Importazione di dati FHIR con AWS HealthLake - AWS HealthLake

Le traduzioni sono generate tramite traduzione automatica. In caso di conflitto tra il contenuto di una traduzione e la versione originale in Inglese, quest'ultima prevarrà.

Importazione di dati FHIR con AWS HealthLake

Dopo aver creato un HealthLake data store, il passaggio successivo consiste nell'importare i file da un bucket Amazon Simple Storage Service (S3). Puoi avviare un processo di importazione FHIR utilizzando AWS Management Console, AWS CLI o. AWS SDKs AWS HealthLake Utilizzate le azioni native per avviare, descrivere ed elencare i lavori di importazione FHIR.

Importante

HealthLake supporta la specifica FHIR R4 per lo scambio di dati sanitari. Se necessario, puoi collaborare con un AWS HealthLake partner per convertire i tuoi dati sanitari in formato FHIR R4 prima dell'importazione.

Quando avvii un processo di importazione FHIR, specifichi una posizione di input del bucket Amazon S3, una posizione di output del bucket Amazon S3 (per i risultati di elaborazione del lavoro), un ruolo IAM che concede HealthLake l'accesso ai bucket Amazon S3 e una chiave di proprietà o di proprietà del cliente. AWS AWS Key Management Service Per ulteriori informazioni, consulta Impostazione delle autorizzazioni per i lavori di importazione.

Nota

Puoi mettere in coda i lavori di importazione. I lavori di importazione asincroni vengono elaborati in modo FIFO (First In First Out). È possibile mettere in coda i lavori nello stesso modo in cui si avviano i lavori di importazione. Se ne è in corso uno, si metterà semplicemente in coda. È possibile creare, leggere, aggiornare o eliminare risorse FHIR mentre è in corso un processo di importazione.

HealthLake genera un manifest.json file per ogni processo di importazione FHIR. Il file descrive sia i successi che gli errori di un processo di importazione FHIR. HealthLake invia il manifest.json file nel bucket Amazon S3 specificato all'avvio di un processo di importazione FHIR. I file di registro sono organizzati in due cartelle, denominate e. SUCCESS FAILURE Utilizzate il manifest.json file come primo passo per la risoluzione dei problemi relativi a un processo di importazione non riuscito, in quanto fornisce dettagli su ogni file.

{
    "inputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-source-bucket/healthlake-input/invalidInput/"
    },
    "outputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/",
        "encryptionKeyID": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/fbbbfee3-20b3-42a5-a99d-c48c655ed545"
    },
    "successOutput": {
        "successOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/SUCCESS/"
    },
    "failureOutput": {
        "failureOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/FAILURE/"
    },
    "numberOfScannedFiles": 1,
    "numberOfFilesImported": 1,
    "sizeOfScannedFilesInMB": 0.023627,
    "sizeOfDataImportedSuccessfullyInMB": 0.011232,
    "numberOfResourcesScanned": 9,
    "numberOfResourcesImportedSuccessfully": 4,
    "numberOfResourcesWithCustomerError": 5,
    "numberOfResourcesWithServerError": 0
}
Configurazione del livello di convalida per le importazioni

Quando si avvia un processo di importazione FHIR, è possibile facoltativamente specificare un ValidationLevel da applicare a ciascuna risorsa. AWS HealthLake attualmente supporta i seguenti livelli di convalida:

  • strict: Le risorse vengono convalidate in base all'elemento del profilo della risorsa o alla specifica R4 se non è presente alcun profilo. Questo è il livello di convalida predefinito per. AWS HealthLake

  • structure-only: Le risorse vengono convalidate rispetto a R4, ignorando i profili di riferimento.

  • minimal: Le risorse vengono convalidate minimamente, ignorando alcune regole R4. Le risorse che non superano i controlli di struttura richiesti search/analytics verranno aggiornate per includere un avviso per l'audit.

Quando si importa utilizzando il livello di minimal convalida, è possibile generare file di registro aggiuntivi in una cartella denominata. SUCCESS_WITH_SEARCH_VALIDATION_FAILURES Le risorse all'interno dei file di registro di questa cartella sono state inserite nel datastore nonostante i controlli di convalida relativi alla ricerca non abbiano avuto esito positivo. Ciò implica che alcuni aspetti della risorsa FHIR non erano validi secondo FHIR e che i campi con formato errato potrebbero non essere ricercabili. A queste risorse verrà extension aggiunta una descrizione di tale errore.

Argomenti