Avvio dei flussi di HealthOmics lavoro Ready2Run utilizzando l'API

La maggior parte delle operazioni API si comporta in modo simile per i flussi di lavoro Ready2Run e per i flussi di lavoro privati.

Per restituire un elenco di flussi di lavoro Ready2Run disponibili, utilizza list-workflows con il parametro impostato su RUN. type READY2

aws omics list-workflows --type READY2RUN                            

Dopo aver identificato il flusso di lavoro da eseguire dalla risposta list-workflows, puoi utilizzare get-workflow con il parametro per ottenere maggiori dettagli. --id

aws omics get-workflow --type READY2RUN --id workflow id    

Per eseguire un flusso di lavoro Ready2Run, è possibile utilizzare l'operazione API start-run con il parametro workflow-type impostato su, come illustrato nell'esempio seguente READY2RUN

aws-omics start-run \
  --workflow-type READY2RUN \
  --workflow-id workflow id \
  --output-uri &example-s3-bucket; \
  --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
  --parameters file:///path/to/parameters.json

Per specificare una versione del flusso di lavoro, utilizzate il parametro workflow-version, come illustrato in questo esempio.

aws-omics start-run \
  --workflow-type READY2RUN \ 
  ...
  --version-name '3.0.0'

Per monitorare l'esecuzione, è possibile utilizzare l'operazione API get-run, come illustrato.

aws-omics get-run \
  --id run id