HealthLake richieste di esempio di PNL integrate - AWS HealthLake

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HealthLake richieste di esempio di PNL integrate

Esempio 1: Patient record inserito in un HealthLake archivio dati

Di seguito è riportato un esempio di nota clinica basata su un Patient incontro con un operatore sanitario.

Dati sintetici

Il testo dell'esempio seguente è un contenuto sintetico e non contiene informazioni sanitarie protette (PHI).

1991-08-31

# Chief Complaint
- Headache
- Sinus Pain
- Nasal Congestion
- Sore Throat
- Pain with Bright Lights
- Nasal Discharge
- Cough

# History of Present Illness
Jerónimo599 is a 4 month-old non-hispanic white male.

# Social History
Patient has never smoked.

Patient comes from a middle socioeconomic background.

Patient currently has Aetna.

# Allergies
No Known Allergies.

# Medications
No Active Medications.

# Assessment and Plan
Patient is presenting with bee venom (substance), mold (organism), house dust mite (organism), animal dander (substance), grass pollen (substance), tree pollen (substance), lisinopril, sulfamethoxazole / trimethoprim, fish (substance). 

## Plan

The patient was prescribed the following medications:
- astemizole 10 mg oral tablet
- nda020800 0.3 ml epinephrine 1 mg/ml auto-injector
The patient was placed on a careplan:
- self-care interventions (procedure)

Come promemoria, queste informazioni sono codificate in formato base64 nella risorsa. DocumentReference Quando questo documento viene inserito HealthLake e le operazioni dell'API Amazon Comprehend Medical sono complete, per vedere i risultati, puoi iniziare con GET la richiesta sul DocumentReference tipo di risorsa.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference

Quando le operazioni dell'API Amazon Comprehend Medical hanno esito positivo, cerca queste coppie chiave-valore all'interno extension del link seguente "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/"

{
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/status/",
		"valueString": "SUCCESS"
	},
	{
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/message/",
		"valueString": "The AWS HealthLake integrated medical NLP operation was successful."
	}

Le seguenti schede mostrano come la cartella clinica ingerita viene riportata nel tuo archivio HealthLake dati in base al tipo di risorsa.

DocumentReference

Per visualizzare i risultati per un singolo tipo di DocumentReference risorsa, effettua una GET richiesta in cui viene fornita id una risorsa specifica.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed

In caso di successo, si ottiene un codice di risposta 200 HTTP e la seguente risposta JSON (che è stata troncata per maggiore chiarezza).

Ecco la parte. http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/ Puoi vedere che ne Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a è stata aggiunta una nuova. Puoi anche vedere dove sono HealthLake stati aggiunti risultati basati sull'inferenza a tipi di Condition risorse specificiObservation.

Per vedere come sono stati modificati questi tipi di risorse, scegli le schede correlate.

{
		"extension": [
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
				"valueReference": {
					"reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
				"valueReference": {
					"reference": "Condition/0854e1f3-894d-448e-a8d9-3af5b9902baf"
				}
			}
		],
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"
	}
Linkage

Per visualizzare i risultati per un singolo tipo di Linkage risorsa, effettua una GET richiesta in cui ID viene fornita una risorsa specifica. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

In caso di successo, si ottiene un codice di risposta 200 HTTP e la seguente risposta JSON troncata.

La risposta contiene l'elemento. item In essa, la coppia chiave-valore "type": "source" indica la DocumentReference voce specifica utilizzata per modificare la coppia chiave-valore Condition ed è Observations elencata sotto la coppia "type": "alternate" chiave-valore.

Sono inoltre visibili l'metaelemento e la corrispondente coppia chiave-valore, che indica che queste risorse sono state "tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}] create da. HealthLake

{
		"resourceType": "Linkage",
		"id": "e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a",
		"active": true,
		"item":
		[
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5",
					"type": "Observation"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "Condition/9d5c1ef6-f822-4faf-b55f-7c70f2a4aa8d",
					"type": "Condition"
				}
			},
			{
				"type": "source",
				"resource": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed",
					"type": "DocumentReference"
				}
			}
		],
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:31.327Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		}
	}
Resource type: Observation

Per visualizzare i risultati per un singolo tipo di Observation risorsa, effettua una GET richiesta in cui viene ID fornita una risorsa specifica. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Observation/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

I risultati delle operazioni dell'API Amazon Comprehend Medical vengono modificati in base ai seguenti elementicode:meta,, modifierExtension e.

code

Un elemento di tipoCodeableConcept. Per ulteriori informazioni, consultate la CodeableConceptdocumentazione di FHIR R4.

HealthLake aggiunge le seguenti tre coppie chiave-valore.

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": dove l'URL si riferisce a una specifica operazione dell'API Amazon Comprehend Medical. In questo caso, Infer 0CM. ICD1

  • "code": "A52.06": A52.06 Dov'è il codice ICD-10-CM che identifica il concetto trovato nella knowledge base dei Centers for Disease Control.

  • "display": "Other syphilitic heart involvement": "Other syphilitic heart involvement" Dov'è la descrizione estesa del codice ICD-10-CM nell'ontologia.

La seguente risposta JSON troncata contiene solo l'elemento. code

"code": {
		"coding":
		[
		  {
			"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
			"code": "A52.06",
			"display": "Other syphilitic heart involvement"
		  }
		],
		"text": "Other syphilitic heart involvement"
	}

Per capire se il modello ritiene che il codice ICD-10-CM assegnato sia corretto, utilizzate l'elemento. modifierExtension

meta

L'metaelemento contiene metadati che indicano se l'codeelemento contiene dettagli che sono stati aggiunti dalle operazioni dell'API Amazon Comprehend Medical.

La seguente risposta JSON troncata contiene solo l'elemento. meta

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z",
		"tag": [{
			"display": "SYSTEM_GENERATED"
		}]
	}
modifierExtension

L'modifierExtensionelemento contiene ulteriori dettagli sul livello di confidenza dei codici assegnati presenti nell'elemento. code Dispone inoltre di coppie chiave-valore che forniscono un collegamento all'originale DocumentReference utilizzato per generare i risultati e al tipo di risorsa Linkage correlato.

Per ogni coding elemento aggiunto, vedrai un entity-score e un entity-Concept-Score aggiunto a ModifierExtension. Per ogni valore nella coppia chiave-valore, viene visualizzato un punteggio. Infattientity-score, questo punteggio è il livello di fiducia che Amazon Comprehend Medical ha nell'accuratezza del rilevamento. Infattientity-Concept-Score, questo punteggio è il livello di fiducia di Amazon Comprehend Medical nel fatto che l'entità sia accuratamente collegata a un concetto ICD-10-CM.

La seguente risposta JSON troncata contiene solo l'elemento. modifierExtension

"modifierExtension": [{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
			"valueDecimal": 0.45005733
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
			"valueDecimal": 0.1111792
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
			"valueReference": {
				"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
			}
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
			"valueReference": {
				"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
			}
		}
	]

Risposta JSON completa

{
		"subject": {
			"reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b"
		},
		"resourceType": "Observation",
		"status": "unknown",
		"code": {
			"coding": [{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
				"code": "A52.06",
				"display": "Other syphilitic heart involvement"
			}],
			"text": "Other syphilitic heart involvement"
		},
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		},
		"modifierExtension": [{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
				"valueDecimal": 0.45005733
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
				"valueDecimal": 0.1111792
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
				}
			}
		],
		"id": "7e88c7c5-21a5-4dd7-8fc2-a02474fba583"
	}
Condition

Per visualizzare i risultati per un singolo tipo di Condition risorsa, effettua una GET richiesta in cui viene fornito il contenuto ID di una risorsa specifica. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Condition/b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd

I risultati delle operazioni dell'API Amazon Comprehend Medical vengono modificati in base ai seguenti elementicode:meta,, modifierExtension e.

code

Un elemento di tipoCodeableConcept. Per ulteriori informazioni, consultate la CodeableConceptdocumentazione di FHIR R4.

HealthLake aggiunge le seguenti tre coppie chiave-valore.

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": dove l'URL si riferisce a una specifica operazione dell'API Amazon Comprehend Medical. In questo caso, Infer 0CM. ICD1

  • "code": "I70.0": A52.06 Dov'è il codice ICD-10-CM che identifica il concetto trovato nella knowledge base dei Centers for Disease Control.

  • "display": "Atherosclerosis of aorta": "Other syphilitic heart involvement" Dov'è la descrizione estesa del codice ICD-10-CM nell'ontologia.

La seguente risposta JSON troncata contiene solo l'elemento. code

"code": {
		"coding":
		[
		  {
			"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
			"code": "I70.0",
			"display": "Atherosclerosis of aorta"
		  }
		],
		"text": "Atherosclerosis of aorta"
	}

Per capire se il modello ritiene che il codice ICD-10-CM assegnato sia corretto, utilizzate l'elemento. modifierExtension

meta

L'metaelemento contiene metadati che indicano se l'codeelemento contiene dettagli che sono stati aggiunti dalle operazioni dell'API Amazon Comprehend Medical.

La seguente risposta JSON troncata contiene solo l'elemento. meta

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z",
		"tag": [{
			"display": "SYSTEM_GENERATED"
		}]
	}
modifierExtension

L'modifierExtensionelemento contiene ulteriori dettagli sul livello di confidenza dei codici assegnati presenti nell'elemento. code Dispone inoltre di coppie chiave-valore che forniscono un collegamento all'originale DocumentReference utilizzato per generare i risultati e al tipo di risorsa Linkage correlato.

Per ogni coding elemento aggiunto, vedrai un entity-score e un entity-Concept-Score aggiunto a ModifierExtension. Per ogni valore nella coppia chiave-valore, viene visualizzato un punteggio. Infattientity-score, questo punteggio è il livello di fiducia che Amazon Comprehend Medical ha nell'accuratezza del rilevamento. Infattientity-Concept-Score, questo punteggio è il livello di fiducia di Amazon Comprehend Medical nel fatto che l'entità sia accuratamente collegata a un concetto ICD-10-CM.

La seguente risposta JSON troncata contiene solo l'elemento. modifierExtension

"modifierExtension": [{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
			"valueDecimal": 0.94417894
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
			"valueDecimal": 0.8458298
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
			"valueReference": {
				"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
			}
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
			"valueReference": {
				"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
			}
		}
	]

Risposta JSON completa

{
		"subject": {
			"reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b"
		},
		"resourceType": "Condition",
		"code": {
			"coding": [{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
				"code": "I70.0",
				"display": "Atherosclerosis of aorta"
			}],
			"text": "Atherosclerosis of aorta"
		},
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		},
		"modifierExtension": [{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
				"valueDecimal": 0.94417894
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
				"valueDecimal": 0.8458298
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
				}
			}
		],
		"id": "b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd"
	}

Esempio 2: A DocumentReference che contiene un tipo di MedicationStatement risorsa

Ecco un esempio di nota clinica basata sull'incontro di un paziente con un medico.

Dati sintetici

Il testo in questo esempio è un contenuto sintetico e non contiene informazioni sanitarie protette (PHI).

Tom is not prescribed Advil

Le schede seguenti mostrano come la cartella clinica ingerita viene riportata nell'archivio HealthLake dati in base al tipo di risorsa.

DocumentReference

Per visualizzare i risultati per un singolo tipo di DocumentReference risorsa, effettua una GET richiesta in cui viene fornita ID una risorsa specifica. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c

In caso di successo, si ottiene un codice di risposta 200 HTTP e la seguente risposta JSON troncata.

La coppia chiave-valore indica che "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/" i tipi di risorse al suo interno extension sono stati aggiunti dalle operazioni dell'API Amazon Comprehend Medical. Puoi vedere il nuovo tipo di Linkage risorsa e più risorse. MedicationStatement

"extension": [{
			"extension": [{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage",
					"valueReference": {
						"reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b"
					}
				}
			],
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"
		}
Linkage

Per visualizzare i risultati per un singolo tipo di Linkage risorsa, effettua una GET richiesta in cui viene fornita una risorsa specifica. ID 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7

In caso di successo, si ottiene un codice di risposta 200 HTTP e la seguente risposta JSON.

La risposta contiene l'itemelemento. In essa, la coppia chiave-valore "type": "source" indica la DocumentReference voce specifica utilizzata per modificare i tipi di MedicationStatement risorse.

È inoltre possibile visualizzare l'metaelemento e la corrispondente coppia chiave-valore"tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}], a indicare che queste risorse sono state create da. HealthLake

{
		"resourceType": "Linkage",
		"id": "394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7",
		"active": true,
		"item": [{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "source",
				"resource": {
					"reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c",
					"type": "DocumentReference"
				}
			}
		],
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-24T20:05:03.501Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		}
	}
MedicationStatement

Per visualizzare i risultati per un singolo tipo di MedicationStatement risorsa, effettua una GET richiesta in cui viene ID fornita una risorsa specifica. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7

Il tipo di MedicationStatement risorsa è dove si trovano i risultati dell'operazione dell'API Amazon Comprehend InferRxNorm Medical. I risultati vengono modificati in base ai seguenti elementi: medicationCodeableConceptmeta, emodifierExtension.

medicationCodeableConcept

Un elemento di tipoCodeableConcept. Per ulteriori informazioni, consultate la CodeableConceptdocumentazione di FHIR R4.

HealthLake aggiunge le seguenti tre coppie chiave-valore.

  • "system": ""http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/: dove l'URL si riferisce a una specifica operazione dell'API Amazon Comprehend Medical. In questo caso, InferRxNorm.

  • "code": "731533": 731533 Dov'è un ID RxNorm concettuale, noto anche come RxCUI.

  • "display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]": ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil] Dov'è la descrizione del RxNorm concetto.

La seguente risposta JSON troncata contiene solo l'elemento. MedicationStatement

"medicationCodeableConcept": {
		"coding": [
			{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/",
				"code": "731533",
				"display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]"
			}
		]
	}
meta

L'metaelemento contiene metadati che indicano se l'codeelemento contiene dettagli che sono stati aggiunti dalle operazioni dell'API Amazon Comprehend Medical.

La seguente risposta JSON troncata contiene solo l'elemento. meta

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-24T20:05:02.800Z",
		"tag": [
			{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}
		]
	}
modifierExtension

L'modifierExtensionelemento contiene coppie chiave-valore che forniscono un collegamento all'originale DocumentReference utilizzato per generare i risultati e al tipo di risorsa Linkage correlato.

"modifierExtension": [
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c"
				}
			}
	]