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# Riferimento ai file del genoma da una definizione di workflow
<a name="create-ref-files"></a>

È possibile HealthOmics fare riferimento a un oggetto dell'archivio di riferimento con un URI come il seguente. Usa il tuo `{{account ID}}` `{{reference store ID}}` e `{{reference ID}}` dove indicato.

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}            
```

Alcuni flussi di lavoro richiederanno sia `SOURCE` i `INDEX` file che per il genoma di riferimento. L'URI precedente è il formato abbreviato predefinito e per impostazione predefinita sarà il file SOURCE. Per specificare uno dei due file, è possibile utilizzare il formato URI lungo, come segue.

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/source
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/index
```

L'utilizzo di un set di lettura della sequenza avrebbe uno schema simile, come mostrato.

```
aws omics create-workflow \
     --name {{workflow name}} \
     --main {{sample workflow.wdl}} \
     --definition-uri omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{sequence_store_id}}/readSet/{{id}} \
     --parameter-template {{file://parameters_sample_description.json}}
```

Alcuni set di lettura, come quelli basati su FASTQ, possono contenere letture accoppiate. Negli esempi seguenti, vengono denominati e. SOURCE1 SOURCE2 I formati come BAM e CRAM avranno solo un SOURCE1 file. Alcuni set di lettura conterranno file INDEX come i file `bai` or`crai`. L'URI precedente è il formato abbreviato predefinito e per impostazione predefinita sarà il SOURCE1 file. Per specificare il file o l'indice esatto, è possibile utilizzare il formato URI lungo, come segue.

```
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index
```

Di seguito è riportato un esempio di file JSON di input che utilizza due Omics Storage. URIs

```
{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}
```

**Fai riferimento al file JSON di input in AWS CLI aggiungendolo `--inputs file://<input_file.json>` alla tua richiesta start-run.**