Ottenere i metadati del set di immagini - AWS HealthImaging

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Ottenere i metadati del set di immagini

Usa l'GetImageSetMetadataazione per recuperare i metadati per un determinato set di immagini. HealthImaging I seguenti menu forniscono una procedura e alcuni esempi di codice per Console di gestione AWS and. AWS CLI AWS SDKs Per ulteriori informazioni, GetImageSetMetadataconsulta AWS HealthImaging API Reference.

Nota

Per impostazione predefinita, HealthImaging restituisce gli attributi dei metadati per la versione più recente di un set di immagini. Per visualizzare i metadati per una versione precedente di un set di immagini, fornisci la tua versionId richiesta.

I metadati del set di immagini vengono compressi gzip e restituiti come oggetto JSON. Pertanto, è necessario decomprimere l'oggetto JSON prima di visualizzare i metadati normalizzati. Per ulteriori informazioni, consulta Normalizzazione dei metadati.

Se i metadati di un set di immagini di grandi dimensioni vengono ancora elaborati dopo l'importazione, è possibile che venga restituito un 409. ConflictException Riprova la richiesta dopo alcuni secondi una volta completata l'elaborazione.

UtilizzaGetDICOMInstanceMetadata, HealthImaging come rappresentazione di un DICOMweb servizio, per restituire i metadati (file) dell'istanza DICOM. .json Per ulteriori informazioni, consulta Ottenere i metadati dell'istanza DICOM da HealthImaging.

Per ottenere i metadati del set di immagini

Scegli un menu in base alle tue preferenze di accesso ad AWS HealthImaging.

  1. Apri la pagina degli archivi dati della HealthImaging console.

  2. Scegli un archivio dati.

    Si apre la pagina dei dettagli del Data Store e la scheda Set di immagini è selezionata per impostazione predefinita.

  3. Scegliete un set di immagini.

    Viene visualizzata la pagina dei dettagli del set di immagini e i metadati del set di immagini vengono visualizzati nella sezione Visualizzatore di metadati del set di immagini.

C++
SDK per C++

Funzione di utilità per ottenere i metadati del set di immagini.

//! Routine which gets a HealthImaging image set's metadata.
/*!
  \param dataStoreID: The HealthImaging data store ID.
  \param imageSetID: The HealthImaging image set ID.
  \param versionID: The HealthImaging image set version ID, ignored if empty.
  \param outputFilePath: The path where the metadata will be stored as gzipped json.
  \param clientConfig: Aws client configuration.
  \\return bool: Function succeeded.
*/
bool AwsDoc::Medical_Imaging::getImageSetMetadata(const Aws::String &dataStoreID,
                                                  const Aws::String &imageSetID,
                                                  const Aws::String &versionID,
                                                  const Aws::String &outputFilePath,
                                                  const Aws::Client::ClientConfiguration &clientConfig) {
    Aws::MedicalImaging::Model::GetImageSetMetadataRequest request;
    request.SetDatastoreId(dataStoreID);
    request.SetImageSetId(imageSetID);
    if (!versionID.empty()) {
        request.SetVersionId(versionID);
    }
    Aws::MedicalImaging::MedicalImagingClient client(clientConfig);
    Aws::MedicalImaging::Model::GetImageSetMetadataOutcome outcome = client.GetImageSetMetadata(
            request);
    if (outcome.IsSuccess()) {
        std::ofstream file(outputFilePath, std::ios::binary);
        auto &metadata = outcome.GetResult().GetImageSetMetadataBlob();
        file << metadata.rdbuf();
    }
    else {
        std::cerr << "Failed to get image set metadata: "
                  << outcome.GetError().GetMessage() << std::endl;
    }

    return outcome.IsSuccess();
}

Ottiene i metadati del set di immagini senza la versione.

        if (AwsDoc::Medical_Imaging::getImageSetMetadata(dataStoreID, imageSetID, "", outputFilePath, clientConfig))
        {
            std::cout << "Successfully retrieved image set metadata." << std::endl;
            std::cout << "Metadata stored in: " << outputFilePath << std::endl;
        }

Ottiene i metadati del set di immagini con la versione.

        if (AwsDoc::Medical_Imaging::getImageSetMetadata(dataStoreID, imageSetID, versionID, outputFilePath, clientConfig))
        {
            std::cout << "Successfully retrieved image set metadata." << std::endl;
            std::cout << "Metadata stored in: " << outputFilePath << std::endl;
        }

  • Per i dettagli sull'API, consulta la sezione AWS SDK per C++API GetImageSetMetadataReference.

Nota

C'è altro su GitHub. Trova l'esempio completo e scopri di più sulla configurazione e l'esecuzione nel Repository di esempi di codice AWS.

CLI
AWS CLI

Esempio 1: come ottenere i metadati del set di immagini senza versione.

L’esempio di codice get-image-set-metadata seguente ottiene i metadati per un set di immagini senza specificare una versione.

Nota: outfile è un parametro obbligatorio.

aws medical-imaging get-image-set-metadata \
    --datastore-id 12345678901234567890123456789012 \
    --image-set-id ea92b0d8838c72a3f25d00d13616f87e \
    studymetadata.json.gz

I metadati restituiti vengono compressi con gzip e archiviati nel file studymetadata.json.gz. Per visualizzare il contenuto dell’oggetto JSON restituito, devi prima decomprimerlo.

Output:

{
    "contentType": "application/json",
    "contentEncoding": "gzip"
}

Esempio 2: come ottenere i metadati del set di immagini con versione

L’esempio di codice get-image-set-metadata seguente ottiene i metadati per un set di immagini con una versione specificata.

Nota: outfile è un parametro obbligatorio.

aws medical-imaging get-image-set-metadata \
    --datastore-id 12345678901234567890123456789012 \
    --image-set-id ea92b0d8838c72a3f25d00d13616f87e \
    --version-id 1 \
    studymetadata.json.gz

I metadati restituiti vengono compressi con gzip e archiviati nel file studymetadata.json.gz. Per visualizzare il contenuto dell’oggetto JSON restituito, devi prima decomprimerlo.

Output:

{
    "contentType": "application/json",
    "contentEncoding": "gzip"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Ottenere i metadati dei set di immagini nella Guida per gli AWS HealthImaging sviluppatori.

Java
SDK per Java 2.x
    public static void getMedicalImageSetMetadata(MedicalImagingClient medicalImagingClient,
            String destinationPath,
            String datastoreId,
            String imagesetId,
            String versionId) {

        try {
            GetImageSetMetadataRequest.Builder getImageSetMetadataRequestBuilder = GetImageSetMetadataRequest.builder()
                    .datastoreId(datastoreId)
                    .imageSetId(imagesetId);

            if (versionId != null) {
                getImageSetMetadataRequestBuilder = getImageSetMetadataRequestBuilder.versionId(versionId);
            }

            medicalImagingClient.getImageSetMetadata(getImageSetMetadataRequestBuilder.build(),
                    FileSystems.getDefault().getPath(destinationPath));

            System.out.println("Metadata downloaded to " + destinationPath);
        } catch (MedicalImagingException e) {
            System.err.println(e.awsErrorDetails().errorMessage());
            System.exit(1);
        }
    }
Nota

C'è altro su GitHub. Trova l'esempio completo e scopri di più sulla configurazione e l'esecuzione nel Repository di esempi di codice AWS.

JavaScript
SDK per JavaScript (v3)

Funzione di utilità per ottenere i metadati del set di immagini.

import { GetImageSetMetadataCommand } from "@aws-sdk/client-medical-imaging";
import { medicalImagingClient } from "../libs/medicalImagingClient.js";
import { writeFileSync } from "node:fs";

/**
 * @param {string} metadataFileName - The name of the file for the gzipped metadata.
 * @param {string} datastoreId - The ID of the data store.
 * @param {string} imagesetId - The ID of the image set.
 * @param {string} versionID - The optional version ID of the image set.
 */
export const getImageSetMetadata = async (
  metadataFileName = "metadata.json.gzip",
  datastoreId = "xxxxxxxxxxxxxx",
  imagesetId = "xxxxxxxxxxxxxx",
  versionID = "",
) => {
  const params = { datastoreId: datastoreId, imageSetId: imagesetId };

  if (versionID) {
    params.versionID = versionID;
  }

  const response = await medicalImagingClient.send(
    new GetImageSetMetadataCommand(params),
  );
  const buffer = await response.imageSetMetadataBlob.transformToByteArray();
  writeFileSync(metadataFileName, buffer);

  console.log(response);
  // {
  //     '$metadata': {
  //     httpStatusCode: 200,
  //         requestId: '5219b274-30ff-4986-8cab-48753de3a599',
  //         extendedRequestId: undefined,
  //         cfId: undefined,
  //         attempts: 1,
  //         totalRetryDelay: 0
  // },
  //     contentType: 'application/json',
  //     contentEncoding: 'gzip',
  //     imageSetMetadataBlob: <ref *1> IncomingMessage {}
  // }

  return response;
};

Ottiene i metadati del set di immagini senza la versione.

  try {
    await getImageSetMetadata(
      "metadata.json.gzip",
      "12345678901234567890123456789012",
      "12345678901234567890123456789012",
    );
  } catch (err) {
    console.log("Error", err);
  }

Ottiene i metadati del set di immagini con la versione.

  try {
    await getImageSetMetadata(
      "metadata2.json.gzip",
      "12345678901234567890123456789012",
      "12345678901234567890123456789012",
      "1",
    );
  } catch (err) {
    console.log("Error", err);
  }

  • Per i dettagli sull'API, consulta la sezione AWS SDK per JavaScriptAPI GetImageSetMetadataReference.

Nota

C'è altro su GitHub. Trova l'esempio completo e scopri di più sulla configurazione e l'esecuzione nel Repository di esempi di codice AWS.

Python
SDK per Python (Boto3)

Funzione di utilità per ottenere i metadati del set di immagini.

class MedicalImagingWrapper:
    def __init__(self, health_imaging_client):
        self.health_imaging_client = health_imaging_client


    def get_image_set_metadata(
        self, metadata_file, datastore_id, image_set_id, version_id=None
    ):
        """
        Get the metadata of an image set.

        :param metadata_file: The file to store the JSON gzipped metadata.
        :param datastore_id: The ID of the data store.
        :param image_set_id: The ID of the image set.
        :param version_id: The version of the image set.
        """
        try:
            if version_id:
                image_set_metadata = self.health_imaging_client.get_image_set_metadata(
                    imageSetId=image_set_id,
                    datastoreId=datastore_id,
                    versionId=version_id,
                )
            else:

                image_set_metadata = self.health_imaging_client.get_image_set_metadata(
                    imageSetId=image_set_id, datastoreId=datastore_id
                )
            print(image_set_metadata)
            with open(metadata_file, "wb") as f:
                for chunk in image_set_metadata["imageSetMetadataBlob"].iter_chunks():
                    if chunk:
                        f.write(chunk)

        except ClientError as err:
            logger.error(
                "Couldn't get image metadata. Here's why: %s: %s",
                err.response["Error"]["Code"],
                err.response["Error"]["Message"],
            )
            raise

Ottiene i metadati del set di immagini senza la versione.


                image_set_metadata = self.health_imaging_client.get_image_set_metadata(
                    imageSetId=image_set_id, datastoreId=datastore_id
                )

Ottiene i metadati del set di immagini con la versione.

                image_set_metadata = self.health_imaging_client.get_image_set_metadata(
                    imageSetId=image_set_id,
                    datastoreId=datastore_id,
                    versionId=version_id,
                )

Il codice seguente crea un'istanza dell' MedicalImagingWrapper oggetto. 

    client = boto3.client("medical-imaging")
    medical_imaging_wrapper = MedicalImagingWrapper(client)
Nota

C'è di più su. GitHub Trova l'esempio completo e scopri di più sulla configurazione e l'esecuzione nel Repository di esempi di codice AWS.

Esempio di disponibilità

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Trasferisci i metadati della sintassi

Quando si importano dati DICOM, HealthImaging mantiene il valore originale dell'attributo di sintassi di trasferimento nei metadati del set di immagini. La sintassi di trasferimento dei dati DICOM originali importati viene memorizzata come. TransferSyntaxUID HealthImaging utilizza StoredTransferSyntaxUID per indicare il formato usato per codificare i dati dei frame di immagine nell'archivio dati: 1.2.840.10008.1.2.4.202 per gli archivi dati abilitati per HTJ2 K (impostazione predefinita) e per gli archivi dati abilitati 1.2.840.10008.1.2.4.90 per JPEG 2000 Lossless.