di annotazioni utilizzando l'API

L'esempio seguente mostra come creare un archivio di annotazioni utilizzando. AWS CLI Per tutte le operazioni AWS CLI e le API, è necessario specificare il formato dei dati. 

aws omics create-annotation-store --name my_annotation_store \
           --store-format GFF \
           --reference referenceArn="arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           --version-name new_version

Riceverai la seguente risposta per confermare la creazione del tuo archivio di annotazioni.

{
           "creationTime": "2022-08-24T20:34:19.229500Z",
           "id": "3b93cdef69d2",
           "name": "my_annotation_store",
           "reference": {
               "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           },
           "status": "CREATING"
           "versionName": "my_version"
       }

Per saperne di più su un archivio di annotazioni, utilizza l'get-annotation-storeAPI.

aws omics get-annotation-store --name my_annotation_store

Riceverai la seguente risposta.

{
          "id": "eeb019ac79c2",
          "reference": {
              "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330“
          },
          "status": "ACTIVE",
          "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/gffstore",
          "name": "my_annotation_store",
          "creationTime": "2022-11-05T00:05:19.136131+00:00",
          "updateTime": "2022-11-05T00:10:36.944839+00:00",
          "tags": {},
          "storeFormat": "GFF",
          "statusMessage": "",
          "storeSizeBytes": 0,
          "numVersions": 1
      }

Per visualizzare tutti gli archivi di annotazioni associati a un account, utilizza l'operazione list-annotation-storesAPI.

aws omics list-annotation-stores

Riceverai una risposta che elenca tutti gli archivi di annotazioni IDs, insieme ai relativi stati e ad altri dettagli, come mostrato nella risposta di esempio seguente.

{
           "annotationStores": [
               {
                  "id": "4d8f3eada259",
                   "reference":
                       "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330"
                   },
                   "status": "CREATING",
                   "name": "gffstore",
                   "creationTime": "2022-09-27T17:30:52.182990+00:00",
                   "updateTime": "2022-09-27T17:30:53.025362+00:00"
               }
           ]
       }

È inoltre possibile filtrare le risposte in base allo stato o ad altri criteri.